# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03913.fasta.huge -Q ../query/KIAA0442.ptfa ./tmplib.23147 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA0442, 1266 aa
vs ./tmplib.23147 library
1986239 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.2621+/-0.00846; mu= -38.8646+/- 0.561
mean_var=726.7631+/-172.909, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40
Lambda= 0.047575
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
KIAA1545 ( 968 res) fj14026s1 ( 968) 781 69.7 2.7e-12
KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 380 42.3 0.00075
>>KIAA1545 ( 968 res) fj14026s1 (968 aa)
initn: 1435 init1: 327 opt: 781 Z-score: 312.6 bits: 69.7 E(): 2.7e-12
Smith-Waterman score: 2034; 38.575% identity (56.593% similar) in 1221 aa overlap (115-1266:1-968)
90 100 110 120 130 140
KIAA04 SDKEDNGKPPSSAPSRPRPPRRKRRESTSAEEDIIDGFAMTSFVTFEALEKDVALKPQER
::..:::::..:: :.::::::.::::.::
KIAA15 EEEVIDGFAIASFSTLEALEKDMALKPHER
10 20 30
150 160 170 180 190 200
KIAA04 VEKRQTPLTKKKREALTNGLSFHSKKSRLSHPHHYSSDRENDRNLCQHLGKRKKMPKALR
:: . : :: ::. : . :.. : : . .: .. . :. : :: . .
KIAA15 KEKWERRLIKKPRESETCPPAEPSENRR---PLEAGSPGQDLEPACD--GARKVPLQPSK
40 50 60 70 80
210 220 230 240 250 260
KIAA04 QLKS--GQNSCRDSDSESASGESKGFHRSSSRERLSDSSAPSSLGTGYFCDSDSDQEEKA
:.: .... ::::..:. .. .:::. :::::: . : :: :::.: ..::
KIAA15 QMKVTVSKGGDRDSDDDSV------LEATSSRDPLSDSSAHAVSGRGYSCDSESGPDDKA
90 100 110 120 130
270 280 290 300 310 320
KIAA04 SDASSEKLFNTVIVNKDPELGVGTLPEHDSQDAGPIVPKISGLERSQEKSQDCCKEPIFE
: ..::::: ..: : : :.. ::: :::.::::::.: : . :
KIAA15 S-VGSEKLFAPG-TDKGPAL------EKSEAKAGP-VPKVSGLERSRELSAES-----FL
140 150 160 170 180
330 340 350 360 370 380
KIAA04 PVVLKDPCPQVAQPIPQPQTEPQLRAPSPDPDLVQRTEAPPQPPPLSTQPPQGPPEAQLQ
:.. .: :..: : : : : :: .: ::.. :: : . ::: ::.
KIAA15 PTA--SPAPHAA-PCPGPP--PGSRA---NP-LVKKE--PPAPHRHTPQPP--PPQ----
190 200 210 220
390 400 410 420 430 440
KIAA04 PAPQPQVQRPPRPQSPTQLLHQNLPPVQAHPSAQSLSQPLSAYNSSSLSLNSLSSSRSST
:: ::.. .: .: .: : :. :..:: : ::.
