# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00654s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0612.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0612, 1810 aa vs ./tmplib.23663 library 1985695 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.7255+/-0.0116; mu= -21.0269+/- 0.782 mean_var=627.4118+/-150.114, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.051203 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1666 ( 1003 res) fg02554 (1003) 627 62.5 5.7e-10 KIAA0318 ( 1106 res) hg00364 (1106) 433 48.2 1.3e-05 >>KIAA1666 ( 1003 res) fg02554 (1003 aa) initn: 1461 init1: 434 opt: 627 Z-score: 270.8 bits: 62.5 E(): 5.7e-10 Smith-Waterman score: 1153; 30.007% identity (49.376% similar) in 1363 aa overlap (439-1780:21-996) 410 420 430 440 450 460 KIAA06 EQARLSLREKQEEVRRLQQAQAEAQREHEGAVQLLESTLDSMQARVRELEEQCRSQTEQF : :::... . : : ..:... .. .. KIAA16 RSARPPGPRVSRARCLPGLIAEQLLQQAARG-QDRQQQLQRDPQKALCDL 10 20 30 40 470 480 490 500 510 KIAA06 SLLAQELQAFRLHPG-PLDL--LTSALDCGSLGDCPPP-----PCCCSIPQPCRGSGPK- .:.::.. .:: : . :: . ... : : .. :: : : KIAA16 HPSWKEIQALQCRPGHPPEQPWETSQMPESQVKGSRRPKFHARPEDYAVSQPNRDIQEKR 50 60 70 80 90 100 520 530 540 550 560 570 KIAA06 --DLDLPPGSPGRCT--PKSSEPAPATLTGVPRRTAKKAESLSNSSHSESIHNSPKSCPT .:. : . :. . :. :: .::. : .::. : :::: :. . : :: KIAA16 EASLEESPVALGESASVPQVSETVPASQ---P--LSKKTSSQSNSSSEGSMWATVPSSPT 110 120 130 140 150 160 580 590 600 610 620 630 KIAA06 PEVDTASEVEELEADSVSL-LPAAPEGSRGGARIQVFLARYSYNPFEGPNENPEAELPLT . ::::::..:: ::::: : . .. .. ....:.:.:.::::::::..::.::::: KIAA16 LDRDTASEVDDLEPDSVSLALEMGGSAAPAAPKLKIFMAQYNYNPFEGPNDHPEGELPLT 170 180 190 200 210 220 640 650 660 670 680 690 KIAA06 AGEYIYIYGNMDEDGFFEGELMDGRRGLVPSNFVERVSDDDLLTSLPPELADLSHSSGPE ::.::::.:.::::::.:::: :::::::::::::.. :. . :: . :: :: KIAA16 AGDYIYIFGDMDEDGFYEGELDDGRRGLVPSNFVEQIPDSYIPGCLPAKSPDL----GP- 230 240 250 260 270 700 710 720 730 740 750 KIAA06 LSFLSVGGGGSSSGGQSSVGRSQPRPEEEDAGDELSLSPSPEGLGEPPAVPYPRRLVVLK : : .: : . :::. :: . .: :: . KIAA16 -SQLPAG---------------QDEALEEDS----LLSGKAQG-------------VVDR 280 290 300 760 770 780 790 800 810 KIAA06 QLAHSVVLAWEPPPERVELHGFHICVNGELRQALGPGAPPKAVLENLDLRAGPLHISV-Q : . : :: :. ... : :: .. .... : KIAA16 GLCQMV---------RV-------------------GSKTEVATEILDTKTEACQLGLLQ 310 320 330 820 830 840 850 860 870 KIAA06 ALTSRGSSDPLRCCLAVGARAGVVPSQLRVHRLTATSAEITWVPGNSNLAHAIYLNGEE- .. ..: : :: :.. . ..: ::... .:::::.:::: .. :..::. .: KIAA16 SMGKQGLSRPL---LGTKGVLRMAPMQLHLQNVTATSANITWVYSSHRHPHVVYLDDREH 