# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01488b.fasta.huge -Q ../query/KIAA0603.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0603, 1348 aa vs ./tmplib.23663 library 1986157 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5888+/-0.00531; mu= -4.3442+/- 0.356 mean_var=243.4176+/-59.685, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 132 in 1/39 Lambda= 0.082205 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 ( 763) 2169 271.0 5.5e-73 KIAA0019 ( 838 res) ha00537 ( 838) 391 60.2 1.8e-09 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 359 56.4 2.5e-08 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 340 54.3 1.6e-07 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 320 51.9 8.4e-07 KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 305 49.9 2e-06 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 303 49.7 2.1e-06 >>KIAA1108 ( 763 res) hh03387s1 (763 aa) initn: 2432 init1: 1661 opt: 2169 Z-score: 1402.2 bits: 271.0 E(): 5.5e-73 Smith-Waterman score: 2468; 51.902% identity (73.252% similar) in 815 aa overlap (524-1327:4-755) 500 510 520 530 540 550 KIAA06 SAKTQIKLCEACPMHSLHKLCERIEGLYPPRAKLVIQRHLSSLTDNEQADIFERVQKMKP ..:: .:.::..::..::: :::.:::..: KIAA11 NSSKTKLELQKHLTTLTNQEQATIFEEVQKLRP 10 20 30 560 570 580 590 600 KIAA06 VSDQEENELVILHLRQLCEAKQKTHVHIGEGPSTIS------NSTIPENATSSGRFKLDI ..:.::::.: :: : : ::: :.:::: .: . .: .: .:: ::.::. KIAA11 RNEQRENELIISFLRCLYEEKQKEHIHIGEMKQTSQMAAENIGSELPPSAT---RFRLDM 40 50 60 70 80 90 610 620 630 640 650 660 KIAA06 LKNKAKRSLTSSLENIFSRGANRMRGRLGSVDSFERSNSLASEKDYSPGDSPPGTPPASP :::::::::: :::.:.::: :. :: : . ..::.: . . . : : KIAA11 LKNKAKRSLTESLESILSRG-NKARGLQEHSISVDLDSSLSSTLSNTSKEPSVCEKEALP 100 110 120 130 140 670 680 690 700 710 720 KIAA06 PS-SAWQTF-PEEDSDSPQFRRRAHTFSHPPSSTKRKLNLQDGRAQGVRSPLLRQSSSEQ : :... . :: .: . :: : :. 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KIAA00 RGREGAEIEPWEDADYLVYKVTDRFGFLHEEELPDHNVAVERQK--HLEIERTTKW-LKM 40 50 60 70 80 90 950 960 970 980 990 1000 KIAA06 LNCRAKIRCDMEDIHTLLKEGVPKSRRGEIWQFLALQYRLRHRLPN-KQQPPDI--SYKE :. : . . : .: . .:.: . :::.: .: ..:. :.. :. . :. KIAA00 LKGWEKYK-NTEKFHRRIYKGIPLQLRGEVWALLL-------EIPKMKEETRDLYSKLKH 100 110 120 130 140 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA06 LLKQLTAQQHAILVDLGRTFPTHPYFSVQLGPGQLSLFNLLKAYSLLDKEVGYCQGISFV . . . . : .:..::: : .: . : : :::..: :::. . :::::::.: . KIAA00 RARGCSPDIRQIDLDVNRTFRDHIMFRDRYGVKQQSLFHVLAAYSIYNTEVGYCQGMSQI 150 160 170 180 190 200 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA06 AGVLLLHMSEEQAFEML-------KFLMYDLGFRKQYRPDMMSLQIQMYQLSRLLHDYHR ...::..:.::.:: : : :. :: : : .. .: . ..:. . KIAA00 TALLLMYMNEEDAFWALVKLFSGPKHAMH--GFFVQGFPKLLRFQ---EHHEKILNKFLS 210 220 230 240 250 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA06 DLYNHLEENEISPSLYAAPWFLTLFASQFSLGFVARVFDIIFLQGTEVIFKVALSLLSSQ : .::. .:: :.:. ::. : .. . . :..:: ...: .:. .. ..:. . 