KIAA15 ----------PRGLLPTHV-PASLGAFAGHSQA--------AANG----LHGLSRS-SSA
230 240 250 260
450 460 470 480 490 500
KIAA04 PAKTQPAPPHISHHPSASPFPLSLPNHSPLHSFTPTLQPPAHSHHPNMFAPPTALPPPPP
: :.: : . : : .: :.: :. : ::: : .:::::
KIAA15 PLGLGK---HVSLSPHG-PGPHLSTSHLALRS------QAQHQLHAAMFAAPPTLPPPPA
270 280 290 300 310
510 520 530 540 550 560
KIAA04 LTSGSLQVAGHPAGSTYSEQDILRQELNTRFLASQSADR-GASLGPPPYLRTEFHQHQHQ
: ..:: . :::: ....::::::::::. :::.: :::::: ::.:::::::
KIAA15 LPASSLVLPGHPA-----DHELLRQELNTRFLV-QSAERPGASLGPGALLRAEFHQHQHT
320 330 340 350 360
570 580 590 600 610
KIAA04 HQHTHQHTHQH--TFTPFPHAIPPTAIMPTPAPPMFDKYPTKVD-PFYRHS---LFHSYP
::::::::::: ::.::: ..::: : ::: :::: :.: :..::: .: :.:
KIAA15 HQHTHQHTHQHQHTFAPFPAGLPPT---PPAAPPPFDKYAPKLDSPYFRHSSVSFFPSFP
370 380 390 400 410 420
620 630 640 650
KIAA04 PAVSGIPPMIPPTGPFGSLQGAFQPKLTDPFRPMLR------------------------
::. :.: ..: :::::::::::::..::.: ...
KIAA15 PAIPGLPTLLPHPGPFGSLQGAFQPKVSDPYRAVVKVSTCWEGPWQGRTLVPPGRPRGAR
430 440 450 460 470 480
660 670 680
KIAA04 ------------------------KPGKWCAMHVHIAWQIYHHQQKVKKQMQSDPHKLDF
:::.:::.::.::::::.::::.: .:: :::::.
KIAA15 DSRSLQKTWVGVAPAPLSASILSQKPGRWCAVHVQIAWQIYRHQQKIK-EMQLDPHKLEV
490 500 510 520 530 540
690 700 710 720 730 740
KIAA04 GLKPEFLSRPPGPSLFGAIHHPHDLARPSTLFSAAGAAHPTGTPFGPPPHHSNFLNPAAH
: : ....:::.:..:...:.:.::::: :: ..:::::...:::: : ..:: .
KIAA15 GAKLDLFGRPPAPGVFAGFHYPQDLARP--LFPSTGAAHPASNPFGPSAHPGSFLPTGPL
550 560 570 580 590 600
750 760 770 780 790 800
KIAA04 LEPFNRPSTFTGLAAVGGNAFGGLGNPSVTPN-SMFGHKDGPSVQNFSNPHEPWNRLHRT
.::.::::: ::......::::::. ...:. :.:. :.: ::... .::: ::::::.
KIAA15 TDPFSRPSTFGGLGSLSSHAFGGLGSHALAPGGSIFAPKEGSSVHGLPSPHEAWNRLHRA
610 620 630 640 650 660
810 820 830 840 850 860
KIAA04 PPSFPTPPPWLKPGELERSASAAAHDRDRDVDKRDSSVSKDDKERESVEK-RHSSHPSPA
:::::.:::: : . :: .. . :::. : .:...::. .:: : :. :::
KIAA15 PPSFPAPPPWPKSVDAERVSALTNHDREPDN-------GKEEQERDLLEKTRLLSRASPA
670 680 690 700 710
870 880 890 900 910 920
KIAA04 PVLPVNALGHTRSSTEQIRAHLNTEAREKDKPKERERDHSESRKDLAADEHKAKEGHLPE
:. :: :. .::. .: .. : ::: : ..::.. :
KIAA15 T--PA---GHPVSGL-LLRAQ--SELGRSGAPAEREA------------EPRVKESRSPA
720 730 740 750
930 940 950 960 970 980
KIAA04 KDGHGHEGRAAGEEAKQLARVPSPYVRTPVVESARPNSTSSREAEPRKGEPAYENPKKSS
:. : ::. ::. :: :.: :. :.
