# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah05029.fasta.huge -Q ../query/KIAA0440.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0440, 1817 aa vs ./tmplib.23147 library 1985688 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3454+/-0.00777; mu= 2.8106+/- 0.527 mean_var=240.3538+/-58.320, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.082727 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1389 ( 1514 res) hh03860 (1514) 3974 488.9 3.8e-138 KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368) 3143 389.7 2.5e-108 KIAA0474 ( 782 res) fj12051 ( 782) 683 95.8 4.1e-20 KIAA1039 ( 444 res) fh02337 ( 444) 604 86.1 1.9e-17 KIAA1272 ( 1023 res) hk07611 (1023) 251 44.4 0.00017 >>KIAA1389 ( 1514 res) hh03860 (1514 aa) initn: 3310 init1: 2161 opt: 3974 Z-score: 2572.1 bits: 488.9 E(): 3.8e-138 Smith-Waterman score: 4923; 54.327% identity (73.721% similar) in 1583 aa overlap (273-1815:53-1511) 250 260 270 280 290 300 KIAA04 YKDDKSDRGPTPTKLSDFLITGGGKGSGFSLDVIDGPISQRENLRLFKEREKPLKRRSKS :: .:. : . ..:.::.::: :: KIAA13 PEFFRCDPAISPSLHAAAQISRGEFVRISGLDYVDS------ALLMGRDRDKPFKRRLKS 30 40 50 60 70 310 320 330 340 350 360 KIAA04 ETGDSSIFRKLRNAKGE-ELGK-SSDLEDNRSEDSVRPWTCPKCFAHYDVQSILFDLNEA :. ..:.:::::..:.: : : .:.::..: : ..:::.: .::::::::::::..::: KIAA13 ESVETSLFRKLRTVKSEHETFKFTSELEESRLERGIRPWNCQRCFAHYDVQSILFNINEA 80 90 100 110 120 130 370 380 390 400 410 420 KIAA04 IMNRHNVIKRRNTTTGASAAAVASLVSGPLSHSASFSSPMGSTEDLNSKGSLSMDQGDDK . .: :: ::.: :::::::. ... : ..... ::.:: :::::: .:. :.:: : KIAA13 MATRANVGKRKNITTGASAASQTQM---PTGQTGNCESPLGSKEDLNSKENLDADEGDGK 140 150 160 170 180 190 430 440 450 460 470 480 KIAA04 SNELVMSCPYFRNEIGGEGERKISLSKSNSGSFSGCESASFESTLSSHCTNAGVAVLEVP ::.::.:::::::: ::::.:.:.::..::.:::. :: ::::.::::::::::.::::: KIAA13 SNDLVLSCPYFRNETGGEGDRRIALSRANSSSFSSGESCSFESSLSSHCTNAGVSVLEVP 200 210 220 230 240 250 490 500 510 520 530 540 KIAA04 KENLVLHLDRVKRYIVEHVDLGAYYYRKFFYQKEHWNYFGADENLGPVAVSIRREKPDEM .:: .: ..:::::.::.:::::::::::: ::: :::: ::::::::::::::: .. 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KIAA13 NSDDKHFGSGDLMDPELLGLTYIKGASTDSGIDTAPCMPA----TILG-----PVHLAGS 1030 1040 1050 1060 1070 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA04 EKVAPLWHSSSEVISMADRTLETESHGLDRKTESSLSLDIHSKSQAGSTPLTRENSTFSI .. : :: .: . :: .. : : : . ..:. ..: :. . :.: .. KIAA13 RS---LIHSRAE--QWAD---AADVSGPD--DEPAKLYSVHGYASAISAGSAAEGSMGDL 1080 1090 1100 1110 1120 1440 1450 1460 1470 1480 KIAA04 