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KIAA00 KKHLMKL-SMEELVEFFQETLAKDFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLDLPEPGKEDEYP 320 330 340 350 360 370 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA06 ESSYSCEDSETLEKLERANSQLKRQNMDLLEKLQVAHTKIQALESNLENLLTRETKMKSL KIAA00 KKPLGQLPPELQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRRESGAPHRRHEHSPHPQSRTGTPE 380 390 400 410 420 430 >>KIAA1055 ( 868 res) hh09512 (868 aa) initn: 340 init1: 282 opt: 359 Z-score: 241.3 bits: 56.4 E(): 2.5e-08 Smith-Waterman score: 370; 21.078% identity (55.882% similar) in 612 aa overlap (624-1195:245-843) 600 610 620 630 640 650 KIAA06 PENATSSGRFKLDILKNKAKRSLTSSLENIFSRGANRMRGRLGSVDSF-ERSNSLASEKD :. : : ..:. : . .: .: KIAA10 PKDLEESIVQEEKKKLTPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYKNRHSSGDP 220 230 240 250 260 270 660 670 680 690 700 710 KIAA06 YSPGDSPPGTPPASPPSSAWQTFPEEDSDSPQFRRRAHTFSHPPSSTKRKLNLQDGRAQG : : : :. :.: : . .:.. .... ... :: :. . : . : KIAA10 SSEGTSGSGSVSIRKPASEMQL--QVQSQQEELEQ----LKKDLSSQKELVRLLQ---QT 280 290 300 310 320 720 730 740 750 760 KIAA06 VRSPLLRQ--SSSEQCSNL--SSVRRMYKESNSSSSLPSLHTSFSAPSFTAPSFLKSFYQ ::: . .::. : .. .... ....... .: : :: . . . .... . KIAA10 VRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDTLELLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKS 330 340 350 360 370 380 770 780 790 800 810 820 KIAA06 NSGRLSPQ----YEN-EIRQDTASESSDGEGR--KRTSSTCSNESLSVGGTSVTPRRISW . :.:. : .:. . .... . :.::: : . : . :. .. :.. KIAA10 KVGELNEQLGMLMETIQAKDEVIIKLSEGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKD 390 400 410 420 430 440 830 840 850 860 870 KIAA06 RQRIFLRVASPMNKSP---SAMQQQ-DGLDRNELLPLSPLSPTME--EEPLVIFLSGEDD . . . .:: ::.... . .:. . : : . : .:.:. KIAA10 NLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRNAERRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKT 450 460 470 480 490 500 880 890 900 910 920 KIAA06 PEKIEERKKSKE-LRSLWRKAIH-------QQILL---LRMEKENQKLEGASRDELQSR- : :.. ..: . .: . :.. .: .. : : . .. . .:. . . KIAA10 PVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKL 510 520 530 540 550 560 930 940 950 960 970 KIAA06 --KVK-LDYEEVGACQKEVL---ITWDKKLLNCRAK-IRCDMEDIHTLLKEGVPKSRRGE ::. :: . . ... . . :.. . . . . :. : ...:.. :.:. .:.. KIAA10 VAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE-LKNLIRAGIPHEHRSK 570 580 590 600 610 620 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA06 IWQFLALQYRLRHRLPNKQQPPDIS---YKELLKQLTAQQHAILVDLGRTFPTHPYFSVQ .:.. . : ... .. .: .. : : :: :... : .:: ::.:.. ..: KIAA10 VWKWCV--DRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKALEKQNPASKQ-IELDLLRTLPNNKHYSCP 630 640 650 660 670 680 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA06 LGPGQLSLFNLLKAYSLLDKEVGYCQGISFVAGVLLLHMSEEQAFEMLKFLMYDLGFRKQ . : .: :.: :.: . ..:::::.. ...: ::.. .:.:: : .. . : KIAA10 TSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDY 690 700 710 720 730 740 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA06 YRPDMMSLQIQMYQLSRLLHDYHRDLYNHLEENEISPSLYAAPWFLTLFASQFSLGFVAR : ... :... . :. . :..:.:. ... .: . :::..:... .. . KIAA10 YTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFK 750 760 770 780 790 800 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA06 VFDIIFLQGTEVIFKVALSLLSSQETLIMECESFENIVEFLKNTLPDMNTSEMEKIITQV ..: .. .: .:::. ::.:.. .: :.. .. .: ..:. KIAA10 IWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTT 810 820 830 840 850 860 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA06 FEMDISKQLHAYEVEYHVLQDELQESSYSCEDSETLEKLERANSQLKRQNMDLLEKLQVA KIAA10 WRKSGWS >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 236 init1: 121 opt: 340 Z-score: 226.7 bits: 54.3 E(): 1.6e-07 Smith-Waterman score: 362; 26.757% identity (57.027% similar) in 370 aa overlap (959-1327:531-867) 930 940 950 960 970 980 KIAA06 