# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01359.fasta.nr -Q ../query/KIAA0408.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0408, 662 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826449 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4296+/-0.000188; mu= 11.3300+/- 0.011 mean_var=82.9640+/-15.820, 0's: 47 Z-trim: 49 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.140809 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|109072909|ref|XP_001106088.1| PREDICTED: simila (1673) 4129 849.2 0 gi|6706674|emb|CAB65988.1| chromosome 6 open readi ( 577) 3950 812.5 0 gi|67971710|dbj|BAE02197.1| unnamed protein produc ( 506) 3293 679.0 1.1e-192 gi|194670277|ref|XP_001789772.1| PREDICTED: hypoth ( 480) 2338 484.9 2.6e-134 gi|149032837|gb|EDL87692.1| rCG42077, isoform CRA_ ( 637) 1673 350.0 1.5e-93 gi|109460631|ref|XP_001059656.1| PREDICTED: simila (1576) 1673 350.3 3e-93 gi|109457682|ref|XP_217724.4| PREDICTED: similar t (1614) 1673 350.3 3e-93 gi|148672886|gb|EDL04833.1| mCG7194, isoform CRA_a ( 648) 1651 345.5 3.3e-92 gi|149032836|gb|EDL87691.1| rCG42077, isoform CRA_ ( 661) 1465 307.7 8e-81 gi|118088586|ref|XP_419751.2| PREDICTED: hypotheti ( 697) 1090 231.6 7.1e-58 gi|149636833|ref|XP_001509424.1| PREDICTED: hypoth ( 683) 969 207.0 1.8e-50 gi|73946337|ref|XP_533494.2| PREDICTED: hypothetic ( 260) 861 184.7 3.4e-44 gi|148672887|gb|EDL04834.1| mCG7194, isoform CRA_b ( 211) 409 92.8 1.3e-16 >>gi|109072909|ref|XP_001106088.1| PREDICTED: similar to (1673 aa) initn: 4216 init1: 4127 opt: 4129 Z-score: 4526.5 bits: 849.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 4129; 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