NDAASHTSTMSSRHSASPVVFTSARS----SPKEELHPAAPSQLAPSFSSSSSSSSGPRS .. .::.: .:.::.:: . : : : : . . .: .:. : : : KIAA13 SEISSHSS--GSHHSGSPSAHCSKSSGSLDSSKVYIVSHSSGQQVPG------SMSKP-- 1130 1140 1150 1160 1170 1490 1500 1510 1520 1530 1540 KIAA04 FYPRQGATSKYLIGWKKPEGTINSVGFMDTRKRHQSDGNEIAHTRLRASTRDLRASPKPT : ::::..::.::::: ::. :. . . .. : . .: : . : KIAA13 -YHRQGAVNKYVIGWKKSEGSPPPEEPEVTECPGMYSEMDVMSTATQHQTVVGDAVAE-T 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1550 1560 1570 1580 1590 1600 KIAA04 SKSTIEEDLKKLIDLESP-TPESQKSFKFHALSSPQSPFPSTPTSRRALHRTLSDESIYN .. .::. ::. .:: . :....:.:.. :: ::.:.:::::::: . KIAA13 QHVLSKEDFLKLMLPDSPLVEEGRRKFSFYGNLSP----------RRSLYRTLSDESICS 1240 1250 1260 1270 1280 1610 1620 1630 1640 1650 1660 KIAA04 SQR-EHFFTSRASLLDQALPNDVLFSSTYPSLPKSLPLR-RPSYTLGMKSLHGEFSASDS ..: : .::.:.::::::::.:::.: : ..:: : .:. ..: ::..:: ::. KIAA13 NRRGSSFGSSRSSVLDQALPNDILFSTT-PPYHSTLPPRAHPAPSMG--SLRNEFWFSDG 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1670 1680 1690 1700 1710 KIAA04 SLTDIQETRRQPMPDPGLMPLPDTAADLDWSNLVDAAKAYE-----------VQRASFFA ::.: .. :::::::::::. :::..:::::.:.: ...:.. KIAA13 SLSD-----KSKCADPGLMPLPDTATGLDWTHLVDAARAFEGLDSDEELGLLCHHTSYLD 1350 1360 1370 1380 1390 1720 1730 1740 1750 1760 KIAA04 ASDENHRPLSAASNSDQLED-QALPQ-MKPYSSKD-------SSPT-LASKVDQLEGMLK . :. .....:: : :: . : :.:. ::. :..::.::: .:. KIAA13 QRVASFCTLTDMQHGQDLEGAQELPLCVDPGSGKEFMDTTGERSPSPLTGKVNQLELILR 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1770 1780 1790 1800 1810 KIAA04 MLREDLKKEKEDKAHLQAEVQHLREDNLRLQEESQNASDKLKKFTEWVFNTIDMS .:. ::.:::.::: :::::::::.::.:::::::.:. .:.::::: :.::: KIAA13 QLQTDLRKEKQDKAVLQAEVQHLRQDNMRLQEESQTATAQLRKFTEWFFTTIDKKS 1460 1470 1480 1490 1500 1510 >>KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368 aa) initn: 3654 init1: 2286 opt: 3143 Z-score: 2036.6 bits: 389.7 E(): 2.5e-108 Smith-Waterman score: 4122; 51.184% identity (71.866% similar) in 1436 aa overlap (415-1808:1-1359) 390 400 410 420 430 440 KIAA04 LVSGPLSHSASFSSPMGSTEDLNSKGSLSMDQGDDKSNELVMSCPYFRNEIGGEGERKIS : :::.::.:..:::.:::::::: ::..: KIAA05 DLGDDNSNDLLLSCPHFRNEIGGECERNVS 10 20 30 450 460 470 480 490 500 KIAA04 LSKSNSGSFSGCESASFESTLSSHCTNAGVAVLEVPKENLVLHLDRVKRYIVEHVDLGAY .:... :: :. :. : .::.. :::...:::::::. . .: ..: .::::::: KIAA05 FSRASVGSPSSGEGHLAEPALSAYRTNASISVLEVPKEQQRTQ-SRPRQYSIEHVDLGAR 40 50 60 70 80 510 520 530 540 550 560 KIAA04 YYRKFFYQKEHWNYFGADENLGPVAVSIRREKPDEMKENGSPYNYRIIFRTSELMTLRGS ::. .: ::: ::::.::.::::::::.::: .. ::.: :.::::::: ::.::::: KIAA05 