# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02837.fasta.huge -Q ../query/KIAA0642.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0642, 1329 aa vs ./tmplib.23663 library 1986176 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7433+/-0.0125; mu= -5.3541+/- 0.842 mean_var=609.2543+/-151.594, 0's: 0 Z-trim: 27 B-trim: 77 in 1/39 Lambda= 0.051961 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2012 ( 555 res) ah04096 ( 555) 300 38.1 0.005 KIAA0445 ( 1919 res) hg00102s1 (1919) 308 39.5 0.0066 KIAA1052 ( 1456 res) hh04964 (1456) 305 39.1 0.0066 >>KIAA2012 ( 555 res) ah04096 (555 aa) initn: 181 init1: 181 opt: 300 Z-score: 146.2 bits: 38.1 E(): 0.005 Smith-Waterman score: 368; 37.900% identity (64.840% similar) in 219 aa overlap (749-954:345-555) 720 730 740 750 760 770 KIAA06 GSIWELQPTASQPTVWEGGSVWDLPLDTTTPGPALEQLQQLEKAKAAKLEQERREAEMRA :. :: .. :::. .:. :: :::: KIAA20 QVSLDGRSSPSQIATVTGNMESKEERRCEDPSKALLTKREQEKASWDRLRAER--AEMRW 320 330 340 350 360 370 780 790 800 810 820 830 KIAA06 KREEEERKRQEELRRQQEEILRRQQEEERKRREEEELARRKQEEALRRQREQEIALRRQR . :..:..::: :. :.: :.: .. :.. . :.. :: .: ::.:: :: ..:: KIAA20 LEVEKKRREQEEQRQLQQEQLERAKKMEEELELEQQ--RRTEEIRLRKQRLQE---EQQR 380 390 400 410 420 840 850 860 870 880 890 KIAA06 EEEERQQQEEALRRLEERRREEEE--RRKQEELLRKQEEEAAKWAREE----EEAQRRLE .:::...:. :. .:: :...: ::: .:: ::...: :. :. : :: . .:: KIAA20 QEEEERKQQLRLKAAQERARQQQEEFRRKLRELQRKKQQEEAERAEAEKQRQEELEMQLE 430 440 450 460 470 480 900 910 920 930 940 KIAA06 ENR---LRMEEEA----ARLRHEEEERKRKELEVQRQKELMRQRQQQQEALRRLQQQQQQ :.. ..: :: : ..: ::. : : : .:::: : .:: .. :.: . 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KIAA04 DKELMAQKLVQAEREAQASLREQRAAHEEDL-------QRLQREKEAAWRELEAERAQLQ 870 880 890 900 910 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA06 SLLEIQQEE--ARQMQKQQQQQQQHQQPNRARNNTHSNLHTSIGNSVWGSINTGPPNQWA : :. .::: :: .... ... .. :.. .. ... :.. . . . KIAA04 SQLQREQEELLARLEAEKEELSEEIAALQQERDEGLLLAESEKQQAL--SLKESEKTALS 920 930 940 950 960 970 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA06 SDLVSSIWSNADTKNSNMGFWDDAVKEVGPRNSTNKNKNNASLSKSVGVSNRQNK----K :... : : : . .: . ... :. ... :: :. . .... . KIAA04 EKLMGTRHSLA-TISLEM---ERQKRDAQSRQEQDRSTVNALTSELRDLRAQREEAAAAH 980 990 1000 1010 1020 1030 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA06 VEEEEKLLKLFQGVNKAQDGFTQWCEQM---LHALNTANN---LDVPTFVSFLKEVESPY ..: ..: . . ..: .:. . :.. :. :. : . .. :.: . KIAA04 AQEVRRLQEQARDLGKQRDSCLREAEELRTQLRLLEDARDGLRRELLEAQRKLRESQEGR 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA06 EVHDY----IRAYLGDTSEAKEFAKQFLE--RRAKQKANQQRQQQQLPQQQQQQPPQQPP ::. .: ::. .. .: .. : : : .::...: . .: .....: . 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KIAA10 SKEDLYLDSLSSH-NVWHLLSAEGVALRSAKEFLVQQTRSMRRRQTALKAAQ--QHWRHE 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA06 MLHALNTANNLDVPTFVSFLKEVESPYEVHDYIRAYLGDTSEAKEFAKQFLERRAKQKAN . : ..:.. : .. :..... : . .: . . : . ....:... ..: : KIAA10 LASAQEVAKD---PPGIKALEDMRKNLEKETR---HLDEMKSAMRKGHNLLKKK-EEKLN 1150 1160 1170 1180 1190 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA06 QQRQQQQLPQQQQQQPPQQPPQQPQQQDSVWGMNHSTLHSVFQTNQSNNQQSNFEAVQSG : KIAA10 QLESSLWEEASDEGTLGGSPTKKAVTFDLSDMDSLSSESSESFSPPHLDSTPSLTSRKIH 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1329 residues in 1 query sequences 1986176 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:24 2008 done: Thu Dec 18 15:10:25 2008 Total Scan time: 0.810 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]