# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj03494s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0641.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0641, 1326 aa vs ./tmplib.23663 library 1986179 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4151+/-0.0114; mu= -16.4211+/- 0.768 mean_var=585.0464+/-141.511, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.053025 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1883 ( 1480 res) fh02249 (1480) 1612 139.4 4.4e-33 KIAA1079 ( 1476 res) hj06972 (1476) 1287 114.5 1.3e-25 >>KIAA1883 ( 1480 res) fh02249 (1480 aa) initn: 1158 init1: 795 opt: 1612 Z-score: 685.8 bits: 139.4 E(): 4.4e-33 Smith-Waterman score: 2100; 35.537% identity (54.959% similar) in 1452 aa overlap (14-1294:89-1459) 10 20 30 40 KIAA06 HQVKVQGCWGRWRWQEFENAEGDEYAADLAQGSPATAA-QNGP ..:::: ::.. ... . . :.. :. : KIAA18 YAVVLISCSGLLAFIFLLLTCLCCKRGDVGFKEFENPEGEDCSGEYTPPAEETSSSQSLP 60 70 80 90 100 110 50 60 70 80 90 100 KIAA06 DVYVLPLTEVSLPM-AKQPGRSVQLLKSTDVGRHSLLYLKEIGRGWFGKVFLGEVNSGIS :::.:::.:::::: : ::..: .. ..:. : ::.::: ::::::.:::. : . KIAA18 DVYILPLAEVSLPMPAPQPSHS-DMTTPLGLSRQHLSYLQEIGSGWFGKVILGEIFSDYT 120 130 140 150 160 170 110 120 130 140 150 160 KIAA06 SAQVVVKELQASASVQEQMQFLEEVQPYRALKHSNLLQCLAQCAEVTPYLLVMEFCPLGD ::::::::.:::. :: .:. :.::::.:.: :.::::. :.:. :.::.:::: ::: KIAA18 PAQVVVKELRASAGPLEQRKFISEAQPYRSLQHPNVLQCLGLCVETLPFLLIMEFCQLGD 180 190 200 210 220 230 170 180 190 200 210 KIAA06 LKGYLRSCRVAESMAP-----DPRTLQRMACEVACGVLHLHRNNFVHSDLALRNCLLTAD :: :::. : :...: : ::::::. :.: :. ::: .:.:::::::::::::.: KIAA18 LKRYLRAQRPPEGLSPELPPRDLRTLQRMGLEIARGLAHLHSHNYVHSDLALRNCLLTSD 240 250 260 270 280 290 220 230 240 250 260 270 KIAA06 LTVKIGDYGLAHCKYREDYFVTADQLWVPLRWIAPELVDEVHSNLLVVDQTKSGNVWSLG :::.:::::::: .:.:::..: ..::.:::: ::::. :.:....::::.. .:.:::: KIAA18 LTVRIGDYGLAHSNYKEDYYLTPERLWIPLRWAAPELLGELHGTFMVVDQSRESNIWSLG 300 310 320 330 340 350 280 290 300 310 320 330 KIAA06 VTIWELFELGTQPYPQHSDQQVLAYTVREQQLKLPKPQLQLTLSDRWYEVMQFCWLQPEQ ::.:::::.:.::: . ::..:::..::.:..:: .:.:.: .: ::...: :: : : KIAA18 VTLWELFEFGAQPYRHLSDEEVLAFVVRQQHVKLARPRLKLPYADYWYDILQSCWRPPAQ 360 370 380 390 400 410 340 350 360 370 380 390 KIAA06 RPTAEEVHLLLSYLCAKGATEAEEEFERRWRSLRPGGGGV-GPGPGAAGPMLGGVVELAA ::.: ...: :.:: . :: : : :: : : .. . KIAA18 RPSASDLQLQLTYLLS----------ERPPRPPPPPPPPRDGPFPWPWPPAHSAPRPGTL 420 430 440 450 460 400 410 420 430 440 KIAA06 ASSFPLLEQFAGDGFHADGDDVLTVTETSRGLNFEYKWE-----AGRG--AEAF-PATLS .: ::::. : : :: ::::::::.:::::.: :: :::: : :. ::. KIAA18 