# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh02241.fasta.huge -Q ../query/KIAA0435.ptfa ./tmplib.23147 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0435, 787 aa
 vs ./tmplib.23147 library

1986718 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4506+/-0.00606; mu= 14.3801+/- 0.411
 mean_var=137.6260+/-32.267, 0's: 0 Z-trim: 3  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.109326

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0805  ( 1327 res)   hk02940s1                  (1327) 2165 353.9 6.4e-98


>>KIAA0805  ( 1327 res)   hk02940s1                       (1327 aa)
 initn: 1853 init1: 1162 opt: 2165  Z-score: 1849.8  bits: 353.9 E(): 6.4e-98
Smith-Waterman score: 2165;  53.033% identity (76.516% similar) in 643 aa overlap (113-744:604-1234)

             90       100       110       120       130       140  
KIAA04 LASDDLNAFVHLIEIGNGLVTFQLRGLEFRGTYCQQREVEAIMEGDEEDRGCCCCKPGHL
                                     :::::::::::: :: :::.: :::.:::.
KIAA08 RPVKFWERDYNTKRVDHSNTRLASQLDRNPGTYCQQREVEAITEGVEEDEGFCCCEPGHI
           580       590       600       610       620       630   

            150       160       170       180       190       200  
KIAA04 PHLLSCNAAFHLRWLTWEITQTQYILEGYSILDNNAATMLQVFDLRRILIRYYIKSIIYY
       ::.:: ::::  :::.::.  :.:::::::: ::.::.::::::::..:  ::.:.::::
KIAA08 PHMLSFNAAFSQRWLAWEVIVTKYILEGYSITDNSAASMLQVFDLRKVLTTYYVKGIIYY
           640       650       660       670       680       690   

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KIAA04 MVTSPKLLSWIKNESLLKSLQPFAKWHYIERDLAMFNINIDDDYVPCLQGITRASFCNVY
       ..:: ::  :. ::.. ..:.  :  .:.. :   :: :::.::   : ::.: ::: .:
KIAA08 VTTSSKLEEWLANETMQEGLRLCADRNYVDVD-PTFNPNIDEDYDHRLAGISRESFCVIY
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KIAA04 LEWIQHCARKRQEPSTTLDSDEDSPLVTLSFALCTLGRRALGTAAHNMAISLDSFLYGLH
       :.::..:. .: .:   .: :.:: :::: ..::.:::::::::.:.:. .:.:::::::
KIAA08 LNWIEYCSSRRAKP---VDVDKDSSLVTLCYGLCVLGRRALGTASHHMSSNLESFLYGLH
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            330        340       350       360       370       380 
KIAA04 VLFKGDFRITA-RDEWVFADMDLLHKVVAPAIRMSLKLHQDQFTCPDEYEDPAVLYEAIQ
       .::::::::.. ::::.::::.::.:::.:.::::.:::::.:: ::::.::.:::::: 
KIAA08 ALFKGDFRISSIRDEWIFADMELLRKVVVPGIRMSIKLHQDHFTSPDEYDDPTVLYEAIV
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KIAA04 SFEKKVVICHEGDPAWRGAVLSNKEELLTLRHVVDEGADEYKVIMLHRSFLSFKVIKVNK
       : ::..:: ::::::::.:::.:.  ::.::::.:.:..:::.:::.: .:::.::::::
KIAA08 SHEKNLVIAHEGDPAWRSAVLANSPSLLALRHVMDDGTNEYKIIMLNRRYLSFRVIKVNK
     870       880       890       900       910       920         

             450       460       470       480       490       500 
KIAA04 ECVRGLWAGQQQELIFLRNRNPERGSIQNNKQVLRNLINSSCDQPLGYPMYVSPLTTSYL
       ::::::::::::::.:::::::::::::: ::.:::.::::::::.:::..:::::::: 
KIAA08 ECVRGLWAGQQQELVFLRNRNPERGSIQNAKQALRNMINSSCDQPIGYPIFVSPLTTSYS
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KIAA04 GTHRQLKNIWGGPITLDRIRTWFWTKWVRMRKDCNARQHSGGNIEDVDGGGAPTTGGNNA
        .:.:::.: ::::.:  ::... . : :.:: :.:  .::::::: : ::. .  ::::
KIAA08 DSHEQLKDILGGPISLGNIRNFIVSTWHRLRKGCGAGCNSGGNIEDSDTGGGTSCTGNNA
     990      1000      1010      1020      1030      1040         

             570       580       590       600           610       
KIAA04 PNGGSQESSAEQPRKGGAQHGVSSCEGTQRTGRRKGRSQSVQAHSALS----QRPP---M
        .... .:.. :   :.  .: ..      :.     . : ..::. :    : :    .
KIAA08 TTANNPHSNVTQGSIGNPGQGSGTGLHPPVTSYPPTLGTSHSSHSVQSGLVRQSPARASV
    1050      1060      1070      1080      1090      1100         

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KIAA04 LSSSGPILESRQTFLQTSTSVHELAQRLSGSRLSLHASATSLHSQPPPVTTTGHLSVR-E
        :.:.    ::.. :. ::.     .: : :..::.   .:..:.   .. ....    .
KIAA08 ASQSSYCYSSRHSSLRMSTTGFVPCRRSSTSQISLRNLPSSIQSR---LSMVNQMEPSGQ
    1110      1120      1130      1140      1150         1160      

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KIAA04 RAEALIRSSLGSSTSSTLSFLFGKRSFSSALVISGLSAAEGGNTS--DTQSSSSVNIVMG
        . : .. .: ::.::. :.   :.      .. :. :.:::..:  :.: ..... . .
KIAA08 SGLACVQHGLPSSSSSSQSIPACKHH-----TLVGFLATEGGQSSATDAQPGNTLSPANN
       1170      1180      1190           1200      1210      1220 

             740       750       760       770       780           
KIAA04 PSARAASQATRVRGWAGLTRTGWDGGTGSWPERGTCLAFPPFCLQNPIPFSMGLPE    
         .. :    ::.                                               
KIAA08 SHSKKAEVIYRVQIVDPSQILEGINLSKRKELQWPDEGIRLKAGRNSWKDWSPQEGMEGH
            1230      1240      1250      1260      1270      1280 




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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]