# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01996.fasta.huge -Q ../query/KIAA0470.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0470, 1472 aa vs ./tmplib.23147 library 1986033 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9365+/-0.00748; mu= -1.8631+/- 0.505 mean_var=238.2361+/-57.390, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.083094 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0284 ( 1573 res) pf09542 (1573) 645 91.6 1.2e-18 >>KIAA0284 ( 1573 res) pf09542 (1573 aa) initn: 1938 init1: 645 opt: 645 Z-score: 426.5 bits: 91.6 E(): 1.2e-18 Smith-Waterman score: 2020; 32.598% identity (56.495% similar) in 1632 aa overlap (9-1464:16-1569) 10 20 30 40 50 KIAA04 RSFAKDLEAKQKMSLTSWFLVSSGGTRHRLPREMIFVGRDDCELMLQSRSVDK :. ::: ::::::::.:.:::::::.:::::..:::::::::::: KIAA02 GEPETEPEQQGQTGPASTKMSATSWFLVSSSGARHRLPRELIFVGREECELMLQSRSVDK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA04 QHAVINYDASTDEHLVKDLGSLNGTFVNDVRIPEQTYITLKLEDKLRFGYDTNLFTVVQG :::::::: . ::: ::::::::::::::.:::.: :.::::.: .:::::.:.... . 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KIAA02 SLNSRDFDQNMNDSCE---------DALA-NKTRPRNREEVIFDNLMLNPVSQLSQAIRE 1390 1400 1410 1420 1430 1320 1330 1340 1350 1360 1370 KIAA04 SIDKTAGKIRILFKDKDRNWDDIESKLRAESEVPIVKTSSMEISSILQELKRVEKQLQAI . .. : :..:::.. : :.:.:... ::.::::.:::. ::::::.::.::.:::..: KIAA02 NTEHLAEKMKILFQNTGRAWEDLEARINAENEVPILKTSNKEISSILKELRRVQKQLEVI 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA04 NAMIDPDGTLEALN-NMGFPSAMLPSPPKQKSSPVNNHHSPGQTPTLGQPEARALHPAAV ::..::.:.:. :. : .. :. :. : . . .:: .:. :.:: :: KIAA02 NAIVDPSGSLDLLTGNRSLASSAQPGLGKGRVAA----QSP-PSPA----SAEALLPAL- 1500 1510 1520 1530 1540 1440 1450 1460 1470 KIAA04 SAAAEFENAESEADFSIHFNRFNPDGEEEDVTVQE .: . : . :. : ::.: KIAA02 -PLRNFPQRASCGPPSLPDPTFLPDAERFLI 1550 1560 1570 1472 residues in 1 query sequences 1986033 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:06 2008 done: Thu Dec 18 15:23:07 2008 Total Scan time: 0.850 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]