# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj01880.fasta.huge -Q ../query/KIAA0482.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0482, 1332 aa vs ./tmplib.23147 library 1986173 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6927+/-0.0108; mu= -2.7536+/- 0.726 mean_var=597.7811+/-142.654, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.052457 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0347 ( 1281 res) hg01528(revised) (1281) 1893 159.2 4.1e-39 KIAA1779 ( 1233 res) hg04229 (1233) 1761 149.2 4.1e-36 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 316 39.9 0.0037 >>KIAA0347 ( 1281 res) hg01528(revised) (1281 aa) initn: 2832 init1: 1712 opt: 1893 Z-score: 794.1 bits: 159.2 E(): 4.1e-39 Smith-Waterman score: 3153; 44.351% identity (66.107% similar) in 1310 aa overlap (56-1282:23-1271) 30 40 50 60 70 80 KIAA04 SVVASLPSLFCSPHGPDMSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS-- :.:. . :::. : ..: : :: KIAA03 HRGLGTRTPASQLRSLRSESFVPEPSMNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQV 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 KIAA04 -LADDTDANSNGSSGNESNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPS : .:.: :.::::.:.: . : : ....: ..:: :. ..: ... :::. 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KIAA17 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS 450 460 470 480 490 500 620 630 640 650 660 KIAA04 QSRPRL-----PATGTFKAKAL-PCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASS . .: : : .:.. :. : :. .:. .. : : :.. : KIAA17 SFKPVTGTRTEPNGGGESANGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHS 510 520 530 540 550 560 670 680 690 700 710 720 KIAA04 CSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPP :::::::.::..:::.: :.:. :::: : .. ::::.:..:.: . : : KIAA17 PSYQQINCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDV 570 580 590 600 610 730 740 750 760 770 KIAA04 SAALSGEG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDK .: .: : :..: :. : : .: :.. :. : :::..::::::: KIAA17 QALQAGLQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV--- 620 630 640 650 660 670 780 790 800 810 820 830 KIAA04 KPPES--DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQ :::. : .. . : ::: . . .. :::: :::: ::::::: KIAA17 PPPETARDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQ 680 690 700 710 840 850 860 870 KIAA04 AFLSRFRD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPP ....::. . ..: ..:. . :: ..: :. : :: KIAA17 NYVDKFREKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPP 720 730 740 750 760 770 880 890 900 910 920 930 KIAA04 SRRHHCRSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVF . ... : ::: . : .: : :. : :. . . : .: .:::. KIAA17 DSSSSNTGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFP-PAAMVPSQAPYLVPAFPLPAA 780 790 800 810 820 830 940 950 960 970 KIAA04 S--------PRGGPQPL--PPAPTSVPP-AAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYP . : .:. : :: .. : ::: : . .... ::. . : .:: : KIAA17 TSPGREYAAPGTAPEGLHGPPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLP 840 850 860 870 880 890 980 990 1000 1010 1020 KIAA04 YGALQTPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQL : . : . .:. : . ::.: : .: . :...:: :::::: KIAA17 CPFLGATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQL 900 910 920 930 940 950 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA04 NLLQLEELPR---------------AEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTE :::: ::.:: .: :.:. :: ..: .: .. : : KIAA17 NLLQ-EEMPRPSESPDRMRRNTCPQTEYQCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPS 960 970 980 990 1000 1010 1080 1090 1100 1110 KIAA04 SSNQDALS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAA----SGSLGSGLGSG---SGSGSHE---- . .::: :: . . : .::: : .: :. : : . :: KIAA17 HPTASALSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATV 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA04 ---GGSTSASITRS----SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDP :. : : .:. : :: .: :. .:. ::. .. .. ... : ..: KIAA17 LSTGSPPSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEP 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA04 IWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVR :: .. .. .:..:::::: : :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:.. KIAA17 IWRMIRQTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQ 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA04 KGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGE . . . .:..::: : . . : KIAA17 SQTVTQEIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC 1200 1210 1220 1230 >>KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421 aa) initn: 204 init1: 122 opt: 316 Z-score: 148.6 bits: 39.9 E(): 0.0037 Smith-Waterman score: 316; 26.471% identity (44.608% similar) in 408 aa overlap (674-1065:705-1096) 650 660 670 680 690 700 KIAA04 APVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSS : . . :. .. . . : :. : :. KIAA14 YAAVRRVLSDLDQKWNSTLQTLVASYEAYEDLMKKSQEGRDFYADLESKVAALLERTQST 680 690 700 710 720 730 710 720 730 740 750 KIAA04 ASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEP--VVGGTLSPLALANKAESVVS-- . . : .. :: :: . . ::.: .: . : : . ..:. 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KIAA14 LAMAVRPATTTVDSIQAP-IPSHTAPRPNPTPAPPPPCF-PVPPP-QPLPTPYTYPAGAK 920 930 940 950 960 940 950 960 970 980 990 KIAA04 QPLPPAP--TSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGAL--QTPAEGPPTPAS ::.: .: :..:::: . :. :. : :. .: :. : : . : KIAA14 QPIPAQHHFSSGIPTGFPAPRIGPQ-----PQ---PHPQPHPSQAFGPQPPQQPLPLQHP 970 980 990 1000 1010 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA04 HSPSPSLPAL-PP-SP-PHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQ---LEELPRAEGAAVAGGPG : :. :.: :: :: :. :. : .. ::. .: . :: :: .:: KIAA14 HLFPPQAPGLLPPQSPYPYAPQ-PGVLGQPPPPLHTQLYPGPAQDPLPAHSGALPFPSPG 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA04 SSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGS : :: : . : .: KIAA14 PPQPPHPPLAYGPAPSTRPMGPQAAPLTIRGPSSAGQSTPSPHLVPSPAPSPGPGPVPPR 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1332 residues in 1 query sequences 1986173 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:34 2008 done: Thu Dec 18 15:23:35 2008 Total Scan time: 0.810 Total Display time: 0.240 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]