# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ef01252.fasta.huge -Q ../query/KIAA0458.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0458, 1552 aa vs ./tmplib.23147 library 1985953 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.9286+/-0.0144; mu= -35.3070+/- 0.975 mean_var=986.0133+/-238.515, 0's: 0 Z-trim: 38 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.040844 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 579 50.8 2e-06 KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 499 46.3 7.8e-05 KIAA1522 ( 1044 res) fh14706(revised) (1044) 456 43.5 0.00027 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 448 43.1 0.00046 KIAA1076 ( 804 res) hj06779 ( 804) 425 41.5 0.0008 KIAA1172 ( 929 res) hj03919(revised) ( 929) 420 41.3 0.0011 KIAA1266 ( 601 res) hj06235 ( 601) 400 39.9 0.0018 KIAA0595 ( 1666 res) hj02929s1 (1666) 386 39.6 0.0065 KIAA0346 ( 1682 res) hg01508s1 (1682) 386 39.6 0.0065 KIAA0442 ( 1266 res) hh03913 (1266) 380 39.1 0.0069 >>KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236 aa) initn: 381 init1: 235 opt: 579 Z-score: 207.3 bits: 50.8 E(): 2e-06 Smith-Waterman score: 610; 28.312% identity (49.728% similar) in 551 aa overlap (608-1116:498-1019) 580 590 600 610 620 630 KIAA04 PASPDGRTSPINEDIRSSGRNSPSAASTSSNDSKAETVKKSAKKVKEEASSPLKSNKRQR : ..: .:: .:: .::.. . 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KIAA14 PALYPAPAYTPELGLVPRSSPQHGVVSSPYVGVGPAPPVAGLPSAPPPQFSGPELAMAVR 860 870 880 890 900 910 890 900 910 920 930 940 KIAA04 ASQSALQSQQPPREQPLPPAPLAMPHIKPPPTTPIPQ-LPAPQAHKHPPHLSGPSPFSMN . ....: : : . : : : ::: :.: : : . .: . : : . . KIAA14 PATTTVDSIQAPIPSHTAPRPNPTP-APPPPCFPVPPPQPLPTPYTYPAGAKQPIPAQHH 920 930 940 950 960 970 950 960 970 980 990 KIAA04 ANLPPPPALKPLSSLSTHHPPSAHPPPLQLM---PQSQPLPSS-----PAQPPGLTQSQN . : .. : .. . : .: : : . : .:::: . : : ::: :. KIAA14 FSSGIPTGF-PAPRIGPQPQPHPQPHPSQAFGPQPPQQPLPLQHPHLFPPQAPGLLPPQS 980 990 1000 1010 1020 1030 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA04 -LP--PPPA--SHPPTGLH-QVAPQP---PFAQH----PF-VPGGPPPITPPTC--PSTS : : :. ..:: :: :. : : :. : :: :: : : :: :. : KIAA14 PYPYAPQPGVLGQPPPPLHTQLYPGPAQDPLPAHSGALPFPSPGPPQPPHPPLAYGPAPS 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA04 TPPAGPGTSAQPPCSGAAASGGSIAGGSSCPLPTVQIKEEALDDAEEPESPPPPPRSPSP : : :: .: : . : : :: :. : : . . . : : : ::: :. KIAA14 TRPMGP--QAAP----LTIRGPSSAGQST-PSPHL-----VPSPAPSPGPGPVPPRPPAA 1100 1110 1120 1130 1140 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA04 EPTVVDTPSHASQSARFYKHLDRGYNSCARTDLYFMPLAGSKLAKKREEAIEKAKREAEQ :: ... .: . . .. .. ... : .:. : . . ...: KIAA14 EPP--PCLRRGAAAADLLSSSPESQHGGTQS-----PGGGQPLLQPTKVDAAEGRRP--- 1150 1160 1170 1180 1190 