# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01945.fasta.huge -Q ../query/KIAA0433.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0433, 1255 aa vs ./tmplib.23147 library 1986250 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6203+/-0.00591; mu= 9.0687+/- 0.401 mean_var=142.6726+/-34.420, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.107375 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0377 ( 1412 res) hh00412 (1412) 4963 781.6 0 >>KIAA0377 ( 1412 res) hh00412 (1412 aa) initn: 2793 init1: 2615 opt: 4963 Z-score: 4157.2 bits: 781.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 4963; 75.126% identity (88.170% similar) in 989 aa overlap (14-998:17-1003) 10 20 30 40 50 KIAA04 IISIISTSNKIKMSEAPRFFVGPEDTEINPGNYRHFFHHADED--DEEEDDSPPERQ : . .::.: : .. . ...: . ..:::. ::: : KIAA03 VGVPAGMWSLTASEGESTTAHFFLGAGDEGLGTRGIGMRPEESDSELLEDEEDEVPPEPQ 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA04 IVVGICSMAKKSKSKPMKEILERISLFKYITVVVFEEEVILNEPVENWPLCDCLISFHSK :.::::.:.:::::::: .::::. : :.:::.. :.::::::::::: : :::::::: KIAA03 IIVGICAMTKKSKSKPMTQILERLCRFDYLTVVILGEDVILNEPVENWPSCHCLISFHSK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA04 GFPLDKAVAYAKLRNPFVINDLNMQYLIQDRREVYSILQAEGILLPRYAILNRDPNNPKE ::::::::::.::::::.:::: ::: :::::::: ::: ::: :::::.::::: :.: KIAA03 GFPLDKAVAYSKLRNPFLINDLAMQYYIQDRREVYRILQEEGIDLPRYAVLNRDPARPEE 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 KIAA04 CNLIEGEDHVEVNGEVFQKPFVEKPVSAEDHNVYIYYPTSAGGGSQRLFRKIGSRSSVYS ::::::::.::::: :: ::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA03 CNLIEGEDQVEVNGAVFPKPFVEKPVSAEDHNVYIYYPSSAGGGSQRLFRKIGSRSSVYS 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 KIAA04 PESNVRKTGSYIYEEFMPTDGTDVKVYTVGPDYAHAEARKSPALDGKVERDSEGKEVRYP :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: KIAA03 PESSVRKTGSYIYEEFMPTDGTDVKVYTVGPDYAHAEARKSPALDGKVERDSEGKEIRYP 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 KIAA04 VILNAREKLIAWKVCLAFKQTVCGFDLLRANGQSYVCDVNGFSFVKNSMKYYDDCAKILG :.:.: :::.: :::.::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::: KIAA03 VMLTAMEKLVARKVCVAFKQTVCGFDLLRANGHSFVCDVNGFSFVKNSMKYYDDCAKILG 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 KIAA04 NIVMRELAPQFHIPWSIPLEAEDIPIVPTTSGTMMELRCVIAVIRHGDRTPKQKMKMEVR : .::::::::.:::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::. 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