# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg02120.fasta.nr -Q ../query/KIAA0411.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0411, 1061 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7819749 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7788+/-0.000193; mu= 11.7347+/- 0.011 mean_var=98.9485+/-19.144, 0's: 32 Z-trim: 74 B-trim: 368 in 1/64 Lambda= 0.128935 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|24369934|gb|AAN57784.1|AF464189_1 WAVE-associat (1075) 7000 1313.4 0 gi|76665096|ref|XP_590495.2| PREDICTED: similar to (1075) 6986 1310.8 0 gi|149728319|ref|XP_001495819.1| PREDICTED: SLIT-R (1075) 6977 1309.1 0 gi|109035849|ref|XP_001097317.1| PREDICTED: simila (1075) 6928 1300.0 0 gi|119584354|gb|EAW63950.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 955) 6313 1185.5 0 gi|119584355|gb|EAW63951.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 935) 6187 1162.1 0 gi|34604126|gb|AAQ79776.1| Rho GTPase activating p (1064) 4766 897.8 0 gi|114643999|ref|XP_001164049.1| PREDICTED: SLIT-R (1061) 4755 895.8 0 gi|109097610|ref|XP_001116821.1| PREDICTED: simila (1059) 4744 893.7 0 gi|114643997|ref|XP_001164248.1| PREDICTED: SLIT-R (1062) 4737 892.4 0 gi|122066214|sp|Q91Z69.2|SRGP1_MOUSE RecName: Full (1062) 4726 890.4 0 gi|119617528|gb|EAW97122.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a (1022) 4607 868.2 0 gi|148692479|gb|EDL24426.1| mCG114195 [Mus musculu (1022) 4589 864.9 0 gi|149029195|gb|EDL84471.1| similar to SLIT-ROBO R (1022) 4581 863.4 0 gi|213626327|gb|AAI71580.1| Unknown (protein for M (1071) 3946 745.3 4e-212 gi|48429207|sp|O43295.3|SRGP2_HUMAN RecName: Full= (1099) 3938 743.8 1.1e-211 gi|109035846|ref|XP_001097218.1| PREDICTED: simila (1099) 3932 742.7 2.5e-211 gi|149728321|ref|XP_001495736.1| PREDICTED: SLIT-R (1099) 3925 741.4 6.1e-211 gi|76665098|ref|XP_869609.1| PREDICTED: similar to (1099) 3924 741.2 6.9e-211 gi|73985028|ref|XP_852764.1| PREDICTED: similar to (1099) 3924 741.2 6.9e-211 gi|148667017|gb|EDK99433.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 979) 3885 733.9 9.7e-209 gi|189442797|gb|AAI67211.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a (1099) 3885 733.9 1.1e-208 gi|62648014|ref|XP_575637.1| PREDICTED: similar to (1099) 3885 733.9 1.1e-208 gi|14028714|gb|AAK52474.1|AF338472_1 Rho GTPase-ac ( 987) 3880 733.0 1.9e-208 gi|48428625|sp|Q812A2.1|SRGP2_MOUSE RecName: Full= (1099) 3880 733.0 2e-208 gi|118102419|ref|XP_417972.2| PREDICTED: similar t (1073) 3397 643.2 2.2e-181 gi|114572187|ref|XP_001163749.1| PREDICTED: SLIT-R (1072) 3373 638.7 4.8e-180 gi|219520432|gb|AAI44344.1| SRGAP2 protein [Homo s (1070) 3361 636.5 2.3e-179 gi|126306747|ref|XP_001365837.1| PREDICTED: simila (1073) 3357 635.7 3.8e-179 gi|114572193|ref|XP_001163788.1| PREDICTED: SLIT-R ( 918) 3349 634.2 9.5e-179 gi|55662259|emb|CAH73674.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a ( 984) 3349 634.2 1e-178 gi|114572191|ref|XP_001163825.1| PREDICTED: SLIT-R (1003) 3349 634.2 1e-178 gi|114572189|ref|XP_001163866.1| PREDICTED: SLIT-R (1040) 3349 634.2 1e-178 gi|124375936|gb|AAI32873.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a (1071) 3349 634.2 1.1e-178 gi|48427907|sp|O75044.2|FNBP2_HUMAN RecName: Full= (1071) 3347 633.9 1.4e-178 gi|119908010|ref|XP_598073.3| PREDICTED: similar t (1071) 3340 632.6 3.4e-178 gi|109018622|ref|XP_001089021.1| PREDICTED: SLIT-R (1071) 3328 630.3 1.6e-177 gi|74005918|ref|XP_848803.1| PREDICTED: similar to (1071) 3326 629.9 2.1e-177 gi|194210238|ref|XP_001491388.2| PREDICTED: SLIT-R (1103) 3326 630.0 2.1e-177 gi|74005908|ref|XP_856904.1| PREDICTED: similar to (1079) 3323 629.4 3.1e-177 gi|74005922|ref|XP_857192.1| PREDICTED: similar to (1081) 3315 627.9 8.6e-177 gi|122065186|sp|Q91Z67.2|FNBP2_MOUSE RecName: Full (1071) 3302 625.5 4.6e-176 gi|148707762|gb|EDL39709.1| mCG131000, isoform CRA (1042) 3264 618.4 6e-174 gi|114572181|ref|XP_514148.2| PREDICTED: SLIT-ROBO (1084) 3191 604.8 7.6e-170 gi|74005906|ref|XP_856858.1| PREDICTED: similar to (1089) 3177 602.2 4.6e-169 gi|74005924|ref|XP_857241.1| PREDICTED: similar to (1083) 3174 601.7 6.8e-169 gi|169154745|emb|CAQ14643.1| SLIT-ROBO Rho GTPase (1100) 3102 588.3 7.4e-165 gi|114107587|gb|AAI22887.1| SLIT-ROBO Rho GTPase a (1100) 3099 587.7 1.1e-164 gi|149036886|gb|EDL91504.1| similar to WARP (predi ( 800) 2989 567.2 1.2e-158 gi|16797663|gb|AAL27030.1| GAP1 [Mus musculus] ( 714) 2946 559.1 2.9e-156 >>gi|24369934|gb|AAN57784.1|AF464189_1 WAVE-associated R (1075 aa) initn: 7000 init1: 7000 opt: 7000 Z-score: 7034.7 bits: 1313.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 7000; 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