# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf08859.fasta.huge -Q ../query/KIAA0553.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0553, 1450 aa vs ./tmplib.23663 library 1986055 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1196+/-0.0112; mu= -13.3958+/- 0.759 mean_var=531.3425+/-126.800, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 16 in 1/39 Lambda= 0.055640 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 446 51.9 1.9e-06 KIAA1853 ( 708 res) hj04155 ( 708) 311 40.5 0.0014 >>KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800 aa) initn: 431 init1: 184 opt: 446 Z-score: 207.6 bits: 51.9 E(): 1.9e-06 Smith-Waterman score: 621; 24.748% identity (49.025% similar) in 1487 aa overlap (127-1445:1018-2431) 100 110 120 130 140 150 KIAA05 QEFDNHINSYDHAHKQRLKDLKQREFARNVSSRSRKDEK-KQEKALRRLHE--LAEQRK- :. : : : : : :. : .. : KIAA03 RVTSRTTPRRSRSVSPCSNVESRLLPRYSHSGSSSPDTKVKPETPPRQSHSGSISPYPKV 990 1000 1010 1020 1030 1040 160 170 180 190 200 210 KIAA05 QAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGGEDDKDESATNSGTGATASCGLGSEFSTDKGGPFTAV .:. :: : .. . .: ..: : ..: :. . :. : . :: : . .: KIAA03 KAQTPPG--PSLSGSKSPCPQEKSKD----SLVQSCPGSLSLCA-GVKSSTPPGESYFGV 1050 1060 1070 1080 1090 1100 220 230 240 250 260 KIAA05 QITNTTGLAQ-APGLASQGISFGIKNNLG-TP-LQ-------KLGVSFSFAKKAPV-KLE . . : .: .: :. : .... . .: :: : : : : ..:: .: KIAA03 SSLQLKGQSQTSPDHRSDTSSPEVRQSHSESPSLQSKSQTSPKGGRSRS---SSPVTELA 1110 1120 1130 1140 1150 270 280 290 300 310 320 KIAA05 SIASVFKDHAEEGTSEDGTKPDEKSSDQGLQKVGDSDGSSNLDGKKEDEDPQDGGS-LAS : . . .:..: ..: : ::. . :. .::.:: : . : : : . 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