# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03913.fasta.huge -Q ../query/KIAA0442.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0442, 1266 aa vs ./tmplib.23147 library 1986239 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.2621+/-0.00846; mu= -38.8646+/- 0.561 mean_var=726.7631+/-172.909, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.047575 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1545 ( 968 res) fj14026s1 ( 968) 781 69.7 2.7e-12 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 380 42.3 0.00075 >>KIAA1545 ( 968 res) fj14026s1 (968 aa) initn: 1435 init1: 327 opt: 781 Z-score: 312.6 bits: 69.7 E(): 2.7e-12 Smith-Waterman score: 2034; 38.575% identity (56.593% similar) in 1221 aa overlap (115-1266:1-968) 90 100 110 120 130 140 KIAA04 SDKEDNGKPPSSAPSRPRPPRRKRRESTSAEEDIIDGFAMTSFVTFEALEKDVALKPQER ::..:::::..:: :.::::::.::::.:: KIAA15 EEEVIDGFAIASFSTLEALEKDMALKPHER 10 20 30 150 160 170 180 190 200 KIAA04 VEKRQTPLTKKKREALTNGLSFHSKKSRLSHPHHYSSDRENDRNLCQHLGKRKKMPKALR :: . : :: ::. : . :.. : : . .: .. . :. : :: . . KIAA15 KEKWERRLIKKPRESETCPPAEPSENRR---PLEAGSPGQDLEPACD--GARKVPLQPSK 40 50 60 70 80 210 220 230 240 250 260 KIAA04 QLKS--GQNSCRDSDSESASGESKGFHRSSSRERLSDSSAPSSLGTGYFCDSDSDQEEKA :.: .... ::::..:. .. .:::. :::::: . : :: :::.: ..:: KIAA15 QMKVTVSKGGDRDSDDDSV------LEATSSRDPLSDSSAHAVSGRGYSCDSESGPDDKA 90 100 110 120 130 270 280 290 300 310 320 KIAA04 SDASSEKLFNTVIVNKDPELGVGTLPEHDSQDAGPIVPKISGLERSQEKSQDCCKEPIFE : ..::::: ..: : : :.. ::: :::.::::::.: : . : KIAA15 S-VGSEKLFAPG-TDKGPAL------EKSEAKAGP-VPKVSGLERSRELSAES-----FL 140 150 160 170 180 330 340 350 360 370 380 KIAA04 PVVLKDPCPQVAQPIPQPQTEPQLRAPSPDPDLVQRTEAPPQPPPLSTQPPQGPPEAQLQ :.. .: :..: : : : : :: .: ::.. :: : . ::: ::. KIAA15 PTA--SPAPHAA-PCPGPP--PGSRA---NP-LVKKE--PPAPHRHTPQPP--PPQ---- 190 200 210 220 390 400 410 420 430 440 KIAA04 PAPQPQVQRPPRPQSPTQLLHQNLPPVQAHPSAQSLSQPLSAYNSSSLSLNSLSSSRSST :: ::.. .: .: .: : :. :..:: : ::. KIAA15 ----------PRGLLPTHV-PASLGAFAGHSQA--------AANG----LHGLSRS-SSA 230 240 250 260 450 460 470 480 490 500 KIAA04 PAKTQPAPPHISHHPSASPFPLSLPNHSPLHSFTPTLQPPAHSHHPNMFAPPTALPPPPP : :.: : . : : .: :.: :. : ::: : .::::: KIAA15 PLGLGK---HVSLSPHG-PGPHLSTSHLALRS------QAQHQLHAAMFAAPPTLPPPPA 270 280 290 300 310 510 520 530 540 550 560 KIAA04 LTSGSLQVAGHPAGSTYSEQDILRQELNTRFLASQSADR-GASLGPPPYLRTEFHQHQHQ : ..:: . :::: ....::::::::::. :::.: :::::: ::.::::::: KIAA15 LPASSLVLPGHPA-----DHELLRQELNTRFLV-QSAERPGASLGPGALLRAEFHQHQHT 320 330 340 350 360 570 580 590 600 610 KIAA04 HQHTHQHTHQH--TFTPFPHAIPPTAIMPTPAPPMFDKYPTKVD-PFYRHS---LFHSYP ::::::::::: ::.::: ..::: : ::: :::: :.: :..::: .: :.: KIAA15 HQHTHQHTHQHQHTFAPFPAGLPPT---PPAAPPPFDKYAPKLDSPYFRHSSVSFFPSFP 370 380 