# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00882.fasta.huge -Q ../query/KIAA0555.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0555, 802 aa vs ./tmplib.23663 library 1986703 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4649+/-0.00944; mu= -1.3828+/- 0.635 mean_var=343.0972+/-84.706, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 136 in 1/39 Lambda= 0.069241 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 302 45.3 7.4e-05 KIAA0949 ( 1559 res) af07325 (1559) 262 41.2 0.001 KIAA0004 ( 1307 res) ha00065 (1307) 230 37.9 0.0085 >>KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984 aa) initn: 202 init1: 70 opt: 302 Z-score: 179.1 bits: 45.3 E(): 7.4e-05 Smith-Waterman score: 354; 23.649% identity (53.782% similar) in 833 aa overlap (6-785:874-1654) 10 20 30 KIAA05 KGTMSKKGRNKGEKPEALIVALQAANEDLRTKLTD .: ... .: : . :. . .: . . KIAA08 WQWWRLFTKVKPLLQVTRQEEEMQAKEDELQKTKERQQKAENELKELEQKHSQLTEEKNL 850 860 870 880 890 900 40 50 60 70 80 90 KIAA05 IQIELHQEKSKVSKLEREKTQEAKRIRELEQRKHTVLVTELKAKLHEE--KMKELQAVRE .: .:. : .. :. ... : . .:::. : :..:.:.:: . ..::: :. KIAA08 LQEQLQAETELYAEAEEMRVRLAAKKQELEEILH-----EMEARLEEEEDRGQQLQAERK 910 920 930 940 950 100 110 120 130 140 150 KIAA05 NLIKQHEQEMSRTVKVRDGEIQRLKSALCALRDGSSDKVRTALTIEAREEARKLFDTERL :. .: .. .... : : : : .:: . :. :. ..: . KIAA08 ---KMAQQMLDLEEQLEEEEAARQKLQL--------EKVTAEAKIKKLEDEILVMDDQNN 960 970 980 990 1000 160 170 180 190 200 210 KIAA05 KLLQEIADLKTAKKQVDEALSNMIQADKIKAGDLRSEHQSHQEAISK--IKWESERDIRR :: .: : ...... .:. . .. :: .: . ...:. ::. .. ..:. :. KIAA08 KLSKE---RKLLEERISDLTTNLAEEEE-KAKNLTKLKNKHESMISELEVRLKKEEKSRQ 1010 1020 1030 1040 1050 1060 220 230 240 250 260 KIAA05 LMDEIKAK---DRIIFSLE-KELETQTGYVQKLQLQKEALDEQLFLVKE----AECNMSS ....: : : : . .:..: . . :.:: :. . : :.. :. : . KIAA08 ELEKLKRKLEGDASDFHEQIADLQAQIAEL-KMQLAKKEEELQAALARLDDEIAQKNNAL 1070 1080 1090 1100 1110 1120 270 280 290 300 310 KIAA05 PK-REIPGRAGDGSEHCSSPDLRRN----QKRI--AELNATIRKLEDRNTLLGDERNELL : ::. :. .: .: .: :: ::: ::.: .::: :: . .. : KIAA08 KKIRELEGHISDLQEDLDSERAARNKAEKQKRDLGEELEALKTELED--TLDSTATQQEL 1130 1140 1150 1160 1170 1180 320 330 340 350 360 370 KIAA05 KRVRETEKQCKPLLERNKCLAKRNDELMVSLQRMEEKLKAVTKENSEMREKITSHPPLKK . :: : .:.. :. : .: :.:..: ...: .:. :. .:. KIAA08 RAKREQEV---TVLKKALDEETRSHEAQV--QEMRQKHAQAVEELTEQLEQ------FKR 1190 1200 1210 1220 380 390 400 410 420 430 KIAA05 LKSLNDLDQANEEQETEFL--KLQVIEQ-QNIIDELTRDREKLIRRRKHRRSSKPIKRPV :. : .. . :.:. : .:.:. : .. ... . : ... . . :. : KIAA08 AKANLDKNKQTLEKENADLAGELRVLGQAKQEVEHKKKKLEAQVQELQSKCSDGERARAE 1230 1240 1250 1260 1270 1280 440 450 460 470 480 KIAA05 LDPFIGYDEDSMDSETSSMA-----SFRTDRTPATPDDDLDES--LAAEESELRFRQLTK :. . .. ..: :. . ... . :. ...:... : ::.. .. :: KIAA08 LNDKVHKLQNEVESVTGMLNEAEGKAIKLAKDVASLSSQLQDTQELLQEETRQKLNVSTK 1290 1300 1310 1320 1330 1340 490 500 510 520 530 540 KIAA05 EYQALQRAYALLQEQTGGIIDAEREAKAQEQLQAEVLRYKAKIEDLEATLAQ-KGQIEKQ : :.. ::.: .: : ::: ..:. .. . .. : . : . . .: KIAA08 LRQ-LEEERNSLQDQ----LDEEMEAK--QNLERHISTLNIQLSDSKKKLQDFASTVEAL 1350 1360 1370 1380 1390 1400 550 560 570 580 590 600 KIAA05 EAENHRLQQELQDARDQNELLEFRNLELEERERRSPPFNLQIHPFSDGVSALQIYCMKEG : ..:.:.:... .: : .::. . : :: . ..: : :. ... KIAA08 EEGKKRFQKEIENLTQQYEEKAAAYDKLEKTKNR-----LQ-QELDDLVVDLD--NQRQL 1410 1420 1430 1440 1450 610 620 630 640 650 KIAA05 VKDVNIPDLIKQLD-ILGDNGNLR----NEEQVAIIQA----STVLSLAEKWIQQIEGAE :. :. ...: .:... :. .:.. : .: . .::::. . .:. : KIAA08 VS--NLEKKQRKFDQLLAEEKNISSKYADERDRAEAEAREKETKALSLARALEEALEAKE 1460 1470 1480 1490 1500 1510 660 670 680 690 700 KIAA05 AALHQKMMELESDMEQFCKIK---GYLEEELDYRKQALDQAY--MRIQ------ELEATL :.. :...::.. . : : .::. :.::. . :. : ::.:: KIAA08 E-LERTNKMLKAEMEDLVSSKDDVGKNVHELEKSKRALETQMEEMKTQLEELEDELQATE 1520 1530 1540 1550 1560 1570 710 720 730 740 750 760 KIAA05 YNALQQETVIKFGELLSEKQQEELRTAVEKLRRQMLRKSREYDCQILQERME--LLQQAH :. :. .. . :.. . :. :::. :. .::. .. .:: . : :. KIAA08 DAKLRLEVNMQALKGQFERDLQARDEQNEEKRRQLQRQLHEYETELEDERKQRALAAAAK 1580 1590 1600 1610 1620 1630 770 780 790 800 KIAA05 QRIR-DLEDKTDIQKRQIKDLEEKFLFLFLFFSLAFILWP .... ::.: :: :: KIAA08 KKLEGDLKDLELQADSAIKGREEAIKQLRKLQAQMKDFQRELEDARASRDEIFATAKENE 1640 1650 1660 1670 1680 1690 >>KIAA0949 ( 1559 res) af07325 (1559 aa) initn: 128 init1: 74 opt: 262 Z-score: 158.6 bits: 41.2 E(): 0.001 Smith-Waterman score: 301; 23.834% identity (53.238% similar) in 772 aa overlap (7-734:160-833) 10 20 30 KIAA05 KGTMSKKGRNKGEKPEALIVA-LQAANEDLRTKLTD :....: :::. : :. : . . :. . KIAA09 