SSPFPLLDGFPG----ADPDDVLTVTESSRGLNLECLWEKARRGAGRGGGAPAWQPASAP 470 480 490 500 510 520 450 460 470 480 490 500 KIAA06 PGRTARLQELCAPDGAPPGVVPVLSAHSPSLGSEYFIRLEEAAPAAGHDPDCAGCAPSPP :. : .. . :.:.::.::.:::..:::.::::: : : : : KIAA18 PAPHANPSNPFYEALSTPSVLPVISARSPSVSSEYYIRLEE------H-----GSPPEPL 530 540 550 560 570 510 520 530 540 550 560 KIAA06 ATADQDDDSDGSTAASLAMEPLLGHGPPVDVPWGRGDHYPRRSLARDPLCPSRSPSPSAG : : . : : : ..: .:: .. . .:: :. : :. KIAA18 FPNDWDPLDPGVPA------PQAPQAPS-EVPQLVSETWA------SPLFPAPRPFPAQ- 580 590 600 610 570 580 590 600 610 620 KIAA06 PLSLAEGGAEDADW---GVAAFCPAFFEDPLGTSPLGSSGAPPLPLTGEDELEEVGARRA : : :. . : : .: .. :: . :: :. : . :.: :: :. . KIAA18 --SSASGSFLLSGWDPEGRGA-GETLAGDP--AEVLGERGTAPW--VEEEEEEEEGSSPG 620 630 640 650 660 670 630 640 650 660 KIAA06 ----------AQRGHWRSNVSANNNSGSRCP-ESWDPVSA-GCH-AEGCPSPKQT----- ..:: . . ... : : : : :.. : : : ::: : . KIAA18 EDSSSLGGGPSRRGPLPCPLCSREGACSCLPLERGDAVAGWGGHPALGCPHPPEDDSSLR 680 690 700 710 720 730 670 680 690 700 710 KIAA06 ---------PRASPEPGYPG--EPLLGLQAASAQEPGCCPG-LPHLCSAQGLAPAPCLVT : : : . : .::.: ::. : :: : : ::: .. KIAA18 AERGSLADLPMAPPASAPPEFLDPLMG--AAAPQYPGRGPPPAPPPPPPPPRAPADPAAS 740 750 760 770 780 720 730 740 750 760 770 KIAA06 P---SWTETASSGGDHPQAEP-KLATEAEGTTGPRLPLPSVPSPSQEGAPLPSEEASAPD : : . . .:: . : .: . :.: .:. .:. . .::.: : :: KIAA18 PDPPSAVASPGSGLSSPGPKPGDSGYETETPFSPEGAFPGGGAAEEEGVPRPRAPPEPPD 790 800 810 820 830 840 780 790 800 810 KIAA06 --APDALPD-SPTPATGG--------EVSAIKLASALNGSSSSPEVEAPSSEDEDTA--E :: :: .: : : .::. .: .: . . . .. ..:. . KIAA18 PGAPRPPPDPGPLPLPGPREKPTFVVQVSTEQLLMSLREDVTRNLLGEKGATARETGPRK 850 860 870 880 890 900 820 830 840 850 860 KIAA06 ATSGIFTDTSSDGLQARRPDVVPAFR---SLQKQVGTPDSLDSLD-----IPSSASDGGY : : . . ::. : : :. . ::. :. :.. : : .:...: KIAA18 AGRGPGNREKVPGLN-RDPTVLGNGKQAPSLSLPVNGVTVLENGDQRAPGIEEKAAENGA 910 920 930 940 950 960 870 880 890 900 910 920 KIAA06 --------EVFSPSATGPSGGQPRALDSGYDTENYESPEFVLKEAQEGCEPQAFAELASE .:. . : . .::..: . .. :. : :: .. : : . .:: KIAA18 LGSPEREEKVLENGELTPPRREEKALENG-ELRSPEAGEKVL--VNGGLTPPKSEDKVSE 970 980 990 1000 1010 1020 930 940 950 960 KIAA06 GEG---P-----GPETRLSTSLSGLNEKNPYR--------DSAYFSDLEAEAEATSGPEK . : : ::: : ::.: . : ..:: .. . KIAA18 NGGLRFPRNTERPPETG-PWRAPGPWEKTPESWGPAPTIGEPAPETSLERAPAPSAVVSS 1030 1040 1050 1060 1070 1080 970 980 990 1000 KIAA06 KCGGDRAPGPELGLPSTG--QPSEQ--------VCLRPGV--------------SGEAQG . ::. :::: :..: .:. . . ::. .: : : KIAA18 RNGGETAPGPLGPAPKNGTLEPGTERRAPETGGAPRAPGAGRLDLGSGGRAPVGTGTAPG 