# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03944mrp2.fasta.huge -Q ../query/KIAA0538.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0538, 816 aa vs ./tmplib.23663 library 1986689 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.0814+/-0.00487; mu= 21.7525+/- 0.333 mean_var=94.2119+/-22.177, 0's: 0 Z-trim: 21 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.132136 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1342 ( 426 res) fj00418 ( 426) 245 57.1 4.6e-09 KIAA1938 ( 1376 res) hg00912s1 (1376) 227 54.4 9.4e-08 KIAA0747 ( 1072 res) hk04143 (1072) 220 52.9 2.1e-07 KIAA0093 ( 927 res) ha00935 ( 927) 202 49.4 2.1e-06 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 200 49.4 3.7e-06 KIAA1228 ( 843 res) fh05620s1 ( 843) 194 47.8 5.6e-06 KIAA0941 ( 533 res) hh04956 ( 533) 187 46.2 1.1e-05 KIAA0528 ( 1003 res) fj15856 (1003) 187 46.6 1.6e-05 KIAA1743 ( 1036 res) pj01380s1 (1036) 184 46.0 2.4e-05 KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200) 178 45.0 5.7e-05 KIAA0340 ( 1053 res) hg01396 (1053) 171 43.6 0.00013 KIAA0439 ( 995 res) hj00462 ( 995) 169 43.2 0.00017 KIAA0559 ( 1212 res) hh01510 (1212) 166 42.7 0.00028 KIAA0985 ( 697 res) hj08038 ( 697) 162 41.6 0.00035 KIAA1625 ( 859 res) hh15184 ( 859) 153 40.0 0.0013 KIAA0237 ( 315 res) ha06286 ( 315) 143 37.4 0.0028 KIAA1032 ( 1702 res) ff09715 (1702) 148 39.5 0.0036 >>KIAA1342 ( 426 res) fj00418 (426 aa) initn: 116 init1: 79 opt: 245 Z-score: 254.5 bits: 57.1 E(): 4.6e-09 Smith-Waterman score: 245; 29.004% identity (57.143% similar) in 231 aa overlap (16-230:167-394) 10 20 30 40 KIAA05 DPGVWLPPSRDPAMAKRSSLYIRIVEGKNLPAKD-ITGSSDPYCI .:... . : :...::: : . .:::: KIAA13 PESLKSSTSLTSEEKQEKLGTLFFSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIK 140 150 160 170 180 190 50 60 70 80 90 KIAA05 VKV--DNEPIIRTATVWKTLCPFWGEEYQVHLPPTFH----AVAFYVMDEDALSRDDVIG . . ... ..: .. ::: : . : . . : . :. : ... : .::::.:: KIAA13 MTILPEKKHKVKTRVLRKTLDPAFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRFSRDDIIG 200 210 220 230 240 250 100 110 120 130 140 150 KIAA05 KVCLTRDTIA-SHPKGFSGWAHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARACRLRCSVLEARD .: . . : :. : . . . . .::. . : . . : ::.:: KIAA13 EVLIPLSGIELSEGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQ--STTNTLTVVVLKARH 260 270 280 290 300 310 160 170 180 190 200 210 KIAA05 LAPKDRNGTSDPFVRVR-YKGRTR---ETSIVKKSCYPR--WNETFEFELQEGAMEALCV : .: .: :::.:.: :... : . . ::: : : .:: : :.. ..: . : KIAA13 LPKSDVSGLSDPYVKVNLYHAKKRISKKKTHVKK-CTPNAVFNELFVFDIPCEGLEDISV 320 330 340 350 360 370 220 230 240 250 260 KIAA05 E--AWDWDLVSRNDFLGKVVIDVQRLRVVQQEEGWFRLQPDQSKSRRHDEGNLGSLQLEV : . : . :::. .:..:. 