# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01082b.fasta.huge -Q ../query/KIAA0602.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0602, 962 aa vs ./tmplib.23663 library 1986543 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2295+/-0.00945; mu= 0.8791+/- 0.643 mean_var=356.2241+/-84.900, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.067954 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1175 ( 641 res) hg02720a ( 641) 1080 120.0 9.4e-28 >>KIAA1175 ( 641 res) hg02720a (641 aa) initn: 1815 init1: 754 opt: 1080 Z-score: 590.1 bits: 120.0 E(): 9.4e-28 Smith-Waterman score: 2270; 55.506% identity (78.274% similar) in 672 aa overlap (302-961:1-641) 280 290 300 310 320 330 KIAA06 DDAVQGQDLDEDDFDVGKPKKQRRSIVRTTSMTRQQNFKQKVVALLRRFKVSDEV-LDSE ..::: :.::: ::::.:::::::: . : KIAA11 AITRQPNIKQKFVALLKRFKVSDEVGFGLE 10 20 30 340 350 360 370 380 390 KIAA06 QDPAEHIPEAEEDLDLLYDTLDMEHPSDSGPDMEDDDSVLSTPKPKLRPYFEGLSHSSSQ . :.: :.::::: :::.:.: .::::::.::. .:.::::::::.:.:::.:.:::: KIAA11 HVSREQIREVEEDLDELYDSLEMYNPSDSGPEMEETESILSTPKPKLKPFFEGMSQSSSQ 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 KIAA06 TEIGSIHSARS-HKEPPSPADVP--EKTRSLGGRQPSDSVSDTVALGVPGPREHPGQPED :::::..: : :. :: .. :: .: .. .::...: .: . .. KIAA11 TEIGSLNSKGSLGKDTTSPMELAALEKIKSTWIKNQDDSLTETDTLEIT---------DQ 100 110 120 130 140 450 460 470 480 490 500 KIAA06 SPEAEASTLDVFTERLPPSGRITKTE--SLVIPSTRSEGKQAGRRGRSTSLKERQAARPQ . ..::: : :.. . .::. . . :: . :: .. :. ::: ::::: ..: KIAA11 DMFGDASTSLVVPEKVKTPMKSSKTDLQGSASPS-KVEGVHTPRQKRSTPLKERQLSKPL 150 160 170 180 190 200 510 520 530 540 550 560 KIAA06 NERANSLDNERCPDARSQLQVQLQIPRKTVYDQLNHILISDDQLPENIILVNTSDWQGQF .::.:: :.:: :: : . :::::.::::::.::.:: ::::.:::::.:::::. KIAA11 SERTNSSDSERSPD----LGHSTQIPRKVVYDQLNQILVSDAALPENVILVNTTDWQGQY 210 220 230 240 250 570 580 590 600 610 620 KIAA06 LSDVLQRHTLPVVCTCSPADVQAAFSTIVSRIQRYCNCNSQPPTPVKIAVAGAQHYLSAI ....:: . ::::::: ..:::..:....::::::::::. : :::.:..:.: :::.: KIAA11 VAELLQDQRKPVVCTCSTVEVQAVLSALLTRIQRYCNCNSSMPRPVKVAAVGGQSYLSSI 260 270 280 290 300 310 630 640 650 660 670 680 KIAA06 LRLFVEQLSHKTPDWLGYMRFLVIPLGSHPVARYLGSVDYRYNNFFQDLAWRDLFNKLEA ::.::..:..:: :::::::::.:::::::::.:::::: .:.. : : .:::::.. : KIAA11 LRFFVKSLANKTSDWLGYMRFLIIPLGSHPVAKYLGSVDSKYSSSFLDSGWRDLFSRSEP 320 330 340 350 360 370 690 700 710 720 730 740 KIAA06 QSAVQDTPDIVSRITQYIAGANCAHQLPIAEAMLTYKQKRKKHFHFDFTLSPDEESSQKF :.. :...:. ::. :: .::::.:::::: ..: : :::.: ::: KIAA11 --PVSEQLDVAGRVMQYVNGAATTHQLPVAEAMLTCRHK--------F---PDEDSYQKF 380 390 400 410 420 750 760 770 780 790 800 KIAA06 IPFVGVVKVGIVEPSSATSGDSDDAAPSGSGTLSST-PPSASPAAKEASPTPPSSPSVSG :::.::::::.:: : .:.::.::. : : :. :: :::.: ...:. :::::::.:. KIAA11 IPFIGVVKVGLVEDSPSTAGDGDDS-PVVSLTVPSTSPPSSSGLSRDATATPPSSPSMSS 430 440 450 460 470 480 810 820 830 840 850 860 KIAA06 GLS---SPSQGVGAELMGLQVDYWTAAQPADRKRDAEKKDLPVTKNTLKCTFRSLQVSRL .:. ::.. : ...::::::: . .:..:.:...:.: .::::: .:::.::::: KIAA11 ALAIVGSPNSPYG-DVIGLQVDYWLG-HPGERRREGDKRD-ASSKNTLKSVFRSVQVSRL 490 500 510 520 530 870 880 890 900 910 KIAA06 PSSGEAAATPTMSMTVVTKEKNKKV--MFLPKKAKDKDVESKSQCIEGISRLICTARQQQ : :::: . ::.:::::::::::: .:: :: ..:.:.:::: :::::::::.:.::: KIAA11 PHSGEAQLSGTMAMTVVTKEKNKKVPTIFLSKKPREKEVDSKSQVIEGISRLICSAKQQQ 540 550 560 570 580 590 920 930 940 950 960 KIAA06 NMLRVLIDGVECSDVKFFQLAAQWSSHVKHFPICIFGHSKATF .:::: ::::: ::.::::::::: .::::::. .:. :::: KIAA11 TMLRVSIDGVEWSDIKFFQLAAQWPTHVKHFPVGLFSGSKAT 600 610 620 630 640 962 residues in 1 query sequences 1986543 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:44 2008 done: Thu Dec 18 15:08:45 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]