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA06 SGPGE-VLPPLLQLEGSSPEPSTCPSGLVPEPPEPQ------GPAKVRP--GPS--PSCS .::: : .... :.: : .: ::: : .: ..:: .: :. KIAA18 GGPGSGVDAKAGWVDNTRPQPPPPP---LPPPPEAQPRRLEPAPPRARPEVAPEGEPGAP 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1060 1070 1080 KIAA06 QFFLLTPVPLRSEGN--SSEFQGP--PGLLS--GPAPQ----------KRMG-------- . . : ..:. . : .:: : :. :: :: .:.. KIAA18 DSRAGGDTALSGDGDPPKPERKGPEMPRLFLDLGP-PQGNSEQIKARLSRLSLALPPLTL 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA06 ----GPGTPRAPLRLALPGLP---AALEGRPEEEEEDSEDSDESDEELRCYSVQE----P ::: : : . : : :. : : :::.:: ::..:: . .. : KIAA18 TPFPGPGPRRPPWEGADAGAAGGEAGGAGAPGPAEEDGEDEDEDEEEDEEAAAPGAAAGP 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA06 SEDSEEEAPAVPVVV--AESQSARNLRSLLKMPSLLSETFCEDLERKKKAVSFFDDVTVY .. .: ::::: :....:: ::.::: : .: .::::.: ::: ::::: KIAA18 RGPGRARAAPVPVVVSSADADAARPLRGLLKSPRGADEPEDSELERKRKMVSFHGDVTVY 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA06 LFDQESPTRELGEPFPGAKESPPTFLRGSPGSPSAPNRPQQ-ADGSPNGSTAEEGGGFAW :::::.:: ::. : .. :. .: .: .: .: .:: :..... ::.: : KIAA18 LFDQETPTNELSVQAPPEGDTDPS----TPPAPPTPPHPATPGDGFPSNDSGF-GGSFEW 1390 1400 1410 1420 1430 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA06 DDDFPLMTAKAAFAMALDPAAPAPAAPTPTPAPFSRFTVSPAPTSRFSITHVSDSDAESK .:::: : : :.: : ::::.:::: KIAA18 AEDFPL----------LPP--PGP------PLCFSRFSVSPALETPGPPARAPDARPAGP 1440 1450 1460 1470 1320 KIAA06 RGPEAGAGGESKEA KIAA18 VEN 1480 >>KIAA1079 ( 1476 res) hj06972 (1476 aa) initn: 1848 init1: 1207 opt: 1287 Z-score: 551.4 bits: 114.5 E(): 1.3e-25 Smith-Waterman score: 1973; 34.238% identity (57.272% similar) in 1437 aa overlap (14-1282:98-1476) 10 20 30 40 KIAA06 HQVKVQGCWGRWRWQEFENAEGDEYA-ADLAQGSPATAAQNGP ..:::. :: . :. .:. .:. KIAA10 SFVILCVCSLIILIVLIANCVSCCKDPEIDFKEFEDNFDDEIDFTPPAEDTPS--VQSPA 70 80 90 100 110 120 50 60 70 80 90 100 KIAA06 DVYVLPLTEVSLPMAKQPGRSVQLLKSTDVGRHSLLYLKEIGRGWFGKVFLGEVNSGISS .:..: . ..::: .: ::. ::: .:.:::: :..::: ::::::.:::. .: : KIAA10 EVFTLSVPNISLPAPSQFQPSVEGLKS-QVARHSLNYIQEIGNGWFGKVLLGEIYTGTSV 130 140 150 160 170 180 110 120 130 140 150 160 KIAA06 AQVVVKELQASASVQEQMQFLEEVQPYRALKHSNLLQCLAQCAEVTPYLLVMEFCPLGDL :.:.::::.:::. .:: ::.. .:: :.: :.:::..::.:. :::::.::: :::: KIAA10 ARVIVKELKASANPKEQDTFLKNGEPYYILQHPNILQCVGQCVEAIPYLLVFEFCDLGDL 190 200 210 220 230 240 170 180 190 200 210 220 KIAA06 KGYLRSCRVAESMAPDPRT--LQRMACEVACGVLHLHRNNFVHSDLALRNCLLTADLTVK :.:::: . : : : .: ::::::::: :. .:. .:.:::::::::.::.::.:: KIAA10 KAYLRSEQ--EHMRGDSQTMLLQRMACEVAAGLAAMHKLHFLHSDLALRNCFLTSDLNVK 