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KIAA19 LNVKGKEEVASALVHILQSTGKAKDFLSDMAMSEVDRFMEREHLIFRENTLATKAIEEYM 480 490 500 510 520 530 370 380 390 400 410 420 KIAA05 KVAGMQYLHGVLGPIINKVFEEKKYVELDPSKVEVKDVGCSGLHRPQTEAEVLEQSAQTL .. :..::. ..: .: ..: .. :.:: : :. : : . .: KIAA19 RLIGQKYLKDAIGEFIRALYESEENCEVDPIK-------CT--------ASSLAEHQANL 540 550 560 570 430 440 450 460 470 480 KIAA05 RAHLGALLSALSRSVRACPAVVRATFRQLFRRVRERFPGAQHENVPFIAVTSFLCLRFFS : : . : . : .. .: . : :: : .:.. ... : :::. KIAA19 RMCCELALCKVVNSHCVFPRELKEVFASWRLRCAER--G--REDIADRLISASLFLRFLC 580 590 600 610 620 630 490 500 510 520 530 540 KIAA05 PAIMSPKLFHLRERHADARTSRTLLLLAKAVQNVGNMDTPASRAKEAWMEPLQPTVRQGV ::::::.:: : ... : .::::: :.::..::..:.. .: :: .. .. .. KIAA19 PAIMSPSLFGLMQEYPDEQTSRTLTLIAKVIQNLANFSKFTS--KEDFLGFMNEFLELEW 640 650 660 670 680 690 550 560 570 580 590 600 KIAA05 AQLKDFITKLVDIEE-------KDELDLQRTLSLQAPPVKEGPLFIHRTKGKGPLMSSSF .....:. .. ... . .:: : :: KIAA19 GSMQQFLYEISNLDTLTNSSSFEGYIDLGRELSTLHALLWEVLPQLSKEALLKLGPLPRL 700 710 720 730 740 750 610 620 630 640 650 660 KIAA05 KKLYFSLTTEALSFAKMPSSKKSALIKLANIRAAEKVEEKSFGGSHVMQVIYTDDAGRPQ KIAA19 LNDISTALRNPNIQRQPSRQSERPRPQPVVLRGPSAEMQGYMMRDLNSSIDLQSFMARGL 760 770 780 790 800 810 >>KIAA0747 ( 1072 res) hk04143 (1072 aa) initn: 191 init1: 146 opt: 220 Z-score: 224.9 bits: 52.9 E(): 2.1e-07 Smith-Waterman score: 250; 25.714% identity (49.206% similar) in 315 aa overlap (5-257:424-730) 10 20 KIAA05 DPGVWLPPSR-DPAMAKRSSLYIR------IVEG : :: :: : .:. .: . 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KIAA00 MNGVLTSVQTKTIKKSLNPKWNEEILFRVHPQQHRLLFEVFDENRLTRDDFLGQVDVPLY 80 90 100 110 120 130 110 120 130 140 150 KIAA05 ---TRDTIASHPKGFSGWAHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARACRLRCSVLEARDLA :.. .: :. .. : . .:.: ..:.. : KIAA00 PLPTENPRLERPYTFKDFV-LHPRSHKSRVKGYLRLKMTYLPKTSGSEDDNAEQAEELEP 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 KIAA05 PKDRNGTSDPFVRVRYKGRTRETSIVKKSCYPRWNETFEFELQEGAMEALCVEAWDWDLV KIAA00 GWVVLDQPDAACHLQQQQEPSPLPPGWEERQDILGRTYYVNHESRRTQWKRPTPQDNLTD 200 210 220 230 240 250 >>KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676 aa) initn: 222 init1: 198 opt: 200 Z-score: 202.4 bits: 49.4 E(): 3.7e-06 Smith-Waterman score: 200; 23.529% identity (55.080% similar) in 187 aa overlap (69-243:1464-1645) 40 50 60 70 80 90 KIAA05 SDPYCIVKVDNEPIIRTATVWKTLCPFWGEEYQVHLPPTFHAVAFYVMDEDALSRDDV-- ..... : : .. . : : . : KIAA12 FNDFLLLTYMVKQFAVSSGSEKLFSSKSNAQFKMYKTPIFLNEVLVKLPTDPSSDEPVFH 1440 1450 1460 1470 1480 1490 100 110 120 130 140 KIAA05 ---IGKVCLTR-DTIASHPKGFSGWAHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARAC------ : .: : :.: . ..:.. .. .. .. : . : ... ::. KIAA12 ISHIDRVYTLRTDNINER----TAWVQKIKAASEQYIDTEKKQREKAYQ-ARSQKTSGIG 1500 1510 1520 1530 1540 150 160 170 180 190 200 KIAA05 RLRCSVLEARDLAPKDRNGTSDPFVRVRYKGRTRETSIVKKSCYPRWNETFEFELQEGAM :: :.:: .: :: :.:. .. . ... : .. . :.:: . .: ... . KIAA12 RLMVHVIEATELKACKPNGKSNPYCEISMGSQSYTTRTIQDTLNPKWNFNCQFFIKDLYQ 1550 1560 1570 1580 1590 1600 210 220 230 240 250 260 KIAA05 EALCVEAWDWDLVSRNDFLGKVVIDVQRLRVVQQEEGWFRLQPDQSKSRRHDEGNLGSLQ ..::. .: : : .::::.. : : ..:. :. .: KIAA12 DVLCLTLFDRDQFSPDDFLGRTEIPVAKIRTEQESKGPMTRRLLLHEVPTGEVWVRFDLQ 1610 1620 1630 1640 1650 1660 