# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01877.fasta.huge -Q ../query/KIAA0410.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0410, 505 aa vs ./tmplib.23147 library 1987000 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3069+/-0.0072; mu= 3.0709+/- 0.487 mean_var=212.0448+/-49.958, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.088077 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458) 219 41.0 0.00068 KIAA0618 ( 1052 res) hg03971 (1052) 212 39.9 0.001 KIAA0023 ( 2111 res) ha00512 (2111) 202 39.0 0.0039 >>KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458 aa) initn: 130 init1: 86 opt: 219 Z-score: 161.7 bits: 41.0 E(): 0.00068 Smith-Waterman score: 275; 32.171% identity (61.628% similar) in 258 aa overlap (19-259:1124-1353) 10 20 30 40 KIAA04 GERSVPDPFRLADGVEPWPDMSTGFSFGSGTLGSTTVAA--GGTSTGG : .. .:: ..: :. ..:: ::: .. 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