KIAA15 KE----------EVAKMPARA-SP-----------PHS---------KAAPG--------
760 770
990 1000 1010 1020 1030 1040
KIAA04 EVKVKEERKEDHDLPPEAPQTHRASEPPPPNSSSSVHPGPLASMPMTVGVTGIHPMNSIS
.::::::: ::. ::::: ....::.::
KIAA15 DVKVKEERGEDE-----------ASEPP----AGGLHPAPLQ------------------
780 790 800
1050 1060 1070 1080 1090 1100
KIAA04 SLDRTRMMTPFMGISPLPGGERFPYPSFHWDPIRDPLRDPYRELDIHRRDPLGRDFLLRN
.:. : ::. :.: :.:.: :. : : . : : ::
KIAA15 -----------LGL----GRERLGAPGFAWEPFRG-LELPRRAFPAAAPAP-GSAALL--
810 820 830 840
1110 1120 1130 1140 1150 1160
KIAA04 DPLHRLSTPRLYEADRSFRDREPHDYSHHHHHHHHPLSVDPRREHERGGHLDERERLHML
.: : .: .:::::: :: :.: :
KIAA15 EP------P-----ERPYRDREPHGYS-------------PER----------------L
850 860
1170 1180 1190 1200 1210 1220
KIAA04 REDYEHTRLHSVHPAS--LDGHLPHPSLITPGLPSMHYPRISPTAGNQNGLLNKTPPTAA
: . :..: . ::. ::: : :.: ..:.::.:: :. .:::: .:::.::
KIAA15 RGELERARAPHLPPAAPALDGAL------LPSLGALHFPRLSP-AALHNGLLARTPPAAA
870 880 890 900 910
1230 1240 1250 1260
KIAA04 -LSAPPPLISTLGGR--PVSPR-RTTPLSA----EIRERPPSHTLKDIEAR
:.:::::... : : :: :::::.. : :. ::.. ..:::
KIAA15 ALGAPPPLVTAAGPPTPPGPPRSRTTPLGGLGPGEARDYSPSRNPPEVEAR
920 930 940 950 960
>>KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552 aa)
initn: 164 init1: 102 opt: 380 Z-score: 161.1 bits: 42.3 E(): 0.00075
Smith-Waterman score: 533; 23.894% identity (46.179% similar) in 1243 aa overlap (36-1208:433-1492)
10 20 30 40 50 60
KIAA04 SVSIFFCVAAAVACGGQAGRPRRSRTMDGPTRGHGLRKKRRSRSQRDRERRSRGGLGAGA
.:.: :..::. : : . .. ...
KIAA04 RIRKELLPNKETGELITFYYYWKKTPEAASSRAH--RRHRRQAVFR-RIKTRTASTPVNT
410 420 430 440 450
70 80 90 100 110 120
KIAA04 AGGGGAGRTRALSLASSSGSDKEDNGKPPSSAPSRPRPPRRKRRESTSAEEDIIDGFAMT
. ... :: :: . :.::. . .. : .. ...:.:. .
KIAA04 PSRPPSSEFLDLSSASEDDFDSEDSEQELKGYACRHCFTTTSKDWHHGGRENIL--LCTD
460 470 480 490 500 510
130 140 150 160 170 180
KIAA04 SFVTFEALEKDVALKPQERVEKRQTPLTKKKREALTNGLSF-HSKKSRLSHPHHYSSDRE
. :. : : : :. :. : . .::: :: ..: :. .
