# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01091.fasta.huge -Q ../query/KIAA0400.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0400, 1022 aa vs ./tmplib.23147 library 1986483 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.0737+/-0.0118; mu= -25.8927+/- 0.798 mean_var=728.5715+/-175.644, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.047516 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1249 ( 949 res) hh04184 ( 949) 2696 200.7 7.6e-52 KIAA0041 ( 781 res) ha00469s1 ( 781) 505 50.4 1.1e-06 KIAA1716 ( 804 res) hj06603 ( 804) 415 44.3 8e-05 KIAA1975 ( 597 res) aj01061 ( 597) 379 41.6 0.00036 KIAA1099 ( 864 res) hk07834 ( 864) 382 42.0 0.0004 KIAA0167 ( 844 res) ha01026 ( 844) 379 41.8 0.00046 KIAA0050 ( 796 res) ha01557 ( 796) 350 39.8 0.0017 >>KIAA1249 ( 949 res) hh04184 (949 aa) initn: 1679 init1: 647 opt: 2696 Z-score: 1022.7 bits: 200.7 E(): 7.6e-52 Smith-Waterman score: 2986; 52.996% identity (71.384% similar) in 968 aa overlap (180-1022:1-949) 150 160 170 180 190 200 KIAA04 DLKGVKGDLKKPFDKAWKDYETKITKIEKEKKEHAKLHGMIRTEISGAEIAEEMEKERRF :.:::: ::::::::.:::::::::::::. 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KIAA00 YMKDLGAQLDRLVVDAAKEKREMEQKHST------IQQKDFSSDDSKLEYNV-----DAA 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 KIAA04 HGTERNGSLYKKSDGIRKVWQKRKCSVKNGFLTISHGTANRPPAKL-NLLTCQVK--TNP .: .: :.:.... :.:..: :..:. :. .. . : . . .: : :: . KIAA00 NGIVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNNQLVYQKKFKDNPTVVVEDLRLCTVKHCEDI 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 KIAA04 EEKKCFDLISHDRTYHFQAEDEQECQIWMSVLQNSKEEALNNAFKGDDN----------T :.. ::...: .. .::..:. : :....:.: : . :::.. : KIAA00 ERRFCFEVVSPTKSCMLQADSEKLRQAWIKAVQTSIATAYRE--KGDESEKLDKKSSPST 330 340 350 360 370 380 430 440 450 460 470 480 KIAA04 GE----NNIVQELTK--EIISEVQRMTGNDVCCDCGAPDPTWLSTNLGILTCIECSGIHR : :. ..: : ...:: . :: ::::: :: : : :::: ::::::::: KIAA00 GSLDSGNESKEKLLKGESALQRVQCIPGNASCCDCGLADPRWASINLGITLCIECSGIHR 390 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 KIAA04 ELGVHYSRMQSLTLDVLGTSELLLAKNIGNAGFNEIMECCLPAEDSVKPNPGSDMNARKD ::::.:...:::::. : : ..:: .:...: . ::.::. .. .. KIAA00 SLGVHFSKVRSLTLDTWEPELLKLMCELGNDVINRVYEANVEKMGIKKPQPGQRQE-KEA 450 460 470 480 490 500 550 560 570 580 590 600 KIAA04 YITAKYIERRYARKKHADNAAKLHSLCEAVKTRDIFGLLQAYADGVDLTEKIPLANGHEP :: :::.::... : KIAA00 YIRAKYVERKFVDKYSISLSPPEQQKKFVSKSSEEKRLSISKFGPGDQVRASAQSSVRSN 510 520 530 540 550 560 >>KIAA1716 ( 804 res) hj06603 (804 aa) initn: 569 init1: 362 opt: 415 Z-score: 178.5 bits: 44.3 E(): 8e-05 Smith-Waterman score: 661; 26.497% identity (59.165% similar) in 551 aa overlap (28-554:5-523) 10 20 30 40 50 60 KIAA04 GGGAPAAVRQRPRAEAMPDQISVSEFVAETHEDYKAPTASSFTTRTAQCRNTVAAIEEAL ::. : . : : : . . .. :. :: : KIAA17 SPEGAEAAGDPSQPR-SCFRATIDEVETDVVEIEAKL 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA04 DVDRMVLYKMKKSVKAINSSGLAHVENEEQYTQALEKFGGNCVCRDDPDLGSAFLKFSVF : :. : ... .: :.: . . ...... .. .: . : .. . .:. KIAA17 D-------KLVKLCSGMVEAGKAYVSTSRLFVSGVRDLSQQC--QGDTVISECLQRFADS 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 KIAA