270 280 290 300 310 320 KIAA05 LEVRLRDETVLPSSYYQPLVHLLCHEVKLGMQGPGQLIPLIEETTSTECRQDVATNLLKL KIAA12 LFEQKTLL 1670 >>KIAA1228 ( 843 res) fh05620s1 (843 aa) initn: 217 init1: 90 opt: 194 Z-score: 199.1 bits: 47.8 E(): 5.6e-06 Smith-Waterman score: 207; 28.085% identity (57.447% similar) in 235 aa overlap (17-215:306-528) 10 20 30 40 KIAA05 DPGVWLPPSRDPAMAKRSSLYIRIVEGKNLPAKD------ITGSSD .. : :...:...: .:: . :.:: KIAA12 IISNYLVLPNRITVPLVSEVQIAQLRFPVPKGVLRIHFIEAQDLQGKDTYLKGLVKGKSD 280 290 300 310 320 330 50 60 70 80 90 KIAA05 PYCIVKVDNEPIIRTATVWKTLCPFWGEEYQ--VHLPPTFHAVAFYVMDEDALSRDDVIG :: :..: :. :... .. ..: : :.: :. :. : . . . ..::: ..:: .: KIAA12 PYGIIRVGNQ-IFQSRVIKENLSPKWNEVYEALVYEHPG-QELEIELFDEDP-DKDDFLG 340 350 360 370 380 390 100 110 120 130 140 KIAA05 KVCLTRDTI-ASHPKGFSGWAHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVW----PGA---------- .. . : : . . . .. : : :: : .:..::::: : :.: KIAA12 SLMI--DLIEVEKERLLDEWFTLDEV-P----KGKLHLRLE-WLTLMPNASNLDKVLTDI 400 410 420 430 440 150 160 170 180 190 KIAA05 RACR------LRCSVL-----EARDLAPKDRNGTSDP--FVRVRYKGRTRETSIVKKSCY .: . : ..: ::.: :. .. .:.: :.. ...:..: :. KIAA12 KADKDQANDGLSSALLILYLDSARNL-PSGKKISSNPNPVVQMSVGHKAQESKIRYKTNE 450 460 470 480 490 500 200 210 220 230 240 250 KIAA05 PRWNETFEFELQEGAMEALCVEAWDWDLVSRNDFLGKVVIDVQRLRVVQQEEGWFRLQPD : :.:.: : ... . : ::. : KIAA12 PVWEENFTFFIHNPKRQDLEVEVRDEQHQCSLGNLKVPLSQLLTSEDMTVSQRFQLSNSG 510 520 530 540 550 560 >>KIAA0941 ( 533 res) hh04956 (533 aa) initn: 197 init1: 133 opt: 187 Z-score: 193.8 bits: 46.2 E(): 1.1e-05 Smith-Waterman score: 187; 27.465% identity (61.268% similar) in 142 aa overlap (148-281:36-173) 120 130 140 150 160 170 KIAA05 AHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARACRLRCSVLEARDLAPKDRNGTSDPFVRVRYKG .. .::.:.:: :: ..::.: .. .. KIAA09 GALPVLGNSGAEKQDRMMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGK 10 20 30 40 50 60 180 190 200 210 220 230 KIAA05 RTRETSIVKKSCYPRWNETFEFELQ----EGAMEA--LCVEAWDWDLVSRNDFLGKVVID . ::...:. : :.: ::: .:. : : . . .::. . :::.:.:. KIAA09 EKYSTSVAEKTLEPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAIN 70 80 90 100 110 120 240 250 260 270 280 KIAA05 VQRLRVVQQEEG--WFRLQPDQSKSRRHDEGNLGSLQLEVRLRDETVLPSSYYQPLVHLL .. . .:.. ::::. :.: . : : ....... ... : . KIAA09 LNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIK----NRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKT 130 140 150 160 170 180 290 300 310 320 330 340 KIAA05 CHEVKLGMQGPGQLIPLIEETTSTECRQDVATNLLKLFLGQGLAKDFLDLLFQLELSRTS KIAA09 RSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQ 190 200 210 220 230 240 >>KIAA0528 ( 1003 res) fj15856 (1003 aa) initn: 144 init1: 79 opt: 187 Z-score: 191.2 bits: 46.6 E(): 1.6e-05 Smith-Waterman score: 190; 22.422% identity (51.121% similar) in 446 aa overlap (138-552:2-409) 110 120 130 140 150 160 KIAA05 ASHPKGFSGWAHLTEVDPDEEVQGEIHLRLEVWPGARACRLRCSVLEARDLAPKDR-NGT :. :: .:. ... .: : :: . 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