# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00654s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0612.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0612, 1810 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1985695 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.7255+/-0.0116; mu= -21.0269+/- 0.782
 mean_var=627.4118+/-150.114, 0's: 0 Z-trim: 4  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.051203

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1666  ( 1003 res)   fg02554                    (1003)  627 62.5 5.7e-10
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>>KIAA1666  ( 1003 res)   fg02554                         (1003 aa)
 initn: 1461 init1: 434 opt: 627  Z-score: 270.8  bits: 62.5 E(): 5.7e-10
Smith-Waterman score: 1153;  30.007% identity (49.376% similar) in 1363 aa overlap (439-1780:21-996)

      410       420       430       440       450       460        
KIAA06 EQARLSLREKQEEVRRLQQAQAEAQREHEGAVQLLESTLDSMQARVRELEEQCRSQTEQF
                                     : :::...  . : : ..:... ..   ..
KIAA16           RSARPPGPRVSRARCLPGLIAEQLLQQAARG-QDRQQQLQRDPQKALCDL
                         10        20        30         40         

      470       480          490       500            510          
KIAA06 SLLAQELQAFRLHPG-PLDL--LTSALDCGSLGDCPPP-----PCCCSIPQPCRGSGPK-
           .:.::.. .:: : .    :: .  ...     :     :   .. :: :    : 
KIAA16 HPSWKEIQALQCRPGHPPEQPWETSQMPESQVKGSRRPKFHARPEDYAVSQPNRDIQEKR
      50        60        70        80        90       100         

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KIAA06 --DLDLPPGSPGRCT--PKSSEPAPATLTGVPRRTAKKAESLSNSSHSESIHNSPKSCPT
         .:.  : . :. .  :. :: .::.    :   .::. : ::::   :.  .  : ::
KIAA16 EASLEESPVALGESASVPQVSETVPASQ---P--LSKKTSSQSNSSSEGSMWATVPSSPT
     110       120       130            140       150       160    

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KIAA06 PEVDTASEVEELEADSVSL-LPAAPEGSRGGARIQVFLARYSYNPFEGPNENPEAELPLT
        . ::::::..:: ::::: :  .  .. .. ....:.:.:.::::::::..::.:::::
KIAA16 LDRDTASEVDDLEPDSVSLALEMGGSAAPAAPKLKIFMAQYNYNPFEGPNDHPEGELPLT
          170       180       190       200       210       220    

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KIAA06 AGEYIYIYGNMDEDGFFEGELMDGRRGLVPSNFVERVSDDDLLTSLPPELADLSHSSGPE
       ::.::::.:.::::::.:::: :::::::::::::.. :. .   :: .  ::    :: 
KIAA16 AGDYIYIFGDMDEDGFYEGELDDGRRGLVPSNFVEQIPDSYIPGCLPAKSPDL----GP-
          230       240       250       260       270              

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KIAA06 LSFLSVGGGGSSSGGQSSVGRSQPRPEEEDAGDELSLSPSPEGLGEPPAVPYPRRLVVLK
        : : .:               : .  :::.     :: . .:             :: .
KIAA16 -SQLPAG---------------QDEALEEDS----LLSGKAQG-------------VVDR
      280                      290           300                   

          760       770       780       790       800       810    
KIAA06 QLAHSVVLAWEPPPERVELHGFHICVNGELRQALGPGAPPKAVLENLDLRAGPLHISV-Q
        : . :         ::                   :.  ... : :: ..   .... :
KIAA16 GLCQMV---------RV-------------------GSKTEVATEILDTKTEACQLGLLQ
        310                                   320       330        

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KIAA06 ALTSRGSSDPLRCCLAVGARAGVVPSQLRVHRLTATSAEITWVPGNSNLAHAIYLNGEE-
       .. ..: : ::   :.. .   ..: ::... .:::::.:::: ..    :..::. .: 
KIAA16 SMGKQGLSRPL---LGTKGVLRMAPMQLHLQNVTATSANITWVYSSHRHPHVVYLDDREH
      340          350       360       370       380       390     