390 400 410 420 620 630 640 650 KIAA04 PAVSGIPPMIPPTGPFGSLQGAFQPKLTDPFRPMLR------------------------ ::. :.: ..: :::::::::::::..::.: ... KIAA15 PAIPGLPTLLPHPGPFGSLQGAFQPKVSDPYRAVVKVSTCWEGPWQGRTLVPPGRPRGAR 430 440 450 460 470 480 660 670 680 KIAA04 ------------------------KPGKWCAMHVHIAWQIYHHQQKVKKQMQSDPHKLDF :::.:::.::.::::::.::::.: .:: :::::. KIAA15 DSRSLQKTWVGVAPAPLSASILSQKPGRWCAVHVQIAWQIYRHQQKIK-EMQLDPHKLEV 490 500 510 520 530 540 690 700 710 720 730 740 KIAA04 GLKPEFLSRPPGPSLFGAIHHPHDLARPSTLFSAAGAAHPTGTPFGPPPHHSNFLNPAAH : : ....:::.:..:...:.:.::::: :: ..:::::...:::: : ..:: . KIAA15 GAKLDLFGRPPAPGVFAGFHYPQDLARP--LFPSTGAAHPASNPFGPSAHPGSFLPTGPL 550 560 570 580 590 600 750 760 770 780 790 800 KIAA04 LEPFNRPSTFTGLAAVGGNAFGGLGNPSVTPN-SMFGHKDGPSVQNFSNPHEPWNRLHRT .::.::::: ::......::::::. ...:. :.:. :.: ::... .::: ::::::. KIAA15 TDPFSRPSTFGGLGSLSSHAFGGLGSHALAPGGSIFAPKEGSSVHGLPSPHEAWNRLHRA 610 620 630 640 650 660 810 820 830 840 850 860 KIAA04 PPSFPTPPPWLKPGELERSASAAAHDRDRDVDKRDSSVSKDDKERESVEK-RHSSHPSPA :::::.:::: : . :: .. . :::. : .:...::. .:: : :. ::: KIAA15 PPSFPAPPPWPKSVDAERVSALTNHDREPDN-------GKEEQERDLLEKTRLLSRASPA 670 680 690 700 710 870 880 890 900 910 920 KIAA04 PVLPVNALGHTRSSTEQIRAHLNTEAREKDKPKERERDHSESRKDLAADEHKAKEGHLPE :. :: :. .::. .: .. : ::: : ..::.. : KIAA15 T--PA---GHPVSGL-LLRAQ--SELGRSGAPAEREA------------EPRVKESRSPA 720 730 740 750 930 940 950 960 970 980 KIAA04 KDGHGHEGRAAGEEAKQLARVPSPYVRTPVVESARPNSTSSREAEPRKGEPAYENPKKSS :. : ::. ::. :: :.: :. :. KIAA15 KE----------EVAKMPARA-SP-----------PHS---------KAAPG-------- 760 770 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA04 EVKVKEERKEDHDLPPEAPQTHRASEPPPPNSSSSVHPGPLASMPMTVGVTGIHPMNSIS .::::::: ::. ::::: ....::.:: KIAA15 DVKVKEERGEDE-----------ASEPP----AGGLHPAPLQ------------------ 780 790 800 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA04 SLDRTRMMTPFMGISPLPGGERFPYPSFHWDPIRDPLRDPYRELDIHRRDPLGRDFLLRN .:. : ::. :.: :.:.: :. : : . : : :: KIAA15 -----------LGL----GRERLGAPGFAWEPFRG-LELPRRAFPAAAPAP-GSAALL-- 810 820 830 840 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA04 DPLHRLSTPRLYEADRSFRDREPHDYSHHHHHHHHPLSVDPRREHERGGHLDERERLHML .: : .: .:::::: :: :.: : KIAA15 EP------P-----ERPYRDREPHGYS-------------PER----------------L 850 860 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA04 REDYEHTRLHSVHPAS--LDGHLPHPSLITPGLPSMHYPRISPTAGNQNGLLNKTPPTAA : . :..: . ::. ::: : :.: ..:.::.:: :. .:::: .:::.:: KIAA15 RGELERARAPHLPPAAPALDGAL------LPSLGALHFPRLSP-AALHNGLLARTPPAAA 870 880 890 900 910 1230 1240 1250 1260 KIAA04 -LSAPPPLISTLGGR--PVSPR-RTTPLSA----EIRERPPSHTLKDIEAR :.:::::... : : :: :::::.. : :. ::.. ..::: KIAA15 ALGAPPPLVTAAGPPTPPGPPRSRTTPLGGLGPGEARDYSPSRNPPEVEAR 920 930 940 950 960 >>KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552 aa) initn: 164 init1: 102 opt: 380 Z-score: 161.1 bits: 42.3 E(): 0.00075 Smith-Waterman score: 533; 23.894% identity (46.179% similar) in 1243 aa overlap (36-1208:433-1492) 10 20 30 40 50 60 KIAA04 SVSIFFCVAAAVACGGQAGRPRRSRTMDGPTRGHGLRKKRRSRSQRDRERRSRGGLGAGA .:.: :..::. : : . .. ... KIAA04 RIRKELLPNKETGELITFYYYWKKTPEAASSRAH--RRHRRQAVFR-RIKTRTASTPVNT 410 420 430 440 450 70 80 90 100 110 120 KIAA04 AGGGGAGRTRALSLASSSGSDKEDNGKPPSSAPSRPRPPRRKRRESTSAEEDIIDGFAMT . ... :: :: . :.::. . .. : .. ...:.:. . KIAA04 PSRPPSSEFLDLSSASEDDFDSEDSEQELKGYACRHCFTTTSKDWHHGGRENIL--LCTD 460 470 480 490 500 510 130 140 150 160 170 180 KIAA04 SFVTFEALEKDVALKPQERVEKRQTPLTKKKREALTNGLSF-HSKKSRLSHPHHYSSDRE . :. : : : :. :. : . .::: :: ..: :. . KIAA04 CRIHFK---KYGELPPIEK-PVDPPPFMFKPVKEEDDGLSGKHSMRTRRSRGSMSTLRSG 520 530 540 550 560 570 190 200 210 220 230 240 KIAA04 NDRNLCQHLGKRKKMPKALRQLKSGQNSCRDSDSESASGESKGFH-RSSSRERLSDSSAP .. . :. . . . .:. ::.:: : . ..:..::. ..:... ..:.: KIAA04 RKKQPASPDGRTSPINEDIRS--SGRNS--PSAASTSSNDSKAETVKKSAKKVKEEASSP 580 590 600 610 620 250 260 270 280 KIAA04 SSLGTGYFCDSDSDQEEKASDASSEKLFNTVIVNK--DPELGVG-------------TLP . . :: :: .: .: : .: ... .: : : . : KIAA04 LKSNKRQREKVASDTEE--ADRTSSKKTKTQEISRPNSPSEGEGESSDSRSVNDEGSSDP 630 640 650 660 670 680 290 300 310 320 330 340 KIAA04 EHDSQDAGPIVPKISGLERSQEKSQDCCKEPIFE--PVVLKDPCPQVAQPIPQPQTEPQL . .:: :.: . . .. :.. .. ... : .:. : . : : ::: KIAA04 KDIDQDNRSTSPSIPSPQDNESDSDSSAQQQMLQAQPPALQAPTGVTPAPSSAPPGTPQL 690 700 710 720 730 740 350 360 370 380 390 400 KIAA04 RAPSPDPDLVQRTEAPPQPPPLSTQPPQGPPEAQLQPAPQPQVQRPP--RPQSPTQLLHQ .:.: :. : .::: : ..: :. :.: :.:. ..:. : .:: : . KIAA04 PTPGPTPSA---TAVPPQGSPTASQAPN-QPQAPTAPVPHTHIQQAPALHPQRPPS---P 750 760 770 780 790 800 410 420 430 440 450 460 KIAA04 NLPPVQAHPSAQSLSQPLSAYNSSSLSLNSLSSSRSSTPAKTQPAPPHISHHPSASPFPL . :: ::: . :::.. :... :.:...:: : : .. : : : KIAA04 HPPP---HPSPHPPLQPLTG-----------SAGQPSAPSHAQP-PLH-GQGP---PGPH 810 820 830 840 470 480 490 500 510 520 KIAA04 SLPNHSPLHSFTPTLQPPAHSHHPNMFAPPTALPPPPPLTSGSLQVAGHPAGSTYSEQDI :: : :: ::. :: . :: ..:. .. :: ..: . .. KIAA04 SLQAG-------PLLQ------HPG---PPQPFGLPPQASQGQAPLGTSPA-AAYPHTSL 850 860 870 880 530 540 550 560 570 580 KIAA04 LRQELNTRFLASQSADRGASLGPPPYLRTEFHQHQHQHQHTHQHTHQHTFTPFPHAIPPT .. ::::: . : :: ... . : : :.: KIAA04 -------QLPASQSALQ--SQQPP---------------------REQPLPPAPLAMPH- 890 900 910 590 600 610 620 630 640 KIAA04 AIMPTPAPPMFDKYPTKVDPFYRHSLFHSYPPAVSGIPPMIPPTGPFGSLQGAFQPKLTD : : :. :. : : :..:: .:: :. :: :... . : KIAA04 -IKPPPTTPI----PQLPAP-----QAHKHPPHLSG------PS-PF-SMNANLPP---- 920 930 940 950 650 660 670 680 690 700 KIAA04 PFRPMLRKPGKWCAMHVHIAWQIYHHQQKVKKQMQSDPHKLDFGLKPEFLSRPPGPSLFG : : :. .. . : : : .. . ::.: : ..::: . KIAA04 P--PALKPLSSLSTHHPPSA-----HPPPLQLMPQSQPL-------PSSPAQPPGLTQSQ 960 970 980 990 710 720 730 740 750 KIAA04 AIHHPHDLARPSTLFSAAG----AAHPTGTPFGPPPHHSNFLNPAAHLEPFNRPST---- . : :. : ..: : :: .: :::: . :.. : . :.: KIAA04 NLPPPPASHPPTGLHQVAPQPPFAQHPF-VPGGPPPI-TPPTCPSTSTPPAG-PGTSAQP 1000 1010 1020 1030 1040 1050 760 770 780 790 800 810 KIAA04 -FTGLAAVGGNAFGGLGNPSVTPNSMFGHKDGPSVQNFSNPHEPWNRLHRTPPSFPTPPP .: :: ::. :: . : :. .. .. .... .:. : :: :.: : KIAA04 PCSGAAASGGSIAGGSSCP--LPTVQIKEE---ALDDAEEPESP-----PPPPRSPSPEP 1060 1070 1080 1090 1100 820 830 840 850 860 870 KIAA04 WL--KPGELERSASAAAHDRDRDVDKRDSSVSKDDKERESVEKRHSSHPSPAPVLPVNAL . :.. .:: : .:. .: .. : . . .. .:. KIAA04 TVVDTPSHASQSARFYKH-----LDRGYNSCARTDLYFMPLAGSKLAKKRE------EAI 1110 1120 1130 1140 1150 880 890 900 910 920 KIAA04 GHTRSSTEQIRAHLNTEAREKDKPKERERDHSESRKDLAADE--HKAKEGHL--PEKDGH ... .:: .:. . : :::.: :::::.. . :. : . .:.::.: :. .: KIAA04 EKAKREAEQ-KAREERE-REKEKEKEREREREREREAERAAKASSSAHEGRLSDPQLSGP 1160 1170 1180 1190 1200 1210 930 940 950 960 970 KIAA04 GHEGRAAGEEAKQLARVPSPYV--RTPVV----ESARPN--STSSREA------EPRKGE :: . .: :: ::. ::.. : :::. : ..:. .: KIAA04 GHMRPSFEPPPTTIAAVP-PYIGPDTPALRTLSEYARPHVMSPTNRNHPFYMPLNPTDPL 1220 1230 1240 1250 1260 1270 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA04 PAYENPK-KSSEVKVKEERKEDHDLPPEAPQTHRASEPPPPNSSSSVHPGPLASMPMTVG ::. : . . ..:.. ..... : : . ..:: .. : KIAA04 LAYHMPGLYNVDPTIRERELREREI--------REREIRERELRERMKPGFEVKPPE--- 1280 1290 1300 1310 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA04 VTGIHPM-NSISSLDRTRMMTPFMGISPLPGGERFPYPSFH--WDPI---RDPLRDPYRE . .:: : . . : .: : : : . :. ::: .:. : : : . KIAA04 LDPLHPAANPMEHFARHSALT----IPPTAGPH--PFASFHPGLNPLERERLALAGPQLR 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA04 LDIHRRDPLGRDFL-------LRNDPLHRLSTPRLYEADRSFRDREPHDYSHHH-HHHHH .. : :. . . : .::: :: ..... :: ..: : : : : KIAA04 PEMSYPDRLAAERIHAERMASLTSDPLARL---QMFNVT-------PHHHQHSHIHSHLH 1380 1390 1400 1410 1420 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA04 PLSVDPRREHERGGHLDERERL----HMLREDYEHTRLHSVHPASLDGHLPHPS-LITPG . :: .. : . : :. : : : : : :. :: .. KIAA04 LHQQDPLHQGSAGPVHPLVDPLTAGPHLARFPYPPGTL----PNPLLGQPPHEHEMLRHP 1430 1440 1450 1460 1470 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA04 LPSMHYPRISPTAGNQNGLLNKTPPTAALSAPPPLISTLGGRPVSPRRTTPLSAEIRERP . . ::: : : KIAA04 VFGTPYPRDLPGAIPPPMSAAHQLQAMHAQSAELQRLAMEQQWLHGHPHMHGGHLPSQED 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1266 residues in 1 query sequences 1986239 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:46 2008 done: Thu Dec 18 15:21:47 2008 Total Scan time: 0.780 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]