KIAA04 CRIHFK---KYGELPPIEK-PVDPPPFMFKPVKEEDDGLSGKHSMRTRRSRGSMSTLRSG
520 530 540 550 560 570
190 200 210 220 230 240
KIAA04 NDRNLCQHLGKRKKMPKALRQLKSGQNSCRDSDSESASGESKGFH-RSSSRERLSDSSAP
.. . :. . . . .:. ::.:: : . ..:..::. ..:... ..:.:
KIAA04 RKKQPASPDGRTSPINEDIRS--SGRNS--PSAASTSSNDSKAETVKKSAKKVKEEASSP
580 590 600 610 620
250 260 270 280
KIAA04 SSLGTGYFCDSDSDQEEKASDASSEKLFNTVIVNK--DPELGVG-------------TLP
. . :: :: .: .: : .: ... .: : : . :
KIAA04 LKSNKRQREKVASDTEE--ADRTSSKKTKTQEISRPNSPSEGEGESSDSRSVNDEGSSDP
630 640 650 660 670 680
290 300 310 320 330 340
KIAA04 EHDSQDAGPIVPKISGLERSQEKSQDCCKEPIFE--PVVLKDPCPQVAQPIPQPQTEPQL
. .:: :.: . . .. :.. .. ... : .:. : . : : :::
KIAA04 KDIDQDNRSTSPSIPSPQDNESDSDSSAQQQMLQAQPPALQAPTGVTPAPSSAPPGTPQL
690 700 710 720 730 740
350 360 370 380 390 400
KIAA04 RAPSPDPDLVQRTEAPPQPPPLSTQPPQGPPEAQLQPAPQPQVQRPP--RPQSPTQLLHQ
.:.: :. : .::: : ..: :. :.: :.:. ..:. : .:: : .
KIAA04 PTPGPTPSA---TAVPPQGSPTASQAPN-QPQAPTAPVPHTHIQQAPALHPQRPPS---P
750 760 770 780 790 800
410 420 430 440 450 460
KIAA04 NLPPVQAHPSAQSLSQPLSAYNSSSLSLNSLSSSRSSTPAKTQPAPPHISHHPSASPFPL
. :: ::: . :::.. :... :.:...:: : : .. : : :
KIAA04 HPPP---HPSPHPPLQPLTG-----------SAGQPSAPSHAQP-PLH-GQGP---PGPH
810 820 830 840
470 480 490 500 510 520
KIAA04 SLPNHSPLHSFTPTLQPPAHSHHPNMFAPPTALPPPPPLTSGSLQVAGHPAGSTYSEQDI
:: : :: ::. :: . :: ..:. .. :: ..: . ..
KIAA04 SLQAG-------PLLQ------HPG---PPQPFGLPPQASQGQAPLGTSPA-AAYPHTSL
850 860 870 880
530 540 550 560 570 580
KIAA04 LRQELNTRFLASQSADRGASLGPPPYLRTEFHQHQHQHQHTHQHTHQHTFTPFPHAIPPT
.. ::::: . : :: ... . : : :.:
KIAA04 -------QLPASQSALQ--SQQPP---------------------REQPLPPAPLAMPH-
890 900 910
590 600 610 620 630 640
KIAA04 AIMPTPAPPMFDKYPTKVDPFYRHSLFHSYPPAVSGIPPMIPPTGPFGSLQGAFQPKLTD
: : :. :. : : :..:: .:: :. :: :... . :
KIAA04 -IKPPPTTPI----PQLPAP-----QAHKHPPHLSG------PS-PF-SMNANLPP----
920 930 940 950
650 660 670 680 690 700
KIAA04 PFRPMLRKPGKWCAMHVHIAWQIYHHQQKVKKQMQSDPHKLDFGLKPEFLSRPPGPSLFG
: : :. .. . : : : .. . ::.: : ..::: .
KIAA04 P--PALKPLSSLSTHHPPSA-----HPPPLQLMPQSQPL-------PSSPAQPPGLTQSQ
960 970 980 990
710 720 730 740 750
KIAA04 AIHHPHDLARPSTLFSAAG----AAHPTGTPFGPPPHHSNFLNPAAHLEPFNRPST----
. : :. : ..: : :: .: :::: . :.. : . :.:
KIAA04 NLPPPPASHPPTGLHQVAPQPPFAQHPF-VPGGPPPI-TPPTCPSTSTPPAG-PGTSAQP
1000 1010 1020 1030 1040 1050
760 770 780 790 800 810
KIAA04 -FTGLAAVGGNAFGGLGNPSVTPNSMFGHKDGPSVQNFSNPHEPWNRLHRTPPSFPTPPP
.: :: ::. :: . : :. .. .. .... .:. : :: :.: :
KIAA04 PCSGAAASGGSIAGGSSCP--LPTVQIKEE---ALDDAEEPESP-----PPPPRSPSPEP
1060 1070 1080 1090 1100
820 830 840 850 860 870
KIAA04 WL--KPGELERSASAAAHDRDRDVDKRDSSVSKDDKERESVEKRHSSHPSPAPVLPVNAL
. :.. .:: : .:. .: .. : . . .. .:.