340 350 360 370 380 390 880 890 900 910 920 930 KIAA06 -CPPASPSTYWATFCHLRPGTPYQAQVEAQLPPQGPWEPGWERLEQRAATLQFTTLPAGP ::. : : :: : ::: :.:.::..:: . . : . ..:. : :: ::: KIAA16 ALTPAGVSCY--TFQGLCPGTHYRARVEVRLP-RDLLQVYWGTM---SSTVTFDTLLAGP 400 410 420 430 440 940 950 960 970 980 990 KIAA06 PDAPLDVQIEPGPSPGILIISWLPVTIDAAGTSNGVRVTGYAIYADGQKIMEVASPTAGS : :::: .: :::.:..::::::::.::.::::.:::::.:::: :. :::. :::: KIAA16 PYPPLDVLVERHASPGVLVVSWLPVTIDSAGSSNGVQVTGYAVYADGLKVCEVADATAGS 450 460 470 480 490 500 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA06 VLVELSQLQLLQVCREVVVRTMSPHGESADSIPAPITPALAPASLPARVSCPSPHPSPEA .:.:.::::. . ..: ::::: ::: ::.:: : : .. : : ::. KIAA16 TLLEFSQLQVPLTWQKVSVRTMSLCGESLDSVPAQI-----PEDF---FMC---HRWPET 510 520 530 540 550 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA06 RAPLASASPGPGDPSSPLQLPAPLGTQEPPGAPPASPSREMPKGSHEDPPAPCSQEEAGA :.. . ::::. .. :. :. :::.. . :: .: : . KIAA16 -PPFSYTC---GDPST-YRVTFPVCPQKLSLAPPSAKASPHNPGSCGEPQAKFLE----- 560 570 580 590 600 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA06 AVLGTSEERTASTSTLGEKDPGPAAPSLAKQEAEWTAGEACPASSSTQGARAQQ-APNTE : . .: . .:.:: . :: :: :: :..::. : : KIAA16 AFFEEPPRRQSPVSNLG------------------SEGE-CP--SSGAGSQAQELAEAWE 610 620 630 640 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA06 MCQGGDPGSGLRPRAEKEDTAELGVHLVNSLVDHGRNSDLSDIQEEEEEEEEEEEEELGS : ..: : .. .. : ..:: . :.:. ...:. KIAA16 GC--------------RKDL------LFQKSPQNHRPPSVSD----QPGEKENCSQHMGT 650 660 670 680 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA06 RTCSFQKQVAGNSIR---ENGAKSQPDPFCETDSDEEILEQILELPLQQFCSKKLFSIPE .:. : . :. : : ...: :. .. ::..:. KIAA16 -----SKSPAPGFIHLRTECGPRKEP---CQ---EKAALERVLR---------------- 690 700 710 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA06 EEEEEEEDEEEEKSGAGCSSRDPGPPEPALLGLGCDSGQPRRPGQCPLSPESSRAGDCLE ..... : . ::. :: : : . :. : . . ::. KIAA16 ----------QKQDAQGFT-----PPQ-----LGA-SQQYASDFHNVLKEE--QEALCLD 720 730 740 750 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA06 DMPGLVGGSSRRRGGGSPEKPPSRRRPPDPREHCSRLLSNNGPQASGRLGPTRERGGLPV . :. ::. .:: :.:. : .: :: KIAA16 -----LWGTERRE----------ERREPEPH-------SRQG-QA--------------- 760 770 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA06 IEGPRTGLEASGRGRLGPSRRCSRGRALEPGLASCLSPKCLEISIEYDSEDEQEAGSGGI :: .: : . ::. : : .:. :.. KIAA16 ---------------LGVKRGC---QLHEPSSALCPAPSAKVIKM--------------- 780 790 800 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA06 