# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/bf02274.fasta.nr -Q ../query/KIAA0454.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0454, 2296 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7809402 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5597+/-0.000204; mu= 10.6304+/- 0.011 mean_var=137.9379+/-26.607, 0's: 41 Z-trim: 104 B-trim: 596 in 1/65 Lambda= 0.109202 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|114558492|ref|XP_001146341.1| PREDICTED: phosph (2333) 14536 2303.6 0 gi|55665826|emb|CAH72528.1| phosphodiesterase 4D i (2240) 14269 2261.5 0 gi|74747041|sp|Q5VU43.1|MYOME_HUMAN RecName: Full= (2346) 6774 1080.7 0 gi|55665821|emb|CAH72523.1| phosphodiesterase 4D i (2362) 6774 1080.7 0 gi|30722358|emb|CAD91152.1| hypothetical protein [ (1509) 6744 1075.8 0 gi|73981164|ref|XP_858387.1| PREDICTED: similar to (2409) 6460 1031.3 0 gi|148706997|gb|EDL38944.1| phosphodiesterase 4D i (2407) 6280 1002.9 0 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similar t (1394) 1969 323.5 1e-84 gi|113411833|ref|XP_001126245.1| PREDICTED: simila ( 358) 1959 321.4 1.2e-84 gi|33873135|gb|AAH04860.1| PDE4DIP protein [Homo s ( 676) 1865 306.8 5.3e-80 >>gi|114558492|ref|XP_001146341.1| PREDICTED: phosphodie (2333 aa) initn: 14536 init1: 14536 opt: 14536 Z-score: 12374.3 bits: 2303.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 14536; 98.998% identity (99.739% similar) in 2295 aa overlap (2-2296:39-2333) 10 20 30 KIAA04 KSREQSSLFAADAERSWGGKSCCLLRWRFVG .:::::::::::::::::::::.:::::: gi|114 RRPLSSLPSAVIIHLSQRERGRGDARVVQGAREQSSLFAADAERSWGGKSCCFLRWRFVD 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 KIAA04 KASHFPRLLPLPGEERPETKERAWKMEQTWTRDYFAEDDGEMVPRTSHTAAFLSDTKDRG ::::::::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 KASHFPRLLPLPGEELPETKERTWKMEQTWTRDYFAEDDGEMVPRTSHTAAFLSDTKDRG 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 KIAA04 PPVQSQIWRSGEKVPFVQTYSLRAFEKPPQVQTQALRDFEKHLNDLKKENFSLKLRIYFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 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