SDLYESELRESRLAAEEFKRKATECQHKLLKAKDQG-KPEVGEYAKLEKINAEQQLKIQE 130 140 150 160 170 180 40 50 60 70 80 KIAA05 IQIELHQE---KSKVSKLEREKTQEAKRI-RELEQRKHTVLVTE-LKAKL-----HEEKM .: .:.. ......: .. : .: ::::. .. .: .. :: ::: KIAA09 LQEKLEKAVKASTEATELLQNIRQAKERAERELEKLQNREDSSEGIRKKLVEAEELEEKH 190 200 210 220 230 240 90 100 110 120 130 KIAA05 KELQAVRENL---IKQHEQEMSRTVKVRDGEIQRL---KSALCALRDGSSDKVRTALTIE .: :. ..: .::.::.. . .:: :..:.. : .: . . .... : KIAA09 REAQVSAQHLEVHLKQKEQHYEEKIKVLDNQIKKDLADKETLENMMQRHEEEAHEKGKIL 250 260 270 280 290 300 140 150 160 170 180 KIAA05 AREEAR-KLFDTERLKLLQEIADLKTAKKQV--------------DEALSNMIQAD---K ....: . .:.. .: :.:..:. :.: . .: .:.. : . KIAA09 SEQKAMINAMDSKIRSLEQRIVELSEANKLAANSSLFTQRNMKAQEEMISELRQQKFYLE 310 320 330 340 350 360 190 200 210 220 230 240 KIAA05 IKAGDLRSEHQSHQEAISKIKWESERDIRRLMDEIKAKDRIIFSLEKELETQTGYVQKLQ .:: :...... .: . ::. ... : ::. :.... : . :::.: :::. KIAA09 TQAGKLEAQNRKLEEQLEKISHQDHSDKNRLL-ELETRLREV-SLEHEE-------QKLE 370 380 390 400 410 250 260 270 280 290 300 KIAA05 LQKEALDEQLFLVKEAECNMSSPKREIPGRAGDGSEHCSSPDLRRNQKRIAELNATIRKL :... . :: : .: : .... . .::. :. ::. . .::. : . KIAA09 LKRQLTELQLSL-QERESQLTALQ---AARAALESQ------LRQAK---TELEETTAEA 420 430 440 450 460 310 320 330 340 350 360 KIAA05 EDRNTLLGDERNELLKRVRETEKQCKPLLERNKCLAKRNDELMVSLQRMEEKLKAVTKEN :.. : .:.:. .. ::.: . . .::.:. .:..: KIAA09 EEEIQALTAHRDEIQRKFDAL---------RNSCTV---------ITDLEEQLNQLTEDN 470 480 490 500 370 380 390 400 410 420 KIAA05 SEMREKITSHPPLKKLKSLNDLDQANEEQETEFLKLQVIEQQNIIDELTRDREKLIRRRK .:. .. . :.:.. . ::.: ... .. .:.: :. . .:. KIAA09 AEL-----NNQNFYLSKQLDEASGANDE---------IVQLRSEVDHLRRE---ITEREM 510 520 530 540 550 430 440 450 460 470 480 KIAA05 HRRSSKPIKRPVLDPFIGYDEDSMDSETSSMASFRTDRTPATPDDDLDESLAAEESELRF . :.: . . .:. :: :. . .. .: . . : . . : ..: KIAA09 QLTSQKQTMEALKTTCTMLEEQVMDLEALNDELLEKERQWEAWRSVLGDEKSQFECRVRE 560 570 580 590 600 610 490 500 510 520 530 KIAA05 --RQLTKEYQALQRAYALLQEQTGGIIDAEREAKAQ-EQLQAEVLRYKAKIEDLEATLAQ :.: : :. :: . :. . : .: ::. :: . . : : :.: : KIAA09 LQRMLDTEKQSRARADQRITESRQVVELAVKEHKAEILALQQALKEQKLKAESLSDKL-- 620 630 640 650 660 540 550 560 570 580 590 KIAA05 KGQIEKQEAE---NHR-LQQELQDARDQNELLEFRNLELEERERRSPPFNLQIHPFSDGV ...::..: : : :::.:. :. .. : :::. . . ..:: . KIAA09 -NDLEKKHAMLEMNARSLQQKLETERELKQRL------LEEQAKLQQQMDLQKN------ 670 680 690 700 710 600 610 620 630 640 650 KIAA05 SALQIYCMKEGVKD-VNIPDLIKQLDILGDNGNLRNEEQVAIIQASTVLSLAEKWIQQIE .:. . .:... .. ::.: . ..: : :. :: :: :: ..: KIAA09 ---HIFRLTQGLQEALDRADLLKT-----ERSDL--EYQLENIQ---VLYSHEKV--KME 720 730 740 750 760 660 670 680 690 700 710 KIAA05 GAEAALHQKMME-LESDMEQFCKIKGYLEEELDYRKQALDQAYMRIQELEATLYNALQQE :. . . :... :.. :.: : : . . . : ::.. : ::: .:::. KIAA09 GT-ISQQTKLIDFLQAKMDQPAK-KKKVPLQYNELKLALEKEKARCAELE----EALQKT 770 780 790 800 810 720 730 740 750 760 770 KIAA05 TVIKFGELLSEKQQEELRTAVEKLRRQMLRKSREYDCQILQERMELLQQAHQRIRDLEDK . :: : ... : :.. KIAA09 RI----ELRSAREEAAHRKATDHPHPSTPATARQQIAMSAIVRSPEHQPSAMSLLAPPSS 820 830 840 850 860 870 >>KIAA0004 ( 1307 res) ha00065 (1307 aa) initn: 162 init1: 87 opt: 230 Z-score: 142.1 bits: 37.9 E(): 0.0085 Smith-Waterman score: 289; 18.593% identity (56.281% similar) in 796 aa overlap (27-786:285-1035) 10 20 30 40 50 KIAA05 KGTMSKKGRNKGEKPEALIVALQAANEDLRTKLTDIQIELH------QEKSKVSKL :. ..:. :. . :. .: : : KIAA00 KREVIDLLKPDQVEGIQKSGTKKLKTETDKENAEVKFKDFLLSLKTMMFSEDEALCVVDL 260 270 280 290 300 310 60 70 80 90 100 KIAA05 EREKT---QEAKRIRELEQRKHTVLVTELKAKLHE-EKMKELQAVRENLIKQHEQEMSRT .::. :.: ... . . :.:. .:. : . .:: :. .. :: ::: KIAA00 LKEKSGVIQDA--LKKSSKGELTTLIHQLQEKDKLLAAVKEDAAATKDRCKQLTQEMMTE 320 330 340 350 360 370 110 120 130 140 150 160 KIAA05 VKVRDGEIQRLKSALCAL-RDGSSDKVRTALTIEAREEARKLFDTERLKLLQEIADLKTA . . : :.:. . .: .. . . . .. . .. . :. : .. ::: :: KIAA00 KERSNVVITRMKDRIGTLEKEHNVFQNKIHVSYQETQQMQMKFQQVREQMEAEIAHLKQE 380 390 400 410 420 430 170 180 190 200 210 KIAA05 KKQVDEALSNMI-QADKIKAGDLRSEHQSHQEAISKI-----KWESERDIRRLMDEIKAK . . .:.:: : .. ....: . .:.. . .... : ..:. .. .. .. KIAA00 NGILRDAVSNTTNQLESKQSAELNKLRQDYARLVNELTEKTGKLQQEEVQKKNAEQAATQ 440 450 460 470 480 490 220 230 240 250 260 270 KIAA05 DRIIFS-LEKELETQTGYVQKLQLQKEALDEQL---FLVKEAECNMSSPKREIPGRAGDG .. .. :.. : .:..: ..:: ...: :..:: : . : . . KIAA00 LKVQLQEAERRWEEVQSYIRKRTAEHEAAQQDLQSKFVAKENEVQSLHSKLTDTLVSKQQ 500 510 520 530 540 550 280 290 300 310 320 330 KIAA05 SEHCSSPDLRRNQKRIAELNATIRKLEDRNTLLGDERNELLK-RVRETEKQCKPLLERNK :. .. .:::. . .. ...: .: :.:: :: .... ..: . KIAA00 