YYQDYFVGKEHANYFGVDEKLGPVAVSIKREKLEDHKEHGPQYQYRIIFRTRELITLRGS 90 100 110 120 130 140 570 580 590 600 610 620 KIAA04 VLEDAIPSTAKHSTARGLPLKEVLEHVVPELNVQCLRLAFNTPKVTEQLMKLDEQGLNYQ .:::: :...::.:.::::::..::.:.::::..:::::.:::::::::.::::::: . KIAA05 ILEDATPTATKHGTGRGLPLKDALEYVIPELNIHCLRLALNTPKVTEQLLKLDEQGLCRK 150 160 170 180 190 200 630 640 650 660 670 680 KIAA04 QKVGIMYCKAGQSTEEEMYNNESAGPAFEEFLQLLGERVRLKGFEKYRAQLDTKTDSTGT .::::.:::::::.:::::::: :::::::::.:.::.: :::: :: ::::.::::::: KIAA05 HKVGILYCKAGQSSEEEMYNNEEAGPAFEEFLSLIGEKVCLKGFTKYAAQLDVKTDSTGT 210 220 230 240 250 260 690 700 710 720 730 740 KIAA04 HSLYTTYKDYEIMFHVSTMLPYTPNNKQQLLRKRHIGNDIVTIVFQEPGAQPFSPKNIRS ::::: :.::::::::::.:::::::.::::::::::::::::.:::::: ::.:::::: KIAA05 HSLYTMYQDYEIMFHVSTLLPYTPNNRQQLLRKRHIGNDIVTIIFQEPGALPFTPKNIRS 270 280 290 300 310 320 750 760 770 780 790 800 KIAA04 HFQHVFVIVRVHNPCSDSVCYSVAVTRSRDVPSFGPPIPKGVTFPKSNVFRDFLLAKVIN ::::::.::::::::.:.::::.:::::.:.: ::::::.:.:: ::.:::::::::::: KIAA05 HFQHVFIIVRVHNPCTDNVCYSMAVTRSKDAPPFGPPIPSGTTFRKSDVFRDFLLAKVIN 330 340 350 360 370 380 810 820 830 840 850 860 KIAA04 AENAAHKSEKFRAMATRTRQEYLKDLAEKNVTNTPIDPSGKFPFISLASKKKEKSKPYPG ::::::::.::..:::::::::::::::. :.::::: .::: .:::.::::::.: : KIAA05 AENAAHKSDKFHTMATRTRQEYLKDLAENCVSNTPIDSTGKFNLISLTSKKKEKTKARAG 390 400 410 420 430 440 870 880 890 900 910 920 KIAA04 AELSSMGAIVWAVRAEDYNKAMELDCLLGISNEFIVLIEQETKSVVFNCSCRDVIGWTST :: : :::.: : :.:: ...:.::.:::::::.::.. .:: ::::: : :::::: KIAA05 AEQHSAGAIAWRVVAQDYAQGVEIDCILGISNEFVVLLDLRTKEVVFNCYCGDVIGWTPD 450 460 470 480 490 500 930 940 950 960 970 980 KIAA04 DTSLKIFYERGECVSV-GSFINIEEIKEIVKRLQFVSKGCESVEMTLRRNGLGQLGFHVN ...::::: ::. . . .. ..:.:.:::.::. ...: :.:.:::::::::::::::. 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KIAA05 PPYRQPS--GSFSTPGSA--TYVRYKPSPERYTAAPHPLLSLD-PHFSHDGTSSGDSSSG 740 750 760 770 780 790 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA04 WQRSEDSIADQMAYSYRGPQDFNSFVLEQHEYTEPTCHLPAVSKVLPAFRESPSGRLMRQ :..: ..:... :: :.:: ... : . . :: KIAA05 GLTSQES------------------TMERQK-PEPLWHVPAQARLSAIAGSSGNKHPSRQ 800 810 820 830 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA04 DPVVHLSPNKQGHSDSHYSSHSSSNTLSSNASSAHSDEKWYDG-DRTESELNSYNYLQGT : . . :::...... .::::::::::::::::.:::..:.: : : : . . .: KIAA05 DAAGKDSPNRHSKGEPQYSSHSSSNTLSSNASSSHSDDRWFDPLDPLEPEQDPLS--KGG 840 850 860 870 880 890 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA04 SADSGIDTTSYGPSHGSTASLGAATSSPRSGPGKEKVAPLWHSSSEVISMADRTLETESH :.::::::: : : : ::. : :: :.: . : .: . . : .:: KIAA05 SSDSGIDTTLY-TSSPSCMSLAKA---PR--PAKPHKPP----GSMGLCGGGREAAGRSH 900 910 920 930 940 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA04 GLDRKTESSLSLDIHSKSQAGSTPLTRENSTFSIN------DAASHTSTMSSRHSASPVV ::. : : . . ..:.. : .:. . : . : :.:: . : KIAA05 HADRRREVSPAPAVAGQSKGYRPKLYSSGSSTPTGLAGGSRDPPRQPSDMGSRVGYPAQV 950 960 970 980 990 1000 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA04 FTSARS-SPKEELHPAAPSQLAPSFSSSSSSSSGPRSFYPRQGATSKYLIGWKKPE-GTI . .: . .:. ::::: : . :.: :.::. .: . .:. :::. : KIAA05 YKTASAETPR-------PSQLAQP-SPFQLSASVPKSFFSKQPVRNKHPTGWKRTEEPPP 1010 1020 1030 1040 1050 1510 1520 1530 1540 1550 1560 KIAA04 NSVGFMDTRKRHQSDGNEI-AHTRLRASTRDLRASPKPTSKSTIEEDLKKLIDLESPTPE . : : .:. ... ... .. ::::: :::: ::. . :::::.:::::: ... :: KIAA05 RPLPFSDPKKQVDTNTKNVFGQPRLRASLRDLR-SPRKNYKSTIEDDLKKLIIMDNLGPE 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1570 1580 1590 1600 1610 1620 KIAA04 SQKSFKFHALSSPQSPFPSTPTSRRALHRTLSDESIYNSQREHFFTSRASLLDQALPNDV ... .. ::: ...:.:::::::. ...:: :.: :.: . .::.:: KIAA05 QER-------DTGQSP-------QKGLQRTLSDESLCSGRREPSFASPAGL-EPGLPSDV 1120 1130 1140 1150 1630 1640 1650 1660 1670 KIAA04 LFSST--YPSLPKSLPLRR--------------PSYTLGMKSLHGEFSASDSSLTDIQET ::.:: .:: ..:: :: :. :. .. .:::. ::.: KIAA05 LFTSTCAFPS--STLPARRQHQHPHPPVGPGATPAAGSGFPEKKSTISASELSLAD---G 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1680 1690 1700 1710 1720 KIAA04 RRQPMP--DPGLMPLPDTAADLDWSNLVDAAKAYEVQRA-SFFAASDENHRPLSAASNSD : .:. :::::::::::: :.::.::.:::::::::: :.:. .: : ..: KIAA05 RDRPLRRLDPGLMPLPDTAAGLEWSSLVNAAKAYEVQRAVSLFSLNDPALSPDIPPAHSP 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1730 1740 1750 1760 1770 1780 KIAA04 -----QLE-DQALPQMKPYSSKDSSPTLASKVDQLEGMLKMLREDLKKEKEDKAHLQAEV .:: :. : :.. :..:: ::: :::.:. ::.:::.::. ::.:: KIAA05 VHSHLSLERGPPTPRTTPTMSEEPPLDLTGKVYQLEVMLKQLHTDLQKEKQDKVVLQSEV 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1790 1800 1810 KIAA04 QHLREDNLRLQEESQNASDKLKKFTEWVFNTIDMS ::..: ::::::: ::..:.::.: KIAA05 ASLRQNNQRLQEESQAASEQLRKFAEIFCREKKEL 1340 1350 1360 >>KIAA0474 ( 782 res) fj12051 (782 aa) initn: 761 init1: 423 opt: 683 Z-score: 452.9 bits: 95.8 E(): 4.1e-20 Smith-Waterman score: 751; 39.759% identity (68.373% similar) in 332 aa overlap (503-833:188-501) 480 490 500 510 520 530 KIAA04 GVAVLEVPKENLVLHLDRVKRYIVEHVDLGAYYYRKFFYQKEHWNYFGADENLGPVAVSI : ::: : :::.::.. : :: .. :. 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