SITSSCYPGDGEAWGTATVGRPRGPPKANSGPKPYPRLPAWEKGEPERRGRSATGRAKEP ::: :. KIAA16 ---------------------PRGGPQ--------------------------------- 1530 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA06 LSRATETGEARGQDGSGRRGPQKRGVRVLRPSTAELVPARSPSETLAYQHLPVRIFVALF : :.: . :.:.:::: KIAA16 ------------QLGTG-------------------------------ANTPARVFVALS 810 820 1590 1600 1610 1620 1630 1640 KIAA06 DYDPVSMSPNPDAGEEELPFREGQILKVFGDKDADGFYQGEGGGRTGYIPCNMVAEVAVD ::.:. :: : :.:::: :.. :.:.:.:..:. :: .: . ..: :: .:::. : KIAA16 DYNPLVMSANLKAAEEELVFQKKQLLRVWGSQDTHDFYLSECNRQVGNIPGCLVAEMEV- 830 840 850 860 870 880 1650 1660 1670 1680 1690 1700 KIAA06 SPAGRQQLLQRGYLSPDILLEGSGNGPFVYSTARTTGPPPKPRRSKKAESEGPAQPCPGP : .: .: . :: ..:. : : : . .: . : KIAA16 ---GTEQTDRR-WRSP-----AQGHLPSVAHLEDFQG---------LTIPQGSSLVLQGN 890 900 910 920 1710 1720 1730 1740 1750 1760 KIAA06 PKLVPSADLKAPHSMVAAFDYNPQESSPNMDVEAELPFRAGDVITVFGGMDDDGFYYGEL : .: : .:. :.::.::.: ... . . ...: .:::::. :.: :::.::::::: KIAA16 SKRLP---LWTPKIMIAALDYDPGDGQMGGQGKGRLALRAGDVVMVYGPMDDQGFYYGEL 930 940 950 960 970 980 1770 1780 1790 1800 1810 KIAA06 NGQRGLVPSNFLEGPGPEAGGLDREPRTPQAESQRTRRRRVQC .:.:::::...:. KIAA16 GGHRGLVPAHLLDHMSLHGH 990 1000 >>KIAA0318 ( 1106 res) hg00364 (1106 aa) initn: 1985 init1: 418 opt: 433 Z-score: 192.9 bits: 48.2 E(): 1.3e-05 Smith-Waterman score: 1873; 32.616% identity (51.580% similar) in 1487 aa overlap (342-1807:3-1098) 320 330 340 350 360 370 KIAA06 RKKQRRCEELELQLRQAQNENARLVEENSRLSGRATEKEQVEWENAELRGQLLGVTQERD : :: ....:. : ..: : ::.::: KIAA03 AGLPTRARQHDKVKAEYVHLNHPLTLVTRERD 10 20 30 380 390 400 410 420 430 KIAA06 SALRKSQGLQSKLESLEQVLKHMREVAQRRQQLEVEHEQARLSLREKQEEVRRLQQAQAE :..... ::.:::.::::::::::.:.:::::..::.:: : ::.:. ::.. KIAA03 LAVKEKHQLQAKLENLEQVLKHMREAAERRQQLQLEHDQALAVLSAKQQEIDLLQKS--- 40 50 60 70 80 440 450 460 470 480 490 KIAA06 AQREHEGAVQLLESTLDSMQARVRELEEQCRSQTEQFSLLAQELQAFRLHPGPLDLLTSA .::::::.::.:.:::.::...:. :: : : .::: KIAA03 ---------------------KVRELEEKCRTQSEQFNLLSRDLEKFRQHAGKIDLLG-- 90 100 110 120 500 510 520 530 540 550 KIAA06 LDCGSLGDCPPPPCCCSIPQPCRGSGPKDLDLPPGSPGRCTPKSSEPAPATLTGVPRRTA :: . .: :.. : :.: : ..:. . KIAA03 ---GS------------------AVAPLDISTAP----------SKPFPQFMNGLATSLG 130 140 150 560 570 580 590 600 KIAA06 KKAESL--SNSSHSESIHNSPKSCPTPEVDTA---------SEVEELEADSVSLLPAAPE : :: ..:. .: :. :. :: .: : . :.: . . KIAA03 KGQESAIGGSSAIGEYIRPLPQPGDRPEPLSAKPTFLSRSGSARCRSESDMENERNSNTS 160 170 180 190 200 210 610 620 630 640 650 660 KIAA06 