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KIAA06 -CPPASPSTYWATFCHLRPGTPYQAQVEAQLPPQGPWEPGWERLEQRAATLQFTTLPAGP
          ::. : :  ::  : ::: :.:.::..:: .   .  :  .   ..:. : :: :::
KIAA16 ALTPAGVSCY--TFQGLCPGTHYRARVEVRLP-RDLLQVYWGTM---SSTVTFDTLLAGP
         400         410       420        430          440         

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KIAA06 PDAPLDVQIEPGPSPGILIISWLPVTIDAAGTSNGVRVTGYAIYADGQKIMEVASPTAGS
       :  :::: .:   :::.:..::::::::.::.::::.:::::.:::: :. :::. ::::
KIAA16 PYPPLDVLVERHASPGVLVVSWLPVTIDSAGSSNGVQVTGYAVYADGLKVCEVADATAGS
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            1000      1010      1020      1030      1040      1050 
KIAA06 VLVELSQLQLLQVCREVVVRTMSPHGESADSIPAPITPALAPASLPARVSCPSPHPSPEA
       .:.:.::::.  . ..: :::::  ::: ::.:: :     : ..     :   :  ::.
KIAA16 TLLEFSQLQVPLTWQKVSVRTMSLCGESLDSVPAQI-----PEDF---FMC---HRWPET
     510       520       530       540               550           

            1060      1070      1080      1090      1100      1110 
KIAA06 RAPLASASPGPGDPSSPLQLPAPLGTQEPPGAPPASPSREMPKGSHEDPPAPCSQEEAGA
         :.. .    ::::.  ..  :.  :.   :::.. .     ::  .: :   .     
KIAA16 -PPFSYTC---GDPST-YRVTFPVCPQKLSLAPPSAKASPHNPGSCGEPQAKFLE-----
       560          570        580       590       600             

            1120      1130      1140      1150      1160       1170
KIAA06 AVLGTSEERTASTSTLGEKDPGPAAPSLAKQEAEWTAGEACPASSSTQGARAQQ-APNTE
       : .    .: . .:.::                  . :: ::  ::  :..::. :   :
KIAA16 AFFEEPPRRQSPVSNLG------------------SEGE-CP--SSGAGSQAQELAEAWE
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             1180      1190      1200      1210      1220      1230
KIAA06 MCQGGDPGSGLRPRAEKEDTAELGVHLVNSLVDHGRNSDLSDIQEEEEEEEEEEEEELGS
        :              ..:       : ..  .. :  ..::    .  :.:.  ...:.
KIAA16 GC--------------RKDL------LFQKSPQNHRPPSVSD----QPGEKENCSQHMGT
                     650             660           670       680   

             1240         1250      1260      1270      1280       
KIAA06 RTCSFQKQVAGNSIR---ENGAKSQPDPFCETDSDEEILEQILELPLQQFCSKKLFSIPE
            .:. : . :.   : : ...:   :.   ..  ::..:.                
KIAA16 -----SKSPAPGFIHLRTECGPRKEP---CQ---EKAALERVLR----------------
                690       700             710                      

      1290      1300      1310      1320      1330      1340       
KIAA06 EEEEEEEDEEEEKSGAGCSSRDPGPPEPALLGLGCDSGQPRRPGQCPLSPESSRAGDCLE
                 ..... : .     ::.     ::  : :     .  :. :  . . ::.
KIAA16 ----------QKQDAQGFT-----PPQ-----LGA-SQQYASDFHNVLKEE--QEALCLD
                  720                 730        740         750   

      1350      1360      1370      1380      1390      1400       
KIAA06 DMPGLVGGSSRRRGGGSPEKPPSRRRPPDPREHCSRLLSNNGPQASGRLGPTRERGGLPV
            . :. ::.          .:: :.:.       : .: ::               
KIAA16 -----LWGTERRE----------ERREPEPH-------SRQG-QA---------------
                760                        770                     

      1410      1420      1430      1440      1450      1460       
KIAA06 IEGPRTGLEASGRGRLGPSRRCSRGRALEPGLASCLSPKCLEISIEYDSEDEQEAGSGGI
                      :: .: :   .  ::. : : .:.   :..               
KIAA16 ---------------LGVKRGC---QLHEPSSALCPAPSAKVIKM---------------
                        780          790       800                 

