# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03732.fasta.nr -Q ../query/KIAA0556.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0556, 1625 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7824349 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7613+/-0.000191; mu= 13.5730+/- 0.011 mean_var=94.7197+/-18.286, 0's: 37 Z-trim: 44 B-trim: 52 in 1/65 Lambda= 0.131781 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|194328738|ref|NP_056017.2| hypothetical protein (1618) 10981 2099.2 0 gi|109128013|ref|XP_001094464.1| PREDICTED: simila (1607) 10283 1966.5 0 gi|73958628|ref|XP_536927.2| PREDICTED: similar to (1599) 8082 1548.0 0 gi|187957404|gb|AAI58020.1| RIKEN cDNA D430042O09 (1610) 6841 1312.1 0 gi|148685388|gb|EDL17335.1| mCG20545, isoform CRA_ (1700) 6833 1310.6 0 gi|149067951|gb|EDM17503.1| similar to K04F10.2, i (1584) 6817 1307.5 0 gi|149067952|gb|EDM17504.1| similar to K04F10.2, i (1350) 6600 1266.2 0 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|194 SPVPQVTTPEPGIYHGICLQLNFTASWGDLHYLGLTGLEVVGKEGQALPIHLHQISASPR 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1270 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA05 DLNELPEYSDDSRTLDKLIDGTNITMEDEHMWLIPFSPGLDHVVTIRLDRAESIAGLRFW :::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|194 DLNELPEYSDDSRALDKLIDGTNITMEDEHMWLIPFSPGLDHVVTIRLDRAESIAGLRFW 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA05 NYNKSPEDTYRGAKIVHVSLDGLCVSPPEGFLIRKGPGNCHFDFAQEILFVDYLRAQLLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|194 NYNKSPEDTYRGAKIVHVSLDGLCVSPPEGFLIRKGPGNCHFDFAQEILFVDYLRAQLLP 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1390 1400 1410 1420 1430 1440 KIAA05 QPARRLDMRSLECASMDYEAPLMPCGFIFQFQLLTSWGDPYYIGLTGLELYDERGEKIPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|194 QPARRLDMRSLECASMDYEAPLMPCGFIFQFQLLTSWGDPYYIGLTGLELYDERGEKIPL 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1450 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA05 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(19-1625:5-1607) 10 20 30 40 50 60 KIAA05 PEPPPLGMDGQTLRKAERSWSCSREKKEGYAKDMVTDFDEKHDEYLILLQQRNRILKHLK ::. . :.:::::::::::::::::::::::::::::: gi|109 MRRGSWAFVK----GHAKDMVTDFDEKHDEYLILLQQRNRILKHLK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA05 SKDPVQLRLEHLEQGFSVYVNGANSELKSSPRKAIHSDFSRSASHTEGTHDYGRRTLFRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|109 SKDPVQLRLEHLEQGFSVYVNGANSELKSSPRKAIHSDFSRSASHTEGTHDYGRRTLFRE 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA05 AEEALRRSSRTAPSKVQRRGWHQKSVQIRTEAGPRLHIEPPVDYSDDFELCGDVTLQANN :::.:::.::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::: gi|109 AEEGLRRGSRTAPSKVQRRGWHQKSVQIRTEAGPRLYIEPPVDYSDDFELCGDVTVQANN 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 KIAA05 TSEDRPQELRRSLELSVNLQRKQKDCSSDEYDSIEEDILSEPEPEDPALVGHPRHDRPPS ::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::: gi|109 TSEDRPQELRKSLELSVNLQRKQKDCSSDEYDSIEEDILSEPEPEDPALVGHPRDDRPPS 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA05 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:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.::.: gi|187 PPAPTRRLDAKSLERASMDYEAPLMPCGFIFQFQLLSSWGDPYYIGLTGLELYDEHGERI 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA05 PLSENNIAAFPDSVNSLEGVGGDVRTPDKLIDQVNDTSDGRHMWLAPILPGLVNRVYVIF :::.:::::::::::.:::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|187 PLSQNNIAAFPDSVNALEGVCGDVRTPDKLIDQVNDTSDGRHMWLAPILPGLVNRVYVIF 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1500 1510 1520 1530 1540 1550 KIAA05 DLPTTVSMIKLWNYAKTPHRGVKEFGLLVDDLLVYNGILAMVSHLVGGILPTCEPTVPYH ::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: gi|187 DLPTTVSMIKLWNYTKTPQRGVKEFGLLVDDLLVYNGILAMVSHLVGGILPTCEPTVPHH 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1560 1570 1580 1590 1600 1610 KIAA05 TILFTEDRDIRHQEKHTTISNQAEDQDVQMMNENQIITNAKRKQSVVDPALRPKTCISEK ::::.:: :. :::::. ::. ::::.:::::::.::...:: ...:::::::::: :: gi|187 TILFAEDTDFCHQEKHAIISKPEEDQDIQMMNENQVITTSRRKPGTADPALRPKTCIREK 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1620 KIAA05 ETRRR-RC :: :: :: gi|187 ETSRRWRC 1610 >>gi|148685388|gb|EDL17335.1| 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