GSRGGARIQVFLARYSYNPFEGPNENPEAELPLTAGEYIYIYGNMDEDGFFEGELMDGRR .: ...... .::::::::.:::::::::::::::.:.:.::.::::::.::::.::.: KIAA03 KQRYSGKVHLCVARYSYNPFDGPNENPEAELPLTAGKYLYVYGDMDEDGFYEGELLDGQR 220 230 240 250 260 270 670 680 690 700 710 720 KIAA06 GLVPSNFVERVSDDDLLTSLPPELADLSHSSGPELSFLSVGGGGSSSGGQSSVGRSQPRP ::::::::. :.:.. . :. . : : . .. .: . :. . .: KIAA03 GLVPSNFVDFVQDNE---------SRLASTLGNEQDQNFINHSGIGLEGEHILDLHSPTH 280 290 300 310 320 730 740 750 760 770 KIAA06 EEEDAGDEL--SLSPSPEGLGEPPAVPYPRRLVVLKQLAHSVVLAWEPP---PERVELHG . :. .:. . . .:: :::::.....::::.::...:::: : . . KIAA03 IDAGITDNSAGTLDVNIDDIGED-IVPYPRKITLIKQLAKSVIVGWEPPAVPPGWGTVSS 330 340 350 360 370 380 780 790 800 810 820 830 KIAA06 FHICVNGELRQALGPGAPPKAVLENLDLRAGPLHISVQALTSRGSSDPLRCCLAVGARAG ... :. : :. : :. ::..:.:.. : .:::: .::::::: :.: : :: . KIAA03 YNVLVDKETRMNLTLGSRTKALIEKLNMAACTYRISVQCVTSRGSSDELQCTLLVGKDVV 390 400 410 420 430 440 840 850 860 870 880 890 KIAA06 VVPSQLRVHRLTATSAEITWVPGNSNLAHAIYLNGEECPPASPSTYWATFCHLRPGTPYQ :.::.::: .: ::...:.: ::: .:.:.:: :: .. . : : .:::. :. KIAA03 VAPSHLRVDNITQISAQLSWLPTNSNYSHVIFLNEEEFDIVKAARYKYQFFNLRPNMAYK 450 460 470 480 490 500 900 910 920 930 940 950 KIAA06 AQVEAQLPPQGPWEPGWERLEQRAATLQFTTLPAGPPDAPLDVQIEPGPSPGILIISWLP ..: :. : : ::. :. :.. : ..:.::::::: : :: .. : .:. . .:: : KIAA03 VKVLAK-PHQMPWQLPLEQREKKEAFVEFSTLPAGPPAPPQDVTVQAGVTPATIRVSWRP 510 520 530 540 550 560 960 970 980 990 1000 1010 KIAA06 VTIDAAGTSNGVRVTGYAIYADGQKIMEVASPTAGSVLVELSQLQLLQVCREVVVRTMSP .. .: :::. ::::..:: ::.. :: ::: :. ::: .:. :.. . :.:::.: KIAA03 PVLTPTGLSNGANVTGYGVYAKGQRVAEVIFPTADSTAVELVRLRSLEA-KGVTVRTLSA 570 580 590 600 610 620 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA06 HGESADSIPAPITPALAPASLPARVSCPSPHPSPEARA-PLASASPGPGDPSSPLQLPAP .:::.:: : . : : .: :.::: : .. ::::. : : . . .: KIAA03 QGESVDSAVAAVPPELL---VP-----PTPHPRPAPQSKPLASS----GVPETKDEHLGP 630 640 650 660 670 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA06 LGTQEPPGAPPASPSREMPKGSH--EDPPAPCSQEEAGAAVLGTSEERTASTSTLGEKDP . .. .:. : .: : : .: :...: KIAA03 HARMDEAWEQSRAPG---PVHGHMLEPPVGP------------------------GRRSP 680 690 700 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA06 GPAAPSLAKQEAEWTAGEACPASSSTQGARAQQAPNTEMCQGGDPGSGLRPRAEKEDTAE .:. . : .. :.:... : :..: : .: :. :. KIAA03 SPS--RILPQP------QGTPVSTTVAKAMAREAA-----QRVAESSRLEKRS------- 710 720 730 740 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA06 LGVHLVNSLVDHGRNSDLSDIQEEEEEEEEEEEEELGSRTCSFQKQVAGNSIRENGAKSQ : : : . . :: ::. . . .. :. . .: : :.. KIAA03 --VFLERSSAGQYAASD------EEDAYDSPDFKRRGASVDDFLK----------GSELG 750 760 770 780 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA06 PDPFCETDSDEEILEQILELPLQQFCSKKLFSIPEEEEEEEEDEEEEKSGAGCSSRDPGP .: : .:: :. .. : .: ::.::: .: . KIAA03 KQPHC-CHGDEYHTESSR--------GSDLSDIMEEDEEELYSEMQ-------------- 790 800 810 820 1320 1330 1340 1350 1360 1370 KIAA06 PEPALLGLGCDSGQPRRPGQCPLSPESSRAGDCLEDMPGLVGGSSRRRGGGSPEKPPSRR ::: :: :: KIAA03 ---------------------------------LED-----GG---------------RR 830 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA06 RPPDPREHCSRLLSNNGPQASGRLGPTRERGGLPVIEGPRTGLEASGRGRLGPSRRCSRG :: .. ..:.: : ..::. .: .: :: ::.: :: KIAA03 RPSGTSHNALKILGN--PASAGRVDHMGRR--FP-------------RGSAGPQR--SR- 840 850 860 870 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA06 RALEPGLASCLSPKCLEISIEYDSEDEQEAGSGGISITSSCYPGDGEAWGTATVGRPRGP : . : :. :: : KIAA03 ----P--------------VTVPSIDDY--------------------------GRDRLS 880 1500 1510 1520 1530 1540 1550 KIAA06 PKANSGPKPYPRLPAWEKGEPERRGRSATGRAKEPLSRATETGEARGQDGSGRRGPQKRG : .:..: . KIAA03 PDF------------YEESETD-------------------------------------- 890 1560 1570 1580 1590 1600 1610 KIAA06 VRVLRPSTAELVPARSPSETLAYQHLPVRIFVALFDYDPVSMSPNPDAGEEELPFREGQI :.. :: :.:::::::::::..:::::::.::::::.:::: KIAA03 -----PGAEEL---------------PARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQI 900 910 920 930 1620 1630 1640 1650 1660 1670 KIAA06 LKVFGDKDADGFYQGEGGGRTGYIPCNMVAEVAVDSPAGRQQLLQRGYLSPDILLEGSGN .::.:::::::::.:: .: : ::::::.:. .:. .:::..:.: KIAA03 IKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQLLRQGFL----------- 940 950 960 970 980 1680 1690 1700 1710 1720 1730 KIAA06 GPFVYSTARTTGPPPKPRRSKKAESEGPAQPCPGPPKLVPSADLKAPHSMVAAFDYNPQE :. . : : .::... : . : . . ::: .::.:.: KIAA03 -PL-------NTPVEKIERSRRS----------GRRHSVST------RRMVALYDYDPRE 990 1000 1010 1020 1740 1750 1760 1770 1780 1790 KIAA06 SSPNMDVEAELPFRAGDVITVFGGMDDDGFYYGELNGQRGLVPSNFLEG-PGPEAGGLDR ::::.:::::: : .::.::::: .:.:::::::::::.::::::::: : :. KIAA03 SSPNVDVEAELTFCTGDIITVFGEIDEDGFYYGELNGQKGLVPSNFLEEVPDDVEVYLSD 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1800 1810 KIAA06 EP-RTPQAESQRTRRRRVQC : . : .:.. .: KIAA03 APSHYSQDTPMRSKAKRKKSVHFIP 1090 1100 1810 residues in 1 query sequences 1985695 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:08 2008 done: Thu Dec 18 15:09:09 2008 Total Scan time: 0.990 Total Display time: 0.210 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]