# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00867.fasta.huge -Q ../query/KIAA0461.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0461, 1355 aa vs ./tmplib.23147 library 1986150 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6869+/-0.00917; mu= -2.3976+/- 0.621 mean_var=414.8517+/-102.368, 0's: 0 Z-trim: 29 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.062969 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1584 ( 995 res) fj06751 ( 995) 1141 119.0 4.2e-27 KIAA1513 ( 649 res) fh00168(revised) ( 649) 355 47.3 1e-05 KIAA0863 ( 1181 res) hk06535 (1181) 285 41.3 0.0012 >>KIAA1584 ( 995 res) fj06751 (995 aa) initn: 1522 init1: 880 opt: 1141 Z-score: 578.5 bits: 119.0 E(): 4.2e-27 Smith-Waterman score: 1519; 36.863% identity (59.869% similar) in 765 aa overlap (91-803:59-751) 70 80 90 100 110 120 KIAA04 GLGTMVTQPVLRPVQVMQNANHVTSSPVASQPIFITTQGFPVRNVRPVQNAMNQVGIVLN .:::. . . . : .: . . 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KIAA15 IPGGLTSQLQVLDVVVYKPLNDSVRAQYSNWLLAGNLALSPTGNAKKPPLGLFLEWVMVA 540 550 560 570 580 590 >>KIAA0863 ( 1181 res) hk06535 (1181 aa) initn: 99 init1: 82 opt: 285 Z-score: 157.5 bits: 41.3 E(): 0.0012 Smith-Waterman score: 307; 24.476% identity (48.951% similar) in 572 aa overlap (37-582:352-872) 10 20 30 40 50 60 KIAA04 ECEEEELEPWQKISDVIEDSVVEDYNSVDKTTTAGNPLVQQGGQPLILTQNPAPGLGTMV . .::.:.. : : ::..: :. : KIAA08 AHLAAPANGSAPSAPAQPPCFHLALPQNSPSPAAGQPVTVAQGAPGSLTHSP-PAAGQSH 330 340 350 360 370 380 70 80 90 100 110 120 KIAA04 TQPVLRPVQVMQNANHVTSSPVASQPIFITTQGFPV-RNVRPVQNAMNQ-VGIVLNVQQG : :. : ::. .: .: : ::.:.. .: :. ..: : ..: :: : : . : KIAA08 MTLVSSPLPVGQNS--LTLQPPAPQPVFLS-HGVPLHQSVNPPVLPLSQPVGPV-NKSVG 390 400 410 420 430 130 140 150 160 170 180 KIAA04 QTVRPITLVPAPGTQFVKPTVGVPQVFSQMTPVRPGSTMPVRP--TTNTFTTVIPATLTI .: ::. . ::. . :: : :: :: ..:: : : ... .: :..:.. 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