      1470      1480      1490      1500      1510      1520       
KIAA06 SITSSCYPGDGEAWGTATVGRPRGPPKANSGPKPYPRLPAWEKGEPERRGRSATGRAKEP
                            ::: :.                                 
KIAA16 ---------------------PRGGPQ---------------------------------
                                                                   

      1530      1540      1550      1560      1570      1580       
KIAA06 LSRATETGEARGQDGSGRRGPQKRGVRVLRPSTAELVPARSPSETLAYQHLPVRIFVALF
                   : :.:                                . :.:.:::: 
KIAA16 ------------QLGTG-------------------------------ANTPARVFVALS
                  810                                      820     

      1590      1600      1610      1620      1630      1640       
KIAA06 DYDPVSMSPNPDAGEEELPFREGQILKVFGDKDADGFYQGEGGGRTGYIPCNMVAEVAVD
       ::.:. :: :  :.:::: :.. :.:.:.:..:.  :: .: . ..: ::  .:::. : 
KIAA16 DYNPLVMSANLKAAEEELVFQKKQLLRVWGSQDTHDFYLSECNRQVGNIPGCLVAEMEV-
         830       840       850       860       870       880     

      1650      1660      1670      1680      1690      1700       
KIAA06 SPAGRQQLLQRGYLSPDILLEGSGNGPFVYSTARTTGPPPKPRRSKKAESEGPAQPCPGP
          : .:  .: . ::     ..:. : :       :          .  .: .    : 
KIAA16 ---GTEQTDRR-WRSP-----AQGHLPSVAHLEDFQG---------LTIPQGSSLVLQGN
             890             900       910                920      

      1710      1720      1730      1740      1750      1760       
KIAA06 PKLVPSADLKAPHSMVAAFDYNPQESSPNMDVEAELPFRAGDVITVFGGMDDDGFYYGEL
        : .:   : .:. :.::.::.: ... . . ...: .:::::. :.: :::.:::::::
KIAA16 SKRLP---LWTPKIMIAALDYDPGDGQMGGQGKGRLALRAGDVVMVYGPMDDQGFYYGEL
        930          940       950       960       970       980   

      1770      1780      1790      1800      1810
KIAA06 NGQRGLVPSNFLEGPGPEAGGLDREPRTPQAESQRTRRRRVQC
       .:.:::::...:.                              
KIAA16 GGHRGLVPAHLLDHMSLHGH                       
           990      1000                          

>>KIAA0318  ( 1106 res)   hg00364                         (1106 aa)
 initn: 1985 init1: 418 opt: 433  Z-score: 192.9  bits: 48.2 E(): 1.3e-05
Smith-Waterman score: 1873;  32.616% identity (51.580% similar) in 1487 aa overlap (342-1807:3-1098)

             320       330       340       350       360       370 
KIAA06 RKKQRRCEELELQLRQAQNENARLVEENSRLSGRATEKEQVEWENAELRGQLLGVTQERD
                                     :  :: ....:. : ..:   :  ::.:::
KIAA03                             AGLPTRARQHDKVKAEYVHLNHPLTLVTRERD
                                           10        20        30  

             380       390       400       410       420       430 
KIAA06 SALRKSQGLQSKLESLEQVLKHMREVAQRRQQLEVEHEQARLSLREKQEEVRRLQQAQAE
        :..... ::.:::.::::::::::.:.:::::..::.::   :  ::.:.  ::..   
KIAA03 LAVKEKHQLQAKLENLEQVLKHMREAAERRQQLQLEHDQALAVLSAKQQEIDLLQKS---
             40        50        60        70        80            

             440       450       460       470       480       490 
KIAA06 AQREHEGAVQLLESTLDSMQARVRELEEQCRSQTEQFSLLAQELQAFRLHPGPLDLLTSA
                            .::::::.::.:.:::.::...:. :: : : .:::   
KIAA03 ---------------------KVRELEEKCRTQSEQFNLLSRDLEKFRQHAGKIDLLG--
                           90       100       110       120        

