# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/bf02274.fasta.huge -Q ../query/KIAA0454.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0454, 2296 aa vs ./tmplib.23147 library 1985209 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4934+/-0.0101; mu= -7.7189+/- 0.681 mean_var=410.0328+/-101.775, 0's: 0 Z-trim: 33 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.063338 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0477 ( 1148 res) hh00492 (1148) 4766 451.6 6e-127 KIAA1633 ( 1852 res) fh23696 (1852) 554 67.0 6e-11 KIAA1512 ( 2010 res) fg04660y1 (2010) 394 52.4 1.6e-06 KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 387 51.7 2.5e-06 KIAA0445 ( 1919 res) hg00102s1 (1919) 356 48.9 1.7e-05 KIAA0635 ( 864 res) hj03253 ( 864) 340 47.0 2.8e-05 KIAA0004 ( 1307 res) ha00065 (1307) 339 47.2 3.9e-05 KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715) 327 46.2 0.0001 KIAA1319 ( 1208 res) fh13717 (1208) 320 45.4 0.00012 KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047) 318 45.1 0.00013 KIAA2034 ( 1571 res) ah04445 (1571) 308 44.4 0.00031 KIAA1009 ( 1345 res) hj03795(revised) (1345) 286 42.3 0.0011 KIAA1693 ( 901 res) fj10588 ( 901) 278 41.4 0.0015 KIAA1245 ( 892 res) hg04073 ( 892) 271 40.8 0.0023 KIAA1000 ( 1956 res) hk09604y2 (1956) 267 40.8 0.0049 KIAA0216 ( 2067 res) hf00331s1 (2067) 264 40.5 0.0061 KIAA1276 ( 1068 res) fh00139s1 (1068) 251 39.0 0.009 KIAA1081 ( 1003 res) bg00262 (1003) 249 38.8 0.0098 >>KIAA0477 ( 1148 res) hh00492 (1148 aa) initn: 4766 init1: 4766 opt: 4766 Z-score: 2371.0 bits: 451.6 E(): 6e-127 Smith-Waterman score: 4766; 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KIAA16 LDEEH---------------RRLRDGDKYPMESDNSFDLFDSSQ--------AVTPKSVS 1610 1620 1630 1640 2050 2060 2070 2080 2090 2100 KIAA04 QNFPASTDPGNKQLLLQDSAVSPPVRDVGMNSPALVFPSSASSTPGSETPIINRANGLGL . .::. : .. .: :..:.: :: ..: KIAA16 E--------------------TPPLS--GNDTDSLSCDSGSSATS---TPCVSR------ 1650 1660 1670 2110 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA04 DTSPVMKTPPKLEGDATDGSFANKHGRHVIGHIDDYSALRQQIAEGKLLVKKIVSLVRSA . : .: .:.:.::::.: :.:: :: .::..:. :. .. .. : KIAA16 -----LVTGHHL--------WASKNGRHVLGLIEDYEALLKQISQGQRLLAEMDIQTQEA 1680 1690 1700 1710 2170 2180 2190 2200 2210 KIAA04 CSFPGLEAQGTEVLGSKGIH-----ELRSSTSALHHALEESASLLTMFWRAALPST-HIP :. .: ::.:: : .. ::.:. . .:::. : ..::..:: . : KIAA16 ---PSSTSQE---LGTKGPHPAPLSKFVSSVSTAKLTLEEAYRRLKLLWRVSLPEDGQCP 1720 1730 1740 1750 1760 1770 2220 2230 2240 2250 2260 2270 KIAA04 VLPGKVGESTERELLELRTKVSKQERLLQSTTEHLKNANQQKESMEQFIVSQLTRTHDVL . ..:: . :. .:. :. .::. ::.: . :. ...: :. : .::. :: .: KIAA16 LHCEQIGE-MKAEVTKLHKKLFEQEKKLQNTMKLLQLSKRQ----EKVIFDQLVVTHKIL 1780 1790 1800 1810 1820 2280 2290 KIAA04 KKARTNLEVKSLRALP--CTPAL .::: :::.. : : :.:. KIAA16 RKARGNLELRPGGAHPGTCSPSRPGS 1830 1840 1850 >>KIAA1512 ( 2010 res) fg04660y1 (2010 aa) initn: 245 init1: 82 opt: 394 Z-score: 209.0 bits: 52.4 E(): 1.6e-06 Smith-Waterman score: 512; 22.488% identity (52.995% similar) in 1085 aa overlap (121-1159:968-1989) 100 110 120 130 140 150 KIAA04 GPPVQSQIWRSGEKVPFVQTYSLRAFEKPPQVQTQALRDFEKHLNDLKKENFSLKLRIYF :.. . : : :.. . : : . .:. .. KIAA15 ALAAAEAKRQELEETHVSITQEKNDLALQLQAEQDNLADAEERCHLLIKSKVQLEGKVKE 940 950 960 970 980 990 160 170 180 190 200 210 KIAA04 LEERMQQKYEASREDIYKRNIELKVEVESLKRELQDKKQHLDKTWADVENLNSQNEAELR : ::.... :.. :. : .:. : ::....: :. : : .:. .. .: ... KIAA15 LSERLEDEEEVN-ADLAARRRKLEDECTELKKDIDD----LELTLAKAEKEKQATENKVK 1000 1010 1020 1030 1040 1050 220 230 240 250 KIAA04 RQFEERQQETEHVYELLENKIQLLQEESRLA----KNEAARMAALVEA---------EKE :: : : .: ..: . ::: . : . : :..::..: . : KIAA15 NLTEEMAALDESVARLTKEK-KALQEAHQQALGDLQAEEDRVSALTKAKLRLEQQVEDLE 1060 1070 1080 1090 1100 1110 260 270 280 290 300 310 KIAA04 CNLELSEKLKGVT-KNWEDVPGDQVKPDQYTEALAQRDKRIEELNQSLAAQERLVEQLSR :.:: .::. : . . . :: .: : . : : .:: ..:...: .. . ::: KIAA15 CSLEQEKKLRMDTERAKRKLEGD-LKLTQESVADAAQDK--QQLEEKLKKKDSELSQLSL 1120 1130 1140 1150 1160 320 330 340 350 360 370 KIAA04 --EKQQLLHLLEEPTSMEVQPMTEELLKQQKLN--SHETTITQQSVSDSHLAELQEKIQQ : .::: . :.: .::: .. . . .. . :.. . .: ::.:.... KIAA15 RVEDEQLLGAQMQKKIKELQARAEELEEELEAERAARARVEKQRAEAARELEELSERLEE 1170 1180 1190 1200 1210 1220 380 390 400 410 420 KIAA04 TEATNKILQEKLNEMSYEL----KCAQESSQKQDGTIQNLKETLKSRERETEELYQVIEG . ... .: . :: . .:.. ....:. : :....: .. : KIAA15 AGGASAGQREGCRKREAELGRLRRELEEAALRHEATVAAL------RRKQAEGAAELGE- 1230 1240 1250 1260 1270 1280 430 440 450 460 470 480 KIAA04 QNDTMAKLREMLHQSQLGQLHSSEGTSPAQQQVALLDLQSALFCSQLEIQKLQRVVRQKE : :.. ..:. :.. . .. .. . :: . . . ... : : KIAA15 QVDSLQRVRQKLEKEK------------SELRMEVDDLAANVETLTRAKASAEKLCRTYE 1290 1300 1310 1320 490 500 510 520 530 540 KIAA04 RQLADAKQCVQFVEAAAHESEQQKEASWKHNQELRKALQQLQEELQNKSQQLRAWEAEKY ::..:: :. .. .. :. .. :: . :.. .: : .. .. .: :.. 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KIAA15 F-RLRHGHEEALEAL-ETLKRENKNLQEEISDLTDQVSLSGKSIQELEKTKKALEGEKSE 1560 1570 1580 1590 1600 1610 790 800 810 820 830 KIAA04 -QAAAEKLVQAL-MERNSELQA---LRQYLGGRDSLMSQAPISNQQAEVTPTGRLGKQTD ::: :. :: .:... :. : : . : ... ... :.. . . . .. KIAA15 IQAALEEAEGALELEETKTLRIQLELSQVKAEVDRKLAEK--DEECANLRRNHQRAVESL 1620 1630 1640 1650 1660 1670 840 850 860 870 880 890 KIAA04 QGSMQIPSRDDSTSLTAKEDVSIPRSTLGDLDTVAG-LEKELSNAKEELELMAKKERESQ :.:.. .: . .: :. . .. :.::. : .. ..:. .:: . .: : KIAA15 QASLDAETRARNEALRLKKKM---EGDLNDLELQLGHATRQATEAQAATRLMQAQLKEEQ 1680 1690 1700 1710 1720 1730 900 910 920 930 940 950 KIAA04 MELSALQSMMAVQEEELQVQAADMESLTRNIQIKEDLIKDLQMQLVDPEDIPAMERLT-Q . : . : ::. :: ..: : .. ...:. : :. .::. : KIAA15 AGRDEEQRLAA----ELHEQA---QALERRASLLAAELEELRAAL---EQGERSRRLAEQ 1740 1750 1760 1770 1780 960 970 