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA04 KAREEREREKEKEKEREREREREREAERAAKASSSAHEGRLSDPQLSGPGHMRPSFEPPP .: . ::. .. :: :. ..: :: : KIAA14 QALRLIERDPYEHPERLRQLQQELEAFRGQLGDVGALDTVWRELQDAQEHDARGRSIAIA 1200 1210 1220 1230 1240 1250 >>KIAA1076 ( 804 res) hj06779 (804 aa) initn: 255 init1: 148 opt: 425 Z-score: 160.5 bits: 41.5 E(): 0.0008 Smith-Waterman score: 454; 25.705% identity (44.671% similar) in 638 aa overlap (651-1206:11-622) 630 640 650 660 670 680 KIAA04 KVKEEASSPLKSNKRQREKVASDTEEADRTSSKKTKTQEISRPNSPSEGEGESSDSRSVN ::.. . . ..: . : : : .:. KIAA10 EFESSSESSPSSSEDEEEVVAREEEEEEEEEEMVAEESMA 10 20 30 40 690 700 710 720 730 KIAA04 DEGSSDPKDIDQDNR--STSPSIPSPQ--------DNESDSDSSAQQQMLQAQPPALQAP . : :.:..::.. . .:. :. . : :... . .. . .:: : KIAA10 SAG---PEDFEQDGEEAALAPGAPAVDSLGMEEEVDIETEAVAPEERPSMLDEPPL---P 50 60 70 80 90 740 750 760 770 780 KIAA04 TGVT-PAPSSAPPGTPQLPTPGPTPSATAVPPQGSPTASQAPNQPQ-APT-APVPHTHIQ .:: :: : :: : : : : . :. : :... .: .: :: ... KIAA10 VGVEEPADSREPPEEPGLSQEG----AMLLSPE--PPAKEVEARPPLSPERAPEHDLEVE 100 110 120 130 140 790 800 810 820 830 840 KIAA04 QAPALH---PQRPPSPHP-PPHPSPHPPLQPLTGSAGQPSAPSHAQPPLHGQGPPGPHSL : . : .:: : : ::.: : :: .: : .:..::.: . : :: . 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KIAA10 RDFSFTPTFSEPSGPLLLP-VCPLPTGRRDERSGPLASPVLLETGLPLPLPLPLPLPLAL 270 280 290 300 310 320 940 950 960 970 980 990 KIAA04 PSPFSMNANLPPP-PALKPLSSLSTHHPPSAHPP------PLQLMPQSQPLPSSPAQP-- :. . .: : : : : : . :.. :: . : : ... . :: :: KIAA10 PAVLRAQARAPTPLPPLLP-APLASCPPPMKRKPGRPRRSPPSMLSLDGPLVRPPAGAAL 330 340 350 360 370 380 1000 1010 1020 1030 KIAA04 -------PGLTQSQNLPPPPASHPPTGLHQ-------VAPQPPFAQHPFVPGGPPPITPP :: :. : :..: : . :: ::. .: : :::. : KIAA10 GRELLLLPGQPQT---PVFPSTHDPRTVTLDFRNAGIPAPPPPLPPQPPPPPPPPPVEPT 390 400 410 420 430 440 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA04 TCPSTSTPPAGPGTSAQPPCSGAAASGGSIA--GGSSCPL--PTVQIKEEALDDAEEPE- : :. . : : . : : : . .:. . : :: KIAA10 KLPFKELDNQWPSEAIPPGPRGRDEVTEEYMELAKSRGPWRRPPKKRHEDLVPPAGSPEL 450 460 470 480 490 500 1100 1110 1120 1130 KIAA04 SPPPP---PRSPSPEPTVV-DTPSHA--SQSARF----YKHL---DRGYNSCARTDLYFM ::: : ::: : :.. : . . .. :: :..: : :.. : . KIAA10 SPPQPLFRPRSEFEEMTILYDIWNGGIDEEDIRFLCVTYERLLQQDNGMDWLNDTLWVYH 510 520 530 540 550 560 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA04 PLAGSKLAKKREEAIEKAKREAEQKAREEREREKEKEKEREREREREREAERAAKASSSA : .. . :::... . .... :: : .: ... : .. ::. : KIAA10 PSTSLSSAKKKKRD-DGIREHVTGCARSEGFYTIDK-----KDKLRYLNSSRASTDEPPA 570 580 590 600 610 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA04 HEGRLSDPQLSGPGHMRPSFEPPPTTIAAVPPYIGPDTPALRTLSEYARPHVMSPTNRNH .: : KIAA10 DTQGMSIPAQPHASTRAGSERRSEQRRLLSSFTGSCDSDLLKFNQLKFRKKKLKFCKSHI 