# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg02934.fasta.nr -Q ../query/KIAA0530.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0530, 1563 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7824397 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6880+/-0.000193; mu= 12.6480+/- 0.011 mean_var=96.3104+/-18.349, 0's: 32 Z-trim: 40 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.130689 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|25091735|sp|O60281.2|ZN292_HUMAN RecName: Full= (1969) 10209 1936.7 0 gi|55662052|emb|CAH73308.1| zinc finger protein 29 (2578) 10207 1936.4 0 gi|119568993|gb|EAW48608.1| hCG1640214, isoform CR (2583) 10207 1936.4 0 gi|119568992|gb|EAW48607.1| hCG1640214, isoform CR (2723) 10207 1936.5 0 gi|114608377|ref|XP_518625.2| PREDICTED: zinc fing (2723) 10184 1932.1 0 gi|109071996|ref|XP_001088554.1| PREDICTED: zinc f (2688) 9965 1890.8 0 gi|73973888|ref|XP_539029.2| PREDICTED: similar to (2724) 9409 1786.0 0 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(1914) 265 61.8 5.8e-06 gi|73976739|ref|XP_532543.2| PREDICTED: similar to (1605) 260 60.8 9.7e-06 gi|73976737|ref|XP_848535.1| PREDICTED: similar to (1911) 260 60.9 1.1e-05 >>gi|25091735|sp|O60281.2|ZN292_HUMAN RecName: Full=Zinc (1969 aa) initn: 10209 init1: 10209 opt: 10209 Z-score: 10395.9 bits: 1936.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 10209; 100.000% identity (100.000% similar) in 1563 aa overlap (1-1563:407-1969) 10 20 30 KIAA05 VNSSNPFFTSQTKANGNPACSAQLQHVSPP :::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 KMQRKSKKGQKANNLNTPNNGKFVYFLPSPVNSSNPFFTSQTKANGNPACSAQLQHVSPP 380 390 400 410 420 430 40 50 60 70 80 90 KIAA05 IFPAHLASVSTPLLSSMESVINPNITSQDKNEQGGMLCSQMENLPSTALPAQMEDLTKTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 IFPAHLASVSTPLLSSMESVINPNITSQDKNEQGGMLCSQMENLPSTALPAQMEDLTKTV 440 450 460 470 480 490 100 110 120 130 140 150 KIAA05 LPLNIDSGSDPFLPLPAESSSMSLFPSPADSGTNSVFSQLENNTNHYSSQIEGNTNSSFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 VDVGKFPCDQLECKSSFTTYLNYVVHLEADHGIGLRASKTEEDGVYKCDCEGCDRIYATR 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA05 SNLLRHIFNKHNDKHKAHLIRPRRLTPGQENMSSKANQEKSKSKHRGTKHSRCGKEGIKM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 SNLLRHIFNKHNDKHKAHLIRPRRLTPGQENMSSKANQEKSKSKHRGTKHSRCGKEGIKM 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA05 PKTKRKKKNNLENKNAKIVQIEENKPYSLKRGKHVYSIKARNDALSECTSRFVTQYPCMI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 PKTKRKKKNNLENKNAKIVQIEENKPYSLKRGKHVYSIKARNDALSECTSRFVTQYPCMI 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA05 KGCTSVVTSESNIIRHYKCHKLSKAFTSQHRNLLIVFKRCCNSQVKETSEQEGAKNDVKD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|250 KGCTSVVTSESNIIRHYKCHKLSKAFTSQHRNLLIVFKRCCNSQVKETSEQEGAKNDVKD 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA05 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