KIAA04 TVVDTPSHASQSARFYKH-----LDRGYNSCARTDLYFMPLAGSKLAKKRE------EAI
1110 1120 1130 1140 1150
880 890 900 910 920
KIAA04 GHTRSSTEQIRAHLNTEAREKDKPKERERDHSESRKDLAADE--HKAKEGHL--PEKDGH
... .:: .:. . : :::.: :::::.. . :. : . .:.::.: :. .:
KIAA04 EKAKREAEQ-KAREERE-REKEKEKEREREREREREAERAAKASSSAHEGRLSDPQLSGP
1160 1170 1180 1190 1200 1210
930 940 950 960 970
KIAA04 GHEGRAAGEEAKQLARVPSPYV--RTPVV----ESARPN--STSSREA------EPRKGE
:: . .: :: ::. ::.. : :::. : ..:. .:
KIAA04 GHMRPSFEPPPTTIAAVP-PYIGPDTPALRTLSEYARPHVMSPTNRNHPFYMPLNPTDPL
1220 1230 1240 1250 1260 1270
980 990 1000 1010 1020 1030
KIAA04 PAYENPK-KSSEVKVKEERKEDHDLPPEAPQTHRASEPPPPNSSSSVHPGPLASMPMTVG
::. : . . ..:.. ..... : : . ..:: .. :
KIAA04 LAYHMPGLYNVDPTIRERELREREI--------REREIRERELRERMKPGFEVKPPE---
1280 1290 1300 1310
1040 1050 1060 1070 1080
KIAA04 VTGIHPM-NSISSLDRTRMMTPFMGISPLPGGERFPYPSFH--WDPI---RDPLRDPYRE
. .:: : . . : .: : : : . :. ::: .:. : : : .
KIAA04 LDPLHPAANPMEHFARHSALT----IPPTAGPH--PFASFHPGLNPLERERLALAGPQLR
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1090 1100 1110 1120 1130 1140
KIAA04 LDIHRRDPLGRDFL-------LRNDPLHRLSTPRLYEADRSFRDREPHDYSHHH-HHHHH
.. : :. . . : .::: :: ..... :: ..: : : : :
KIAA04 PEMSYPDRLAAERIHAERMASLTSDPLARL---QMFNVT-------PHHHQHSHIHSHLH
1380 1390 1400 1410 1420
1150 1160 1170 1180 1190
KIAA04 PLSVDPRREHERGGHLDERERL----HMLREDYEHTRLHSVHPASLDGHLPHPS-LITPG
. :: .. : . : :. : : : : : :. :: ..
KIAA04 LHQQDPLHQGSAGPVHPLVDPLTAGPHLARFPYPPGTL----PNPLLGQPPHEHEMLRHP
1430 1440 1450 1460 1470
1200 1210 1220 1230 1240 1250
KIAA04 LPSMHYPRISPTAGNQNGLLNKTPPTAALSAPPPLISTLGGRPVSPRRTTPLSAEIRERP
. . ::: : :
KIAA04 VFGTPYPRDLPGAIPPPMSAAHQLQAMHAQSAELQRLAMEQQWLHGHPHMHGGHLPSQED
1480 1490 1500 1510 1520 1530
1266 residues in 1 query sequences
1986239 residues in 2037 library sequences
Scomplib [34.26]
start: Thu Dec 18 15:21:46 2008 done: Thu Dec 18 15:21:47 2008
Total Scan time: 0.780 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]