620 630 640 650 660 670 >>KIAA1172 ( 929 res) hj03919(revised) (929 aa) initn: 185 init1: 130 opt: 420 Z-score: 158.2 bits: 41.3 E(): 0.0011 Smith-Waterman score: 471; 23.138% identity (48.404% similar) in 752 aa overlap (528-1228:180-885) 500 510 520 530 540 550 KIAA04 TTTSKDWHHGGRENILLCTDCRIHFKKYGELPPIEKPVDPP-PFMFKPVKE----EDDGL .::. .:: :: : . .: . ... : KIAA11 MGIQQDPMHHQVPLPPNGQMPGFGLLPTPPFPPMAQPVIPPTPPVQQPFQASFQAQNEPL 150 160 170 180 190 200 560 570 580 590 600 KIAA04 SGK-HSMRTRRSRGSMSTLRS--GRKKQPASPDGRTSPINEDIRSSGRNSPSAASTSSND . : :... . . .. .. . ... : .. :: . ::..:. : : . KIAA11 TQKPHQQEMEVEQPCIQEVKRHMSDNRKSRSRSASRSPKRRRSRSGSRSRRSRHRRSRSR 210 220 230 240 250 260 610 620 630 640 650 660 KIAA04 SKAETVKKSAKKVKEEASSPLKSNKRQR--EKVASDTEEADRTS------SKKTKTQEIS :. . .. .. .:. . . ..::. .: .: . :. .:.: :... KIAA11 SRDRRRHSPRSRSQERRDREKERERRQKGLPQVKPETASVCSTTLWVGQLDKRTTQQDVA 270 280 290 300 310 320 670 680 690 700 710 KIAA04 RPNSPSEGEGESSDSRSVNDEGSSDPKDID-QDNRSTSPSIPSPQ---DNESDSDSSAQQ : : : . . .: . . :: . .. . ...: . . : . KIAA11 ---SLLEEFGPIESINMIPPRGCAYIVMVHRQDAYRALQKLSRGNYKVNQKSIKIAWALN 330 340 350 360 370 380 720 730 740 750 760 KIAA04 QMLQAQPPAL-QAPTGVTPAP--SSAPPGTPQLPTPGPTPSATAVPP-QGSPTASQ---- . ..:. .. ::: : . : .. : : : : .: : . KIAA11 KGIKADYKQYWDVELGVTYIPWDKVKPEELESFCEGGMLDSDTLNPDWKGIPKKPENEVA 390 400 410 420 430 440 770 780 790 800 810 820 KIAA04 ----APNQPQAPTAPVPHTHIQQAPALHPQRPPSPHPPPHPSPHPPLQPLTGSAGQPSA- : .. :..:.:. .: . : : :::. :: : :..: : :: : KIAA11 QNGGAETSHTEPVSPIPKPLPVPVPPI-PVPAPITVPPPQVPPHQPGPPVVG-ALQPPAF 450 460 470 480 490 500 830 840 850 860 870 KIAA04 --PSHAQPPLHGQG----PPGPHSLQAG--PLLQHPG--PPQPFGLPPQASQGQAPLGTS : :: : : :: : :. : :. :: :: : :: . . : . KIAA11 TPPLGIPPPGFGPGVPPPPPPPPFLRPGFNPMHLPPGFLPPGPP--PPITPPVSIPPPHT 510 520 530 540 550 560 880 890 900 910 920 930 KIAA04 PAAAYPH-TSLQLPASQSALQSQQPPREQPLPPAPLAMPHIKPPPTTPIPQLPAPQAHKH : . :. .: ..:. . .. : : :: .: :: : :. : . . KIAA11 PPISIPNLVSGARGNAESGDSVKMYGSAVP-PAAPTNLP--TPPVTQPVSLLGTQGVAPG 570 580 590 600 610 940 950 960 970 980 990 KIAA04 PP-HLSGPSPFSMNANLPPPPALKPLSSLSTHHPPSAHPPPLQLMPQSQPLPSSPAQPPG : :..:: ..: :.: :: ..::. :: :: .: : : .:: KIAA11 PVIGLQAPSTGLLGAR----PGLIPL-----QRPPGMPPPHLQRFPLMPPRP----MPPH 620 630 640 650 660 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA04 LTQSQNLPPPP---ASHPPTGLHQVAPQPPFAQHPFV-PGGPPPITPPTCPSTSTPPAGP . . .. :: : : :: :.. .: :: . ::: ::: : . : :. . : KIAA11 MMH-RGPPPGPGGFAMPPPHGMK--GPFPPHG--PFVRPGGMPGLGGPG-PGPGGPEDRD 670 680 690 700 710 720 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA04 GTSAQPPCSGAAASGGSIAGGSSCPLPTVQIKEEALDDAEEPESPPPPPRSPSPEPTVVD : . ::: . : : . . . .. . : : ::: . .:. : KIAA11 