980 990 1000 1010 KIAA04 EVLLLREKVASVESQGQEISGNRRQQL---LLMLEGLVDERSRLNEALQAERQLYSSLVK :.: :.. ..::. . :....: : .: : :.: .. : .::.. .... KIAA15 ELLEATERLNLLHSQNTGLL-NQKKKLEADLAQLSGEVEEAAQ--ERREAEEKAKKAITD 1790 1800 1810 1820 1830 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA04 FHAHPESSERDRTLQVELEGAQVLRSRLEEVLGRSLERLNRLETLAAIGGAAAGDDTEDT : .... ...:: ... ::... . ::.. : : :: . : KIAA15 AAMMAEELKKEQDTSAHLE---RMKKTLEQTVRELQARLEEAEQAALRGGKKQVQKLEAK 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA04 STEFTDSIEEEAAHHSHQQLVKVALEKSLATVETQNPSFSPPSPMGGDSNRCLQEEMLHL :. .. : .:.. :. . . : : :: .. KIAA15 VRELEAELDAEQKKHAEALKGVRKHERRVKELAYQAEEDRKNLARMQDLVDKLQSKVKSY 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA04 RAEFHQ-------HLEEKRKAEEELKELKAQIEEAGFSSVSHIRNTMLSLCLENAELKEQ . .:.. .: . :::..:: . . . . : KIAA15 KRQFEEAEQQANTNLAKYRKAQHELDDAEERADMAETQANKLRARTRDALGPKHKE 1960 1970 1980 1990 2000 2010 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA04 MGEAMSDGWEIEEDKEKGELDNQSQPRDPGPQSAFSLPGSTQHLRSQLSQCKQRYQDLQE >>KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984 aa) initn: 233 init1: 80 opt: 387 Z-score: 205.6 bits: 51.7 E(): 2.5e-06 Smith-Waterman score: 530; 22.014% identity (56.506% similar) in 1122 aa overlap (146-1190:857-1934) 120 130 140 150 160 170 KIAA04 FEKPPQVQTQALRDFEKHLNDLKKENFSLKLRIYFLEERMQQK---YEASREDIYKRNIE :.. ::.:: : . ..: : . : KIAA08 AMKVIQRNCAAYLKLRNWQWWRLFTKVKPLLQVTRQEEEMQAKEDELQKTKERQQKAENE 830 840 850 860 870 880 180 190 200 210 220 230 KIAA04 LKVEVESLKRELQDKKQHLDKTWADVENLNSQNEAELRRQFEERQQETEHVYELLENKIQ :: :.:. . .: ..:. :.. .: .. : :.: .. ..:: :.. . .: ... KIAA08 LK-ELEQKHSQLTEEKNLLQEQLQAETELYAEAE-EMRVRLAAKKQELEEILHEMEARLE 890 900 910 920 930 940 240 250 260 270 280 290 KIAA04 LLQEESRLAKNEAARMAALVEAEKECNLELSEKLKGVTKNWEDVPGDQVKPDQYTEALAQ ..... . : .:: . :.: :.:. :.. .... .. : KIAA08 EEEDRGQQLQAERKKMAQQM-------LDLEEQLEE-----EEAARQKLQLEKVTA---- 950 960 970 980 300 310 320 330 340 350 KIAA04 RDKRIEELNQSLAAQERLVEQLSREKQQLLHLLEEPTSMEVQPMTEELLKQQKLNSHETT . .:..:.. . ... ..::.:.. :::: ... .: .: .... .. : KIAA08 -EAKIKKLEDEILVMDDQNNKLSKERK----LLEE----RISDLTTNLAEEEEKAKNLTK 990 1000 1010 1020 1030 360 370 380 390 400 410 KIAA04 ITQQSVSDSHLAELQEKIQQTEATNKILQEKLNEMSYELKCAQESSQKQDGTIQNLKETL . .. .: ..::. .... : . . :.. .. . . .:. .. : .:: : KIAA08 LKNK--HESMISELEVRLKKEEKSRQELEKLKRKLEGDASDFHEQIADLQAQIAELKMQL 1040 1050 1060 1070 1080 1090 420 430 440 450 460 KIAA04 KSRERETE----ELYQVIEGQNDTMAKLREML-HQSQLGQLHSSEGTSPAQQQVALLDLQ ..:.: . .: . : .:... :.::. : :.: . .:: .. . . :: KIAA08 AKKEEELQAALARLDDEIAQKNNALKKIRELEGHISDLQEDLDSERAARNKAEKQKRDLG 1100 1110 1120 1130 1140 1150 470 480 490 500 510 520 KIAA04 SALFCSQLEIQKL------QRVVRQKERQLADAKQCVQFVEAAAHESEQQKEASWKHNQ- : . :.. :. .: :..: . . . . :. .::.. : : :: : KIAA08 EELEALKTELEDTLDSTATQQELRAKREQEVTVLKKALDEETRSHEAQVQ-EMRQKHAQA 