LEQRLMQLMESEQKRVNKEESLQMQVQD---IL--EQNEALKAQIQQFHSQIAAQTS-AS 560 570 580 590 600 340 350 360 370 380 390 KIAA05 CLAKRNDELMVSLQRMEEKLKAVTKENSEMREKITSHPPLKKLKSLNDLDQANEEQETEF :: .:: . . ....: . . :...:: : . :.:... : ..: KIAA00 VLA---EELHKVIAEKDKQIKQTEDSLASERDRLTS-----KEEELKDIQNMNFLLKAEV 610 620 630 640 650 400 410 420 430 440 KIAA05 LKLQVI--EQQNIIDELTRDREKL-IRRRKHRRSSKPIKRPV---LDPF-IGYDED-SMD :::.. :: :: . .... .. : : . ... . .. : : :.. .. KIAA00 QKLQALANEQAAAAHELEKMQQSVYVKDDKIRLLEEQLQHEISNKMEEFKILNDQNKALK 660 670 680 690 700 710 450 460 470 480 490 500 KIAA05 SETSSMASFRTDRTPATPDDDLDESLAAEESELRFRQLTKEYQALQRAYALLQEQTGGII ::.... .. ... :. :. :.. . . .. . :. . ::. :.: KIAA00 SEVQKLQTLVSEQ----PNKDVVEQME--------KCIQEKDEKLKTVEELLET---GLI 720 730 740 750 760 510 520 530 540 550 560 KIAA05 DAEREAKAQEQLQAEVLRYKAKIEDLEATLAQKGQIEKQEAENHRLQQELQDARDQN--E .. . . . ...: ...::.: .. .. . : ... .: .:.. .. : KIAA00 QVATKEEELNAIRTENSSLTKEVQDLKAKQNDQVSFASLVEELKKVIHE-KDGKIKSVEE 770 780 790 800 810 820 570 580 590 600 610 620 KIAA05 LLEFRNLELEERERRSPPFNLQIHPFSDGVSALQIYCMKEGVKDVNIPDLIKQL-DILGD ::: . :.. ..:. .. .:. ... .. .:. : .....: . ...: ..: KIAA00 LLEAELLKVANKEKTVQDLKQEIKALKEEIGNVQL----EKAQQLSITSKVQELQNLLKG 830 840 850 860 870 630 640 650 660 670 680 KIAA05 NGNLRNEEQVAIIQASTVLSLAEKWIQQIEGAEAALHQKMMEL-ESDMEQFCKIKGYLEE . . : .... . :. . ::.:... . .:. ...:. . .... . . . : KIAA00 KEEQMNTMKAVLEEKEKDLANTGKWLQDLQEENESLKAHVQEVAQHNLKEASSASQF--E 880 890 900 910 920 930 690 700 710 720 730 740 KIAA05 ELDYRKQALDQAYMRIQELEATLYNALQQETVIKFGELLSEKQQEE--LRTAVEKLRRQM ::. .: . ....::: : . .. . . .::.. :.:. ... .:.:..: KIAA00 ELEI---VLKEKENELKRLEAMLKE--RESDLSSKTQLLQDVQDENKLFKSQIEQLKQQN 940 950 960 970 980 990 750 760 770 780 790 800 KIAA05 LRKSREYDCQILQERMELLQQAHQRIRDLEDKTDIQKRQIKDLEEKFLFLFLFFSLAFIL ... . . .: ...... ...: : .. : : .. ..: KIAA00 YQQASSFPPH--EELLKVISEREKEISGLWNELDSLKDAVEHQRKKNNERQQQVEAVELE 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA05 WP KIAA00 AKEVLKKLFPKVSVPSNLSYGEWLHGFEKKAKECMAGTSGSEEVKVLEHKLKEADEMHTL 1050 1060 1070 1080 1090 1100 802 residues in 1 query sequences 1986703 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:50 2008 done: Thu Dec 18 15:06:50 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]