# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pg00625.fasta.huge -Q ../query/KIAA0466.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0466, 1214 aa vs ./tmplib.23147 library 1986291 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6981+/-0.00697; mu= 14.5257+/- 0.475 mean_var=171.1940+/-39.528, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.098023 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1436 ( 924 res) hh15451 ( 924) 776 123.1 2e-28 >>KIAA1436 ( 924 res) hh15451 (924 aa) initn: 537 init1: 190 opt: 776 Z-score: 602.2 bits: 123.1 E(): 2e-28 Smith-Waterman score: 975; 26.335% identity (57.414% similar) in 843 aa overlap (26-831:53-867) 10 20 30 40 50 KIAA04 EIRSWEKRKRLVLCLLEAADMKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEG :.: : :.. . : : : . : :. : KIAA14 GRGGGGEAAGKEEEGESRSRRASMGRLASRPLLLALLSLALCRG-RVVRVPTATLVRVVG 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 KIAA04 SHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFI ....: :::: :.:::::::.:: . : :...:: . .:: .: .:.. :.:.. KIAA14 TELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWS--FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILL 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 KIAA04 ERVQGNSTLLHITDLQARDAGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQ---TTAMP .:. .... ::: ..: : :.:.: ::::: :.: ... :. :::. .. : KIAA14 RRTANDAVELHIKNVQPSDQGHYKCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPP 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 KIAA04 QTLHRVEQDPLELTCEVASETIQHSHLSVAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQ .: : .:.:: : .:: . :.::.. : .. : :..:... .: . : : KIAA14 PSLSLREGEPFELRCTAASASPLHTHLALLWEVHR-GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQ 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 KIAA04 RQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVV : :.:::: .: ..::.. . .::: . : ..::: . .:.: . .: : :.: KIAA14 RYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSADQGSYRCIVSEWIAE-QGNWQEIQEKAVEVATV 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 KIAA04 NVQPTDKEFTVRLETEKRLHTV-GEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATM-GP .::. ..: . : . .. :. ... : . .. . : :.:.:. .:. : KIAA14 VIQPS----VLRAAVPKNVSVAEGKELDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGS 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 KIAA04 NAVPVLNSE-FAHREARGQLKVAKESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTERE--KTVTG .. :. . ..: . .. ... . . : . . .:.:: : :.:. .. . KIAA14 RVLARLDRDSLVH--SSPHVALSHVDARSYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSW 380 390 400 410 420 430 410 420 430 440 450 460 KIAA04 EFIDKESKRPKNIPIIVL-PLKSSISVEVASNASVI--LEGEDLRFSCSV--RTAGRPQG . . . . : .. . : : . .: ::: . . . ...: : .:. . KIAA14 HKVAEAVSSPAGVGVTWLEP-----DYQVYLNASKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANV 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 KIAA04 RFSVIWQLVDRQNRRSN-------IMWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFS ::.: : :.::::. . .: : :.. : .:.. : . . . ..:. KIAA14 RFTVSWYY--RMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLKYGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFN 490 500 510 520 530 540 520 530 540 550 560 570 KIAA04 LGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVRAVDGEWQIVGERRASTPISIT-ALEMG-FAVTAISRT . : . .::.:.: : :. :.. .. : . .. : :..: ::: . ..: : . KIAA14 FRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSW-VKSKDVFSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPK 550 560 570 580 590 600 580 590 600 610 620 KIAA04 PGVTYSDSFDLQC------IIKPHYPAWVPVSVTWRFQPVGTV----EFHDLVTFTRDGG : . ...:.. : : .:.: . . . .::: . : . .... .:. KIAA14 PFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAE-----KPVGDLSSPNETKYIISLDQDSV 610 620 630 640 650 630 640 650 660 670 680 KIAA04 VQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNVRLSISRASDTEAGKYQCVAELWRKNYNNTWTRLAE :. . ... :. .. . . .. : . ... ..:: :.:.. : .. : . : KIAA14 VKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAWSPVRGSLWREAAT 660 670 680 690 700 710 690 700 710 720 730 KIAA04 RTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSKRTLTLVENKPIQLNCSVKSQTS----QNSHFAVLWY- :: .:: ...: . : ..... :.: : . . . .. : : :. KIAA14 SLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAALDPDDMAFDVSWFA 720 730 740 750 760 770 740 750 760 770 780 790 KIAA04 VHKPSDADGKLILKTTHNSAFEYGTYAEEEGLRARLQFERHVSGGLFSLTVQRAEVSDSG ::. . . ..:.. ... . . .. .. :..:: :: : : :. .: .: : KIAA14 VHSFGLDKAPVLLSSLDRKGI---VTTSRRDWKSDLSLER-VSVLEFLLQVHGSEDQDFG 780 790 800 810 820 830 800 810 820 830 840 850 KIAA04 SYYCHVEEWLLSPNYAWYKLAEEVSGRTEVTVKQPDSRLRLSQAQGNLSVLETRQVQLEC .::: : :. ::. .: : :: : . .::: KIAA14 NYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLSTVIGLLSCL 840 850 860 870 880 890 860 870 880 890 900 910 KIAA04 VVLNRTSITSQLMVEWFVWKPNHPERETVARLSRDATFHYGEQAAKNNLKGRLHLESPSP KIAA14 IGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD 900 910 920 1214 residues in 1 query sequences 1986291 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:57 2008 done: Thu Dec 18 15:22:58 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]