1160 1170 1180 1190 1200 1210 530 540 550 560 570 KIAA04 --ELRKALQQLQE---ELQNKSQQLRAWEAEKYNEIRTQEQNIQHLNHSLSHKEQLLQEF :: . :.:... .:....: :. .:. .:.:. : :...:. .. : .::. KIAA08 VEELTEQLEQFKRAKANLDKNKQTLEKENADLAGELRVLGQAKQEVEHKKKKLEAQVQEL 1220 1230 1240 1250 1260 1270 580 590 600 610 620 KIAA04 RELLQYRDNSDKTLEANEMLLEKLRQRIHD----------KAVALERAIDEKFSALEEKE . . :. : :. . .::...... ::. : . . : :.. . KIAA08 QS--KCSDGERARAELNDKV-HKLQNEVESVTGMLNEAEGKAIKLAKDVASLSSQLQDTQ 1280 1290 1300 1310 1320 1330 630 640 650 660 670 680 KIAA04 K----ELRQLRLAVRERDHDLERLRDVLSSN-EATMQSMESLLRAKGLEVEQLSTTCQNL . : :: .: : . ..::. :. :... . :.. ..: : . ::: . ..: KIAA08 ELLQEETRQ-KLNVSTKLRQLEEERNSLQDQLDEEMEAKQNLERHISTLNIQLSDSKKKL 1340 1350 1360 1370 1380 1390 690 700 710 720 730 KIAA04 QWLK---EEMETKFSRWQKEQESIIQQLQTSLHDRNKEVEDLSATLLCKLGPGQSEI--A : . : .: .:.::: :.. :: . . .: .: . : .: .. 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KIAA04 SPPRRSSPGRGRSPRRGPSPACSDSSTLALIHSALHKRQLQVQDMRGRYEASQDLLGTLR 400 410 420 430 440 450 500 510 520 530 540 550 KIAA04 QCVQFVEAAAHESEQQKEASWKHNQELRKALQ---QLQEELQNKSQQLRAWEAEKYNEIR . .. .::....: .. :.:: . : .:. : . :.::. ::. KIAA04 KQLS-------DSESERRALEEQLQRLRDKTDGAMQAHEDAQREVQRLRS-----ANELL 460 470 480 490 500 560 570 580 590 600 610 KIAA04 TQEQNIQHLNHSLSHKEQLLQEFRELLQYRDNSDKTLEANEMLLEKLRQRIHDKAVALER ..:.. .: :::. .: .:.: : :.. :.: . :.. :.:.... : KIAA04 SREKS--NLAHSLQVAQQQAEELR---QEREK----LQAAQEELRRQRDRLEEEQ---ED 510 520 530 540 550 620 630 640 650 660 KIAA04 AIDEKFSALEEKEKELRQLRLAVRERD---HDLERLRDVLSSNEATMQSMESLLRAKGLE :... . .: :. :::. .:. ..: ..:..:: .::.: ...:.:. : KIAA04 AVQDGARVRRELERSHRQLEQLEGKRSVLAKELVEVREALS--RATLQ--RDMLQAEKAE 560 570 580 590 600 670 680 690 700 710 720 KIAA04 VEQLSTTCQNLQWLKEEMETKFSRWQKEQESIIQQLQTSLHDRNKEVEDLSATLLCKLGP : . : . . :.: .... . :. : :: :: . :.:. : :. KIAA04 VAEALTKAEAG---RVELELSMTKLRAEEAS----LQDSLSKLSALNESLAQDKL-DLNR 610 620 630 640 650 730 740 750 760 770 780 KIAA04 GQSEIAEELCQRLQRKERMLQDLLSDRNKQV------LEHEMEIQGLLQSVSTREQESQA ... :: :... :. :..: ::.:. ::: :. . :: .: KIAA04 LVAQLEEEKSALQGRQRQAEQEATVAREEQERLEELRLEQEVARQGLEGSLRVAEQ-AQE 660 670 680 690 700 710 790 800 810 820 830 KIAA04 AAEKLVQALMERNSELQA----LRQYLGGRDSLMSQAPISNQ-QAEVTPTGR-----LGK : :. . .: .. :.:: : . :.::.. . :: : :.:. . :.: KIAA04 ALEQQLPTLRHERSQLQEQLAQLSRQLSGREQELEQARREAQRQVEALERAAREKEALAK 720 730 740 750 760 770 840 850 860 870 880 KIAA04 QTDQGSMQ-IPSRDDSTSLTAKED-VSIPRSTL-GDLDTVAGLEKELSNAKEELE----- . ..: . .. .. .:. . . . . .: :.: : .: .:.:: KIAA04 EHAGLAVQLVAAEREGRTLSEEATRLRLEKEALEGSLFEVQRQLAQLEARREQLEAEGQA 780 790 800 810 820 830 890 900 910 920 930 940 KIAA04 LMAKKERESQMELSAL-QSMMAVQEEELQVQAADMESLTRN-IQIKEDLIKDLQMQ-LVD :. :: . ::..: :...:.::. . : : .... .: ... .:. : . 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