GRQ-QPPQQPQQQ-----------PQPQAPQQPQQQQQQQPPPSQQPPPTQQQPQQFRND 730 740 750 760 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA04 TPSHASQSARFYKHLDRGYNSCARTDLYFMPLAGSKLAKKREEAIEKAKREAEQ-KAREE . .. ... . :.... ...: . .. .. .. : ..: .. . :. KIAA11 NRQQFNSGRDQERFGRRSFGNRVENDRERYGNRNDDRDNSNRDRREWGRRSPDRDRHRDL 770 780 790 800 810 820 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA04 REREKEKEKERERERE-REREAERAAKASSSAHEGRLSDPQLSGPGHMRPSFEPPPTTIA .::.... .:.:::. :.::..: . . . .. :... . . ::: . .. KIAA11 EERNRRSSGHRDRERDSRDRESRREKEEARGKEK-----PEVTDRAGGNKTVEPPISQVG 830 840 850 860 870 880 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA04 AVPPYIGPDTPALRTLSEYARPHVMSPTNRNHPFYMPLNPTDPLLAYHMPGLYNVDPTIR : KIAA11 NVDTASELEKGVSEAAVLKPSEELPAEATSSVEPEKDSGSAAEAPR 890 900 910 920 >>KIAA1266 ( 601 res) hj06235 (601 aa) initn: 418 init1: 214 opt: 400 Z-score: 154.1 bits: 39.9 E(): 0.0018 Smith-Waterman score: 561; 26.653% identity (56.313% similar) in 499 aa overlap (173-641:53-538) 150 160 170 180 190 KIAA04 VASQPPQHLSEAGRGPVGSKRDHLLMNVKWYYRQSEVPDSVYQHLVQDRH-----NENDS .::. .. ... .. :.: .:... 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KIAA12 SVLVPLGGPVLCRDEMEEWSASEASLFEEALEKYGKDFNDIRQDFLPWKSLTSIIEYYYM 270 280 290 300 310 320 430 440 450 460 470 480 KIAA04 WKKTPEAASSRAHRRHRRQAVFRRIKTRTASTPVNTPSRPPSSEFLDLSSASEDDFDSE- :: : :. .: .. .... : :. :. . .. :... .. KIAA12 WKTTD---------RYVQQKRLKAAEAESKLKQVYIPTYKPNPNQISTSNGKPGAVNGAV 330 340 350 360 370 490 500 510 520 530 KIAA04 ----DSEQELKGYACRHCFTTTSKDWHHGGRENIL--LCTDCRIHFKKYGELP-PI---E . .. : : ::. :..: :..:. : :. ::. : ...:::: : : : KIAA12 GTTFQPQNPLLGRACESCYATQSHQWYSWGPPNMQCRLCAICWLYWKKYGGLKMPTQSEE 380 390 400 410 420 430 540 550 560 570 580 590 KIAA04 KPVDPPPFMFKPVKEEDDGLSGKHSMRTRRSRGSMSTLRSGRKKQPASPDGRTSPINEDI . ..: : : . . .. ..: .: . :: .. . :. :. . KIAA12 EKLSPSPTTEDPRVRSHVSRQAMQGMPVRNT-GSPKSAVKTRQAFFLHTTYFTKFARQVC 440 450 460 470 480 490 600 610 620 630 640 650 KIAA04 RSSGRNSPSAASTSSNDSKAETVKKSAKKVKEEASSPLKSNKRQREKVASDTEEADRTSS ... : .: . : . : . : ..::::: : :. .: KIAA12 KNTLRLRQAARRPFVAINYAAIRAEYADRHAELSGSPLKS-KSTRKPLACIIGYLEIHPA 500 510 520 530 540 660 670 680 690 700 710 KIAA04 KKTKTQEISRPNSPSEGEGESSDSRSVNDEGSSDPKDIDQDNRSTSPSIPSPQDNESDSD KIAA12 KKPNVIRSTPSLQTPTTKRMLTTPNHTSLSILGKRNYSHHNGLDELTCCVSD 550 560 570 580 590 600 >>KIAA0595 ( 1666 res) hj02929s1 (1666 aa) initn: 328 init1: 107 opt: 386 Z-score: 144.2 bits: 39.6 E(): 0.0065 Smith-Waterman score: 514; 23.848% identity (47.295% similar) in 998 aa overlap (571-1479:459-1394) 550 560 570 580 590 KIAA04 MFKPVKEEDDGLSGKHSMRTRRSRGSMSTLRSGRKKQPA-SPDGRTSPINEDIRSSGRNS :.::::. .: . . . .:::.:.. 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