# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf00803.fasta.nr -Q ../query/KIAA0539.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0539, 2046 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7827201 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3336+/-0.000185; mu= 15.7801+/- 0.010 mean_var=76.8289+/-14.947, 0's: 30 Z-trim: 32 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.146323 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|8118221|gb|AAF72943.1| C21orf108 [Homo sapiens] (2248) 13353 2829.8 0 gi|160419249|sp|O60287.3|NPA1P_HUMAN RecName: Full (2271) 13353 2829.8 0 gi|119630281|gb|EAX09876.1| hCG401196, isoform CRA (2271) 13349 2828.9 0 gi|114684339|ref|XP_531425.2| PREDICTED: nucleolar (2439) 13203 2798.1 0 gi|194226204|ref|XP_001498726.2| PREDICTED: simila (2270) 11143 2363.2 0 gi|74001392|ref|XP_544859.2| PREDICTED: similar to (2270) 11002 2333.5 0 gi|160013338|sp|Q571H0.2|NPA1P_MOUSE RecName: Full (2274) 10116 2146.4 0 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hypothetical protein B (1854) 865 193.5 1.7e-45 gi|190586539|gb|EDV26592.1| predicted protein [Tri (1803) 753 169.8 2.2e-38 gi|156543040|ref|XP_001604348.1| PREDICTED: simila (1986) 690 156.6 2.4e-34 gi|210113077|gb|EEA60848.1| hypothetical protein B (1637) 634 144.7 7.3e-31 gi|198435538|ref|XP_002126608.1| PREDICTED: simila (2089) 542 125.3 6.2e-25 gi|193659728|ref|XP_001943346.1| PREDICTED: simila ( 578) 490 114.0 4.6e-22 gi|167862978|gb|EDS26361.1| conserved hypothetical (2057) 406 96.6 2.7e-16 gi|162692331|gb|EDQ78688.1| predicted protein [Phy (2778) 406 96.7 3.4e-16 gi|187024214|emb|CAP36258.1| Hypothetical protein ( 476) 388 92.4 1.2e-15 gi|158600598|gb|EDP37741.1| LOC443605 protein, put ( 438) 377 90.0 5.6e-15 gi|21106019|gb|AAB66016.2| Hypothetical protein T0 ( 476) 362 86.9 5.4e-14 gi|110761798|ref|XP_001122323.1| PREDICTED: simila ( 367) 354 85.1 1.4e-13 gi|163777728|gb|EDQ91344.1| predicted protein [Mon (1913) 360 86.9 2.1e-13 gi|212512015|gb|EEB14862.1| hypothetical protein P ( 834) 354 85.4 2.7e-13 gi|186513993|ref|NP_194431.2| binding [Arabidopsis (2535) 359 86.8 3.1e-13 gi|4455224|emb|CAB36547.1| putative protein [Arabi (2535) 359 86.8 3.1e-13 gi|164644167|gb|EDR08417.1| predicted protein [Lac (2057) 356 86.1 4.1e-13 gi|157337925|emb|CAO38969.1| unnamed protein produ (2599) 356 86.1 4.9e-13 gi|147859324|emb|CAN83957.1| hypothetical protein (2715) 352 85.3 9.1e-13 gi|57226601|gb|AAW43061.1| nucleolus protein, puta (1941) 346 83.9 1.7e-12 gi|220725830|gb|EED79801.1| predicted protein [Pos (1760) 345 83.7 1.8e-12 gi|50258286|gb|EAL20977.1| hypothetical protein CN (1941) 345 83.7 1.9e-12 gi|116499480|gb|EAU82375.1| hypothetical protein C (2401) 339 82.5 5.5e-12 gi|212512016|gb|EEB14863.1| hypothetical protein P ( 220) 321 78.0 1.2e-11 gi|109069100|ref|XP_001105385.1| PREDICTED: simila ( 53) 307 74.6 3e-11 gi|189236812|ref|XP_971852.2| PREDICTED: similar t (1397) 302 74.5 8.1e-10 gi|167863865|gb|EDS27248.1| conserved hypothetical (1971) 275 69.0 5.5e-08 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::::...::.::.. :.:.::.::.:.:: gi|149 RPVSRAEVTRLLDWLKSHILPQPMVVADLLGDSAVKTGIFKLYNHHCSAQGLVGPAQDVA 2220 2230 2240 2250 2260 2270 1950 1960 1970 1980 1990 2000 KIAA05 CLFNTVMLQLVAAQGRAGSPFHPAMEALSLSSLSEKDEATQASAAFLVSLYIKDIWLGAQ : :.::::::..:::: :::: . ::: :.::.::.:: .: ::::::::.::.::::: gi|149 CKFSTVMLQLLVAQGRKESPFHSVAEALCLDSLNEKEEAKRAPAAFLVSLYVKDMWLGAQ 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2010 2020 2030 2040 KIAA05 RPDTLLTHVRMVCEAADDAPSSEEEAIVVLCKDAASAASDA .:::.:.:.::::::: :.: .: :::::::... :.: gi|149 QPDTFLAHIRMVCEAAKDVPLDEPEAIVVLCRNVDSSAQCLTRSR 2340 2350 2360 2370 >>gi|109492918|ref|XP_221669.4| PREDICTED: similar to Nu (2317 aa) initn: 4589 init1: 3018 opt: 10075 Z-score: 11479.2 bits: 2137.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 10075; 75.305% identity (90.825% similar) in 2049 aa overlap (1-2043:265-2310) 10 20 30 KIAA05 CIFSSGIKEDRISTINILLSTLKTKVVHNK ::::::::::.:::::::::::::::.::: gi|109 LAYIQFALSFLIAGDDNTIGQVLEIKEFIPCIFSSGIKEDKISTINILLSTLKTKVIHNK 240 250 260 270 280 290 40 50 60 70 80 KIAA05 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