# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01239s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0423.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0423, 1723 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7824715 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0289+/-0.00019; mu= 12.2268+/- 0.011 mean_var=94.9101+/-18.195, 0's: 31 Z-trim: 43 B-trim: 4 in 1/65 Lambda= 0.131649 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|115502236|sp|Q9Y4F4.3|F179B_HUMAN RecName: Full (1720) 11154 2130.0 0 gi|114652838|ref|XP_001150036.1| PREDICTED: hypoth (1721) 11033 2107.0 0 gi|109083466|ref|XP_001095589.1| PREDICTED: simila (1719) 10829 2068.2 0 gi|109479288|ref|XP_001076246.1| PREDICTED: simila (1727) 9744 1862.2 0 gi|114652836|ref|XP_509925.2| PREDICTED: hypotheti (1774) 8891 1700.2 0 gi|109083464|ref|XP_001095789.1| PREDICTED: simila (1772) 8702 1664.3 0 gi|73963555|ref|XP_547791.2| PREDICTED: similar to (1768) 7992 1529.4 0 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[ ( 380) 2168 422.8 2.7e-115 gi|38328325|gb|AAH62107.1| A430041B07Rik protein [ ( 441) 2024 395.5 5.2e-107 gi|156227644|gb|EDO48446.1| predicted protein [Nem ( 602) 915 185.0 1.7e-43 gi|210084194|gb|EEA32734.1| hypothetical protein B ( 374) 864 175.1 9.7e-41 gi|210129685|gb|EEA77359.1| hypothetical protein B ( 374) 860 174.4 1.6e-40 gi|115974031|ref|XP_001189685.1| PREDICTED: simila ( 943) 801 163.4 8.1e-37 gi|47230298|emb|CAG10712.1| unnamed protein produc (1230) 758 155.3 2.9e-34 gi|114576748|ref|XP_001161801.1| PREDICTED: hypoth ( 546) 735 150.7 3.1e-33 gi|119620925|gb|EAX00520.1| similar to RIKEN cDNA ( 546) 725 148.8 1.2e-32 gi|119620924|gb|EAX00519.1| similar to RIKEN cDNA ( 753) 725 148.9 1.5e-32 gi|172046176|sp|Q6ZUX3.2|F179A_HUMAN RecName: Full (1019) 725 149.0 1.9e-32 gi|210129687|gb|EEA77361.1| hypothetical protein B ( 292) 717 147.1 2e-32 gi|114576746|ref|XP_001161841.1| PREDICTED: hypoth (1001) 719 147.9 4.1e-32 gi|210084195|gb|EEA32735.1| hypothetical protein B ( 294) 703 144.5 1.3e-31 gi|34531266|dbj|BAC86095.1| unnamed protein produc ( 546) 701 144.3 2.7e-31 gi|194384718|dbj|BAG59519.1| unnamed protein produ ( 964) 701 144.4 4.3e-31 gi|221112709|ref|XP_002161539.1| PREDICTED: simila ( 986) 700 144.3 5e-31 gi|164565454|gb|AAI32490.2| 4632412N22Rik protein ( 270) 674 138.9 5.4e-30 gi|26342434|dbj|BAC34879.1| unnamed protein produc ( 296) 674 139.0 5.9e-30 gi|73980693|ref|XP_540133.2| PREDICTED: similar to (1221) 682 140.9 6.3e-30 gi|149050699|gb|EDM02872.1| rCG61409 [Rattus norve ( 295) 664 137.1 2.2e-29 gi|210129686|gb|EEA77360.1| hypothetical protein B ( 289) 650 134.4 1.4e-28 gi|126303623|ref|XP_001380633.1| PREDICTED: hypoth (1032) 652 135.2 2.9e-28 gi|221125992|ref|XP_002157731.1| PREDICTED: simila ( 781) 578 121.0 3.9e-24 gi|190583949|gb|EDV24019.1| hypothetical protein T ( 728) 529 111.7 2.3e-21 gi|194686297|emb|CAA94880.3| C. elegans protein B0 (1282) 522 110.5 9.2e-21 gi|187031730|emb|CAP29029.1| Hypothetical protein (1183) 502 106.7 1.2e-19 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|739 AKQDMTEKLADIVMELYQRKPHATEQKVLVVLWHLLGNMTNSGSLPGAGGNIRTATAKLS 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1690 1700 1710 1720 KIAA04 KALFAQMGQNLLNQAASQPPHIKKSLEELLDMTILNEL :::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|739 KALFAQMGQNLLNQAASQPPHIKKSLEELLDMTI 1740 1750 1760 >>gi|219521113|gb|AAI72117.1| Unknown (protein for MGC:1 (1776 aa) initn: 4860 init1: 2769 opt: 7619 Z-score: 7811.8 bits: 1458.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 9513; 83.614% identity (91.582% similar) in 1782 aa overlap (4-1723:1-1776) 10 20 30 40 50 60 KIAA04 QPCMAAAPSALLLLPPFPVLSTYRLQSRSRPSAPETDDSRVGGIMRGEKNYYFRGAAGDH :::::: :: ::: . ..::: :: :: :: :: : :: :::::::: ::::::: gi|219 MAAAPSELLPLPPPATPGSYRLLSRCRPYAPGTDGRRSGGTMRGEKNYYCRGAAGDH 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA04 GSCPTTTSPLASALLMPSEAVSSSWSESGGGLSGGDEEDTRLLQLLRTARDPSEAFQALQ ::::.: :::::.::.:.::::.::: :.::::::::.:::::::::: :::::::::: gi|219 GSCPATPSPLASTLLLPAEAVSTSWSGPGSGLSGGDEEETRLLQLLRTAPDPSEAFQALQ 60 70 80 90 100 110 130 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