YEEVGACQKEVLITWDKKLLNCRAKIRCDMEDIHTLLKEGVPKSRRGEIWQFLALQYRLR : . :. .:.:.: :::.: .:. . KIAA08 NPKLAKEFLKEQAWKIHFAEYGQGICMYRTEKTRELVLKGIPESMRGELWLLLSGAINEK 510 520 530 540 550 560 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA06 HRLPNKQQPPDISYKELLKQLTAQQHAILVDLGRTFPTHPYFSVQLGPGQLSLFNLLKAY :. . :. : . : : .. : :: :..: :: :. ..: . : .: :: KIAA08 ATHPGYYE--DLVEKSMGKYNLATEE-IERDLHRSLPEHPAFQNEMGIAALR--RVLTAY 570 580 590 600 610 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA06 SLLDKEVGYCQGISFVAGVLLLHMSEEQAFEMLKFLMYDLGFRKQYRPDMMSLQIQMYQL .. . ..::::....:..::::. .::.:: .: : . . : ... ... . KIAA08 AFRNPNIGYCQAMNIVTSVLLLYAKEEEAFWLLVALCERM-LPDYYNTRVVGALVDQGVF 620 630 640 650 660 670 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA06 SRLLHDYHRDLYNHLEENEISPSLYAAPWFLTLFASQFSLGFVARVFDIIFLQGTEVIFK .: .:: .::. ... . : . :::::: : . . .. : : .: .: .:::. KIAA08 EELARDYVPQLYDCMQDLGVI-STISLSWFLTLFLSVMPFESAVVVVDCFFYEGIKVIFQ 680 690 700 710 720 730 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA06 VALSLLSSQETLIMECESFENIVEFLKNTLPDM-NTSEMEKIITQVFEMDISKQLHAYEV .::..:... ...:.. . . : : .. : . : .. . .: ... : KIAA08 LALAVLDANVDKLLNCKDDGEAMTVLGRYLDSVTNKDSTLPPIPHLHSL-LSDDVEPYP- 740 750 760 770 780 790 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA06 EYHVLQDELQESSYSCEDSETLEKLERANSQLKRQNMDLLEKLQVAHTKIQALESNLENL : ... : ..:: ::. ..: .: : . ..:.: ::.:: KIAA08 EVDIFR--LIRTSY--------EKFGTIRADLIEQ-MRFKQRLKV----IQTLE------ 800 810 820 830 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA06 LTRETKMKSLIRTLEQEKMAYQKTVEQLRKLLPADALANCDLLLRDLNCNPNNKAKIGNK .: ....::. : .:.: :. :. :..: KIAA08 ---DTTKRNVVRTIVTETSFTIDELEELYALFKAEHLTSCYWGGSSNALDRHDPSLPYLE 840 850 860 870 880 KIAA06 P KIAA08 QYRIDFEQFKGMFALLFPWACGTHSDVLASRLFQLLDENGDSLINFREFVSGLSAACHGD 890 900 910 920 930 940 >>KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262 aa) initn: 264 init1: 123 opt: 320 Z-score: 214.0 bits: 51.9 E(): 8.4e-07 Smith-Waterman score: 334; 23.941% identity (54.237% similar) in 472 aa overlap (796-1254:366-802) 770 780 790 800 810 820 KIAA06 FYQNSGRLSPQYENEIRQDTASESSDGEGRKRTSSTCSNESLSVGGTS-VTPRRISWRQR : ::. ::.. : .: . ..: KIAA06 FISNNYICFASKEEDACHLIIPLREVTIVEKADSSSVLPSPLSISTKSKMTFLFANLKDR 340 350 360 370 380 390 830 840 850 860 870 880 KIAA06 IFL--RVASPMNKSPSAMQQQDGLDRNELL-PLSPLSPTMEEEPLVIFLSGEDDPEKIEE :: :... ..:.:: . . : . .. : . ::. .: : ..: . KIAA06 DFLVQRISDFLQKTPSKQPGSIGSRKASVVDPSTESSPAPQE--------GSEQPASPAS 400 410 420 430 440 890 900 910 920 930 940 KIAA06 RKKSKELRSLWRKAIHQQILLLRMEKENQKLEGASRDELQSRKVKLDYEEVGACQKEVLI .:.. . .: :: .. ..:. .: : :: .: KIAA06 PLSSRQSFCAQEAPTASQGLL-KLFQKNSPME--------------DLGAKGAKEKMKEE 450 460 470 480 490 950 960 970 980 990 KIAA06 TWDKKLLNCRAKIRCDMEDIHT--LLKEGVPKSRRGEIWQFLALQYRLRHRLPNKQQPPD .: .... .. : .. .: :. .:.:.: :::.: ... . :.. KIAA06 SWHIHFFE-YGRGVCMYRTAKTRALVLKGIPESLRGELWLLFSGAW-------NEMVTHP 500 510 520 530 540 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA06 ISYKELLKQLTAQQ----HAILVDLGRTFPTHPYFSVQLGPGQLSLFNLLKAYSLLDKEV : ::... :.. . : :: :..: :: :. .:: . : .: ::.. . . KIAA06 GYYAELVEKSTGKYSLATEEIERDLHRSMPEHPAFQNELGIAALR--RVLTAYAFRNPTI 550 560 570 580 590 600 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA06 GYCQGISFVAGVLLLHMSEEQAFEMLKFLMYDLGFRKQYRPDMMSLQIQMYQLSRLLHDY ::::....:..::::. :::.:: .: : . . : ... ... . .: .:. 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