250 260 270 280 290 300 230 240 250 260 270 280 KIAA06 IGDYGLAHCKYREDYFVTADQLWVPLRWIAPELVDEVHSNLLVVDQTKSGNVWSLGVTIW .::::.. .:.:::. : :. :::: ::::: .. ::..:::: .:.::::::.: KIAA10 VGDYGIGFSRYKEDYIETDDKKVFPLRWTAPELVTSFQDRLLTADQTKYSNIWSLGVTLW 310 320 330 340 350 360 290 300 310 320 330 340 KIAA06 ELFELGTQPYPQHSDQQVLAYTVREQQLKLPKPQLQLTLSDRWYEVMQFCWLQPEQRPTA :::. ..::: . :. .:: ..::.. :::::::. :::::::.:::::.::.::.: KIAA10 ELFDNAAQPYSNLSNLDVLNQVIRERDTKLPKPQLEQPYSDRWYEVLQFCWLSPEKRPAA 370 380 390 400 410 420 350 360 370 380 390 400 KIAA06 EEVHLLLSYLCAKGATEAEEEFERRWRSLRPGGGGVGPGPGAAGPMLGGVVELAAASSFP :.:: ::.:: .. ..: .::..: .:.:. .. . .:: :: KIAA10 EDVHRLLTYLRLQSQRDSEVDFEQQWNALKPNTNSRDSSNNAA---------------FP 430 440 450 460 410 420 430 KIAA06 LLEQFAGDGFHADGDDVLTVTETSRGLNFEYKWEAG---------RG------------- .:..:: : . . ..::::::::.::.::: :::. :: KIAA10 ILDHFARDRLGREMEEVLTVTETSQGLSFEYVWEAAKHDHFDERSRGHLDEGLSYTSIFY 470 480 490 500 510 520 440 450 460 470 480 490 KIAA06 -AEAFPATLS---PGRTARLQELCAPDGAP---PGVVPVLSAHSPSLGSEYFIRLEEAAP .:.: ..:: ::. :. . : .: ::::::..::. :.::.:.:.::: KIAA10 PVEVFESSLSDPGPGK----QDDSGQD-VPLRVPGVVPVFDAHNLSVGSDYYIQLEEK-- 530 540 550 560 570 580 500 510 520 530 540 KIAA06 AAGHDPDCAGCAPSPPA--TADQDD-DSDGSTAASL-AMEPLLGHGPPVDVPWGRGDHYP .: . . ::: :.:.:. . : ..: :.. . . .: . ... : KIAA10 -SGSNLE----LDYPPALLTTDMDNPERTGPELSQLTALRSVELEESSTDEDFFQSSTDP 590 600 610 620 630 550 560 570 580 590 KIAA06 R-RSLARDPLCPSRSPSPSAGPLSLAEGGAEDA-------DW----GVAA-FCPAFFEDP . :: : : :: . .. .. .:: : :: : : :: . . KIAA10 KDSSLPGDLHVTSGPESPFNNIFNDVDK-SEDLPSHQKIFDLMELNGVQADFKPATLSSS 640 650 660 670 680 690 600 610 620 630 KIAA06 LGT-------------SPLGSSGAPPLPLTG----EDELEEVGARRAAQ-------RGHW : . .: . :: :. .:... ..... .. .. KIAA10 LDNPKESVITGHFEKEKPRKIFDSEPLCLSDNLMHQDNFDPLNVQELSENFLFLQEKNLL 700 710 720 730 740 750 640 650 660 670 680 KIAA06 RSNVSANNNSGSRCPESWDP-VSAGCHAEGCPSPKQTPRASPEPGYPGEPLLGLQAASAQ ....:.... .. : . . . .: . .: : . :: :: . .:.. KIAA10 KGSLSSKEHINDLQTELKNAGFTEAMLETSCRNSLDTELQFAE-NKPGMSLLQ-ENVSTK 760 770 780 790 800 810 690 700 710 720 730 740 KIAA06 EPGCCPGLPHLCSAQGLAPAPCL-VTPSWTETASSGGDHPQAEPKLATEAEGTTGPRLPL : . .: .: . : :. :: . :. : . ..: : : KIAA10 GDDTDVMLTGDTLSTSLQSSPEVQVPPTSFETEET----PRRVPPDSLPTQGETQPTCLD 820 830 840 850 860 750 760 770 780 790 KIAA06 PSVP--------SPSQEGAPLP--SEEASAPDAPDALPDSPTPA--------TGGEVSAI :: ::. .:. : .: . . . ::: . . . .. KIAA10 VIVPEDCLHQDISPDAVTVPVEILSTDARTHSLDNRSQDSPGESEETLRLTESDSVLADD 870 880 890 900 910 920 800 810 820 