# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01272.fasta.huge -Q ../query/KIAA0425.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0425, 1270 aa vs ./tmplib.23147 library 1986235 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9043+/-0.00638; mu= 15.6956+/- 0.437 mean_var=157.5032+/-38.420, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 89 in 1/39 Lambda= 0.102195 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0385 ( 1380 res) hh00802 (1380) 733 121.0 1.3e-27 >>KIAA0385 ( 1380 res) hh00802 (1380 aa) initn: 2436 init1: 683 opt: 733 Z-score: 587.5 bits: 121.0 E(): 1.3e-27 Smith-Waterman score: 3025; 40.720% identity (66.067% similar) in 1223 aa overlap (56-1265:314-1380) 30 40 50 60 70 80 KIAA04 SGSPLAPQLTTGFQPSLASSGMNKMLPSVPATAVRVSCSGCKKILQKGQTAYQRKGSTQL :......:. :. :::::::::::: :: KIAA03 PNDEDFVPFRPRRSPRMSLRSSVSQRAGRSAVGTKMTCAHCRTPLQKGQTAYQRKGLPQL 290 300 310 320 330 340 90 100 110 120 130 140 KIAA04 FCSTLCLTGYTVPPARPPPPLTKKTCSSCSKDILNPKDVISAQFENTTTSKDFCSQSCLS :::. ::: .. :. ::::. :.:.: : :: . :: . . ..::.. ::: KIAA03 FCSSSCLTTFSKKPS------GKKTCTFCKKEIWNTKDSVVAQTGSGGSFHEFCTSVCLS 350 360 370 380 390 150 160 170 180 190 200 KIAA04 TYELKK-KPIVTINTNSISTKCSMCQKNAVIRHEVNYQNVVHKLCSDACFSKFRSANNLT :: .. .:: . . .:.::.:::.. . :::. .:::.::::.::::::. ..: KIAA03 LYEAQQQRPIPQSGDPADATRCSICQKTGEVLHEVSNGSVVHRLCSDSCFSKFRANKGLK 400 410 420 430 440 450 210 220 230 240 250 260 KIAA04 MNCCENCGGYCYS--GSGQCHMLQIEGQSKKFCSSSCITAYKQKSAKITPCALCKSLRSS :::..::.: :. :: ..: :::.:.::...:. :::.:.... ::. ::.: .. 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