# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00183.fasta.huge -Q ../query/KIAA0515.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0515, 670 aa vs ./tmplib.23663 library 1986835 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.3471+/-0.00929; mu= -20.5399+/- 0.624 mean_var=466.4269+/-113.280, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.059386 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1096 ( 1919 res) pf00402 (1919) 449 53.4 2.3e-07 >>KIAA1096 ( 1919 res) pf00402 (1919 aa) initn: 772 init1: 157 opt: 449 Z-score: 224.2 bits: 53.4 E(): 2.3e-07 Smith-Waterman score: 868; 30.900% identity (55.353% similar) in 822 aa overlap (21-651:958-1758) 10 20 30 40 KIAA05 EGFIEVLTKKQRRLLEEERRKKEQAVQVPVKGRGLSSRIPP---RFAKKQ . .. :: :.. . ::. :: :. . : KIAA10 APASASAPAPAPTPVSAPNPAPPAPAQTQAQTHKPVQNPLQTTSQSSKQPPPSIRLPSAQ 930 940 950 960 970 980 50 60 70 80 KIAA05 N----NLCLEQGDVTVPGS--SLGTEIWESS----------SQAL----PVQAPANDSWR . . .. .: : .: .:.:... :. : : : :. ..: KIAA10 TPNGTDYVASGKSIQTPQSHGTLTAELWDNKVAPPAVLNDISKKLGPISPPQPPSVSAWN 990 1000 1010 1020 1030 1040 90 100 110 120 130 140 KIAA05 KAVTAFSSTETGSAEQGFKSSQGDSGVDLSAESRESSATSSQRSSPYGTLKPEEMSGPGL : .:.:.:. .. .: :..: .::....... . .: .:. . . : :. . KIAA10 KPLTSFGSAPSS---EGAKNGQ-ESGLEIGTDTIQFGAPASNGNENEVVPVLSEKSADKI 1050 1060 1070 1080 1090 1100 150 160 170 180 190 KIAA05 AEPKADSHKEQAPKP-SEQKDSEQGSGQSKEHRPGPIGNERSLKNRKGS-------EGAE ::: . .:. : . :: . . ..:::.:::::.:::::::: . :: : KIAA10 PEPKEQRQKQPRAGPIKAQKLPDLSPVENKEHKPGPIGKERSLKNRKVKDAQQVEPEGQE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 200 210 220 230 240 KIAA05 RLQGAVV---PPVNGVEIH--------VDSVLPVPPIEFGVSPKDS--DFSLPPGSASGP . . :.: ::. : . . ... : :.:.. :.: :.. : .: . KIAA10 KPSPATVRSTDPVTTKETKAVSEMSTEIGTMISVSSAEYGTNAKESVTDYTTPSSSLPNT 1170 1180 1190 1200 1210 1220 250 260 270 280 290 300 KIAA05 TGSPVVKLQDALASNAGLTQSIPILRRDHHIQRAIGLSPMSFPTADLTLKMESARKAWEN ... .:..:.:..:. : ...:. .:. ::.. .:. . : .::.::::::::::: KIAA10 VATNNTKMEDTLVNNVPLPNTLPLPKRET-IQQSSSLTSVPPTTFSLTFKMESARKAWEN 1230 1240 1250 1260 1270 1280 310 320 330 340 350 360 KIAA05 SPSLPEQSSPGGAGSGIQPPSSVGASSGV------NYSSFGGVSMPPMPVASVAPSASMP ::.. :..:: .. :: ..:.::.. ::.::...::: .:::::.:.::. KIAA10 SPNVREKGSPV---TSTAPPIATGVSSSASGPSTANYNSFSSASMPQIPVASVTPTASLS 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA05 G--------------------------------------SH------------------- : :: KIAA10 GAGTYTTSSLSTKSTTTSDPPNICKVKPQQLQTSSLPSASHFSQLSCMPSLIAQQQQNPQ 1340 1350 1360 1370 1380 1390 370 380 390 400 KIAA05 ----------LPPLYLD-GHVFASQ-PRLVPQTIPQQQSYQ----QAAAAQQIPISLHTS .: .:.: .:.: .: ::.: .. :::..: : ...::::: ... KIAA10 VYVSQSAAAQIPAFYMDTSHLFNTQHARLAPPSLAQQQGFQPGLSQPTSVQQIPIPIYAP 1400 1410 1420 1430 1440 1450 410 420 430 440 450 460 KIAA05 LQAQ--AQLGLRGGLPVSQSQEIFSS-LQPFRSQ-VYMHPSLSPPSTMILSGGTALKPPY ::.: :::.: .: :::.::.::: :::.::: ..:. ::: :: ..::: ::.. KIAA10 LQGQHQAQLSLGAGPAVSQAQELFSSSLQPYRSQPAFMQSSLSQPS-VVLSG-TAIH--- 1460 1470 1480 1490 1500 1510 470 480 490 500 510 KIAA05 SAFPGMQPLEMVKPQSGSPYQPMSGNQAL--VYEGQLSQAAGLGASQMLDSQL------- :: .: :..: ::: .: :..: . .:: ::.::.:::.::..:..: KIAA10 -NFPTVQHQELAKAQSGLAFQQTSNTQPIPILYEHQLGQASGLGGSQLIDTHLLQARANL 1520 1530 1540 1550 1560 1570 520 530 KIAA05 -------------P----------------QLTMPLP-------RYGSGQQPLI-LPQSI : :.:.::: .:: :::: :::.. KIAA10 TQASNLYSGQVQQPGQTNFYNTAQSPSALQQVTVPLPASQLSLPNFGSTGQPLIALPQTL 1580 1590 1600 1610 1620 1630 540 550 560 570 580 KIAA05 QLPP---------GQSLS----VGAPRR-IPPPGSQPPVLNTSREPSQMEMKGFHFA-DS : :: .:::: :. : : . : :.: .. :. . :.::.:.: . : KIAA10 Q-PPLQHTTPQAQAQSLSRPAQVSQPFRGLIPAGTQHSMIATTGKMSEMELKAFGSGIDI 1640 1650 1660 1670 1680 1690 590 600 610 620 630 KIAA05 KQNVP--SG-GPVPSPQTYRPSSASPSGKPSGSAVNMGSVQGHYVQQAKQRVDEKPSLGA : ..: .: . .:. . .: .:.::... .: .: : .. :.: : . KIAA10 KPGTPPIAGRSTTPTSSPFRATSTSPNSQ--SSKMNSIVYQKQF-QSAPATVRMTQPF-- 1700 1710 1720 1730 1740 640 650 660 670 KIAA05 VKLQEAPSAASQMKRTGAIKPRAVKVEESKA : ::. :: KIAA10 -PTQFAPQILSQPNLVPPLVRAPHTNTFPAPVQRPPMALASQMPPPLTTGLMSHARLPHV 1750 1760 1770 1780 1790 1800 670 residues in 1 query sequences 1986835 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:05:13 2008 done: Thu Dec 18 15:05:14 2008 Total Scan time: 0.540 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]