KIAA06 KLASALNGSSSSPEV-----EAPSSED-------EDTAEAT--------------SGIFT ::: .. .:: ::. . : ::: : . ::. .:. . KIAA10 ILASRVSVGSSLPELGQELHNKPFSEDHHSHRRLEKNLEAVETLNQLNSKDAAKEAGLVS 930 940 950 960 970 980 830 840 850 860 870 880 KIAA06 DTSSDGLQARR--PDVVPA-FRSLQKQVGTPDSLDSLDIPSSASDGGYEVFSPSATGPSG :::. . : . : : . . .. :::::.:.:. . :. .:. : KIAA10 ALSSDSTSQDSLLEDSLSAPFPASEPSLETPDSLESVDVHEALLDS-LGSHTPQKLVPPD 990 1000 1010 1020 1030 1040 890 900 910 920 930 KIAA06 GQPRALDSGYDTENYESPEFVLKEAQEGC---EPQAFAELASEGEGPGPETRLSTSLSGL .: ::::.::: ::::..:. : :: :: . .. . : :.: .: . .: KIAA10 -KP--ADSGYETENLESPEWTLHPAPEGTADSEPATTGDGGHSGLPPNPVIVISDAGDGH 1050 1060 1070 1080 1090 1100 940 950 960 970 980 KIAA06 --NEKNP----------YRDSAYFSDLEAEAEATS------GPEKKCGGDRAPGPELGLP .: .: ::::::::: ..: : : .: .. : :: :: KIAA10 RGTEVTPETFTAGSQGSYRDSAYFSDNDSEPEKRSEEVPGTSPSALVLVQEQPLPEPVLP 1110 1120 1130 1140 1150 1160 990 1000 1010 1020 1030 KIAA06 STGQPSEQVCLRPGVSGEAQGSGPGE-VLPPL-----LQLEGSSPEPSTC--PSGLVPEP . ... :: ::. : : : : : :.:. ..:::. :. . : KIAA10 EQSPAAQDSCL------EARKSQPDESCLSALHNSSDLELR-ATPEPAQTGVPQQVHPTE 1170 1180 1190 1200 1210 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA06 PEPQGPAKVRPGPSPSCSQFFLLT--PVPLRSEG-NSSEFQGPPGL-----LSGPAPQKR : ..: .: . : ..: : : : : :..:. . . ::. . . KIAA10 DEASSPWSVLNAELSSGDDFETQDDRPCTLASTGTNTNELLAYTNSALDKSLSSHSEGPK 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA06 MGGPGTPRAPL-RLALPGLPAALEGRPEEEEEDSEDSDESDEELRCYSVQEPSEDSEEEA . : : .:.. :. : . .::: :.::.:::.:: .... : .::.:. KIAA10 LKEPDIEGKYLGKLGVSGMLDLSEDGMDADEED-ENSDDSDEDLRAFNLHSLSSESEDET 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA06 P-AVPVVVAESQSARNLRSLLKMPSLLS--ETFCEDLERKKKAVSFFDDVTVYLFDQESP ::.... ....:.:::::: :. . . . :: ...::::.:::::::::::::.: KIAA10 EHPVPIILS-NEDGRHLRSLLK-PTAANAPDPLPEDWKKEKKAVTFFDDVTVYLFDQETP 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA06 TRELGEPFPGAKESPPTFLRGSPGSPSAPNRPQQADGSPNGSTAEEGGGFAWDDDF---P :.::: : : .: : : . ..: . .. ..:: :::::: ::::: : KIAA10 TKELG-PCGGEACGPD--LSGPAPASGSPYLSRCINS--ESSTDEEGGGFEWDDDFSPDP 1400 1410 1420 1430 1440 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA06 LMTAKAAFAMALDPAAPA--PAAPTPTPAPFSRFTVSPAPTSRFSITHVSDSDAESKRGP .:. .. .. :. :. :: :. : KIAA10 FMSKTTSNLLSSKPSLPSTLPAFPSHT 1450 1460 1470 1326 residues in 1 query sequences 1986179 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:21 2008 done: Thu Dec 18 15:10:22 2008 Total Scan time: 0.820 Total Display time: 0.220 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]