             500       510       520       530       540       550 
KIAA06 LDCGSLGDCPPPPCCCSIPQPCRGSGPKDLDLPPGSPGRCTPKSSEPAPATLTGVPRRTA
          ::                  . .: :..  :          :.: :  ..:.    .
KIAA03 ---GS------------------AVAPLDISTAP----------SKPFPQFMNGLATSLG
                             130                 140       150     

               560       570       580                590       600
KIAA06 KKAESL--SNSSHSESIHNSPKSCPTPEVDTA---------SEVEELEADSVSLLPAAPE
       :  ::   ..:. .: :.  :.    ::  .:         :   . :.:  .   .   
KIAA03 KGQESAIGGSSAIGEYIRPLPQPGDRPEPLSAKPTFLSRSGSARCRSESDMENERNSNTS
         160       170       180       190       200       210     

              610       620       630       640       650       660
KIAA06 GSRGGARIQVFLARYSYNPFEGPNENPEAELPLTAGEYIYIYGNMDEDGFFEGELMDGRR
        .: ...... .::::::::.:::::::::::::::.:.:.::.::::::.::::.::.:
KIAA03 KQRYSGKVHLCVARYSYNPFDGPNENPEAELPLTAGKYLYVYGDMDEDGFYEGELLDGQR
         220       230       240       250       260       270     

              670       680       690       700       710       720
KIAA06 GLVPSNFVERVSDDDLLTSLPPELADLSHSSGPELSFLSVGGGGSSSGGQSSVGRSQPRP
       ::::::::. :.:..         . :. . : : .   .. .: .  :.  .   .:  
KIAA03 GLVPSNFVDFVQDNE---------SRLASTLGNEQDQNFINHSGIGLEGEHILDLHSPTH
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KIAA06 EEEDAGDEL--SLSPSPEGLGEPPAVPYPRRLVVLKQLAHSVVLAWEPP---PERVELHG
        .    :.   .:. . . .::   :::::.....::::.::...::::   :    . .
KIAA03 IDAGITDNSAGTLDVNIDDIGED-IVPYPRKITLIKQLAKSVIVGWEPPAVPPGWGTVSS
        330       340        350       360       370       380     

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KIAA06 FHICVNGELRQALGPGAPPKAVLENLDLRAGPLHISVQALTSRGSSDPLRCCLAVGARAG
       ... :. : :. :  :.  ::..:.:.. :   .:::: .::::::: :.: : ::  . 
KIAA03 YNVLVDKETRMNLTLGSRTKALIEKLNMAACTYRISVQCVTSRGSSDELQCTLLVGKDVV
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KIAA06 VVPSQLRVHRLTATSAEITWVPGNSNLAHAIYLNGEECPPASPSTYWATFCHLRPGTPYQ
       :.::.:::  .:  ::...:.: ::: .:.:.:: ::   .. . :   : .:::.  :.
KIAA03 VAPSHLRVDNITQISAQLSWLPTNSNYSHVIFLNEEEFDIVKAARYKYQFFNLRPNMAYK
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KIAA06 AQVEAQLPPQGPWEPGWERLEQRAATLQFTTLPAGPPDAPLDVQIEPGPSPGILIISWLP
       ..: :. : : ::.   :. :.. : ..:.:::::::  : :: .. : .:. . .:: :
KIAA03 VKVLAK-PHQMPWQLPLEQREKKEAFVEFSTLPAGPPAPPQDVTVQAGVTPATIRVSWRP
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KIAA06 VTIDAAGTSNGVRVTGYAIYADGQKIMEVASPTAGSVLVELSQLQLLQVCREVVVRTMSP
        ..  .: :::. ::::..:: ::.. ::  ::: :. ::: .:. :.. . :.:::.: 
KIAA03 PVLTPTGLSNGANVTGYGVYAKGQRVAEVIFPTADSTAVELVRLRSLEA-KGVTVRTLSA
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KIAA06 HGESADSIPAPITPALAPASLPARVSCPSPHPSPEARA-PLASASPGPGDPSSPLQLPAP
       .:::.::  : . : :    .:     :.::: :  .. ::::.    : : .  .  .:
KIAA03 QGESVDSAVAAVPPELL---VP-----PTPHPRPAPQSKPLASS----GVPETKDEHLGP
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KIAA06 LGTQEPPGAPPASPSREMPKGSH--EDPPAPCSQEEAGAAVLGTSEERTASTSTLGEKDP
        . ..       .:.   :  .:  : : .:                        :...:
KIAA03 HARMDEAWEQSRAPG---PVHGHMLEPPVGP------------------------GRRSP
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KIAA06 GPAAPSLAKQEAEWTAGEACPASSSTQGARAQQAPNTEMCQGGDPGSGLRPRAEKEDTAE
       .:.   .  :       .. :.:...  : :..:      :    .: :. :.       
KIAA03 SPS--RILPQP------QGTPVSTTVAKAMAREAA-----QRVAESSRLEKRS-------
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KIAA06 LGVHLVNSLVDHGRNSDLSDIQEEEEEEEEEEEEELGSRTCSFQKQVAGNSIRENGAKSQ
         : :  : . .   ::      ::.  .  . .. :. . .: :          :..  
KIAA03 --VFLERSSAGQYAASD------EEDAYDSPDFKRRGASVDDFLK----------GSELG
            750             760       770       780                

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KIAA06 PDPFCETDSDEEILEQILELPLQQFCSKKLFSIPEEEEEEEEDEEEEKSGAGCSSRDPGP
        .: :   .::   :.          .. : .: ::.:::  .: .              
KIAA03 KQPHC-CHGDEYHTESSR--------GSDLSDIMEEDEEELYSEMQ--------------
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KIAA06 PEPALLGLGCDSGQPRRPGQCPLSPESSRAGDCLEDMPGLVGGSSRRRGGGSPEKPPSRR
                                        :::     ::               ::
KIAA03 ---------------------------------LED-----GG---------------RR
                                                                830

           1380      1390      1400      1410      1420      1430  
KIAA06 RPPDPREHCSRLLSNNGPQASGRLGPTRERGGLPVIEGPRTGLEASGRGRLGPSRRCSRG
       ::    ..  ..:.:  : ..::.    .:  .:             ::  ::.:  :: 
KIAA03 RPSGTSHNALKILGN--PASAGRVDHMGRR--FP-------------RGSAGPQR--SR-
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KIAA06 RALEPGLASCLSPKCLEISIEYDSEDEQEAGSGGISITSSCYPGDGEAWGTATVGRPRGP
           :              .   : :.                           :: :  
KIAA03 ----P--------------VTVPSIDDY--------------------------GRDRLS
                                880                                

           1500      1510      1520      1530      1540      1550  
KIAA06 PKANSGPKPYPRLPAWEKGEPERRGRSATGRAKEPLSRATETGEARGQDGSGRRGPQKRG
       :              .:..: .                                      
KIAA03 PDF------------YEESETD--------------------------------------
                    890                                            

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KIAA06 VRVLRPSTAELVPARSPSETLAYQHLPVRIFVALFDYDPVSMSPNPDAGEEELPFREGQI
            :.. ::               :.:::::::::::..:::::::.::::::.::::
KIAA03 -----PGAEEL---------------PARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQI
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KIAA06 LKVFGDKDADGFYQGEGGGRTGYIPCNMVAEVAVDSPAGRQQLLQRGYLSPDILLEGSGN
       .::.:::::::::.::  .: : ::::::.:. .:.    .:::..:.:           
KIAA03 IKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQLLRQGFL-----------
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        :.       . :  : .::...          :  . : .      . ::: .::.:.:
KIAA03 -PL-------NTPVEKIERSRRS----------GRRHSVST------RRMVALYDYDPRE
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KIAA03 SSPNVDVEAELTFCTGDIITVFGEIDEDGFYYGELNGQKGLVPSNFLEEVPDDVEVYLSD
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        : .  :   .:.. .:        
KIAA03 APSHYSQDTPMRSKAKRKKSVHFIP
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]