# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00077s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0413.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0413, 1237 aa vs ./tmplib.23147 library 1986268 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3727+/-0.00503; mu= 13.2533+/- 0.340 mean_var=106.0496+/-26.040, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.124543 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0696 ( 550 res) hk04053 ( 550) 231 53.2 1.3e-07 KIAA1449 ( 680 res) fk04105 ( 680) 224 52.1 3.6e-07 KIAA0596 ( 1531 res) hg01605 (1531) 221 51.9 9e-07 KIAA0007 ( 686 res) ha02056 ( 686) 161 40.8 0.00092 KIAA0925 ( 479 res) hh02949 ( 479) 149 38.4 0.0032 KIAA1607 ( 1270 res) fj11118 (1270) 152 39.4 0.0043 KIAA1645 ( 386 res) fg04139 ( 386) 139 36.5 0.0097 >>KIAA0696 ( 550 res) hk04053 (550 aa) initn: 200 init1: 119 opt: 231 Z-score: 228.5 bits: 53.2 E(): 1.3e-07 Smith-Waterman score: 315; 26.183% identity (54.890% similar) in 317 aa overlap (594-899:237-526) 570 580 590 600 610 620 KIAA04 EVYQQAKLQAKQEVDNGMLYLEWINKKNITNLSRLVVRP-HTDAVYHACFSEDGQRIASC ::.:. : .. .:: :.. : ..: : KIAA06 GPPNSFYRSLYPKIIQDIETIESNWRCGRHNLQRIQCRSENSKGVY--CLQYDDEKIISG 210 220 230 240 250 260 630 640 650 660 670 680 KIAA04 GADKTLQVFKAETGEKLLEIKAHEDEVLCCAFSTDDRFIATCSVDKKVKIWNSMTGELVH :...... . : : . .: ::: . :.: :.: : :. :..:. :::... 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KIAA16 ALKPK------ADAKLGMPMCLRL----------------WQADCSS-RPLLLAGYEDGS 220 230 240 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA04 IQVWNWQLDK-CIFLRGHQETVKDFRL-LKNSRLLSWSFDGTVKVWNIITGNKEKDFVCH . .:. . .: : . :.: : :. . ...: .: : .. ::.. . . : KIAA16 VVLWDVSEQKVCSRIACHEEPVMDLDFDSQKARGISGSAGKALAVWSLDWQQALQVRGTH 250 260 270 280 290 300 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA04 QGT---VLSCDISHDATKFSSTSADKTAKIWSFDLLLPLHELRGHNGCVRCSAFSVDSTL . : . : : ..... :. ... . . :: : :.. :.: ::..:. : KIAA16 ELTNPGIAEVTIRPDRKILATAGWDHRIRVFHWRTMQPLAVLAFHSAAVQCVAFTADG-L 310 320 330 340 350 360 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA04 LATGDDNGEIRIWNVSNGELLHLCAPLSEEGAATHGGWVTDLCFSPDGKMLISAGGYIKW ::.:. . .: .:.. KIAA16 LAAGSKDQRISLWSLYPRA 370 380 1237 residues in 1 query sequences 1986268 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:37 2008 done: Thu Dec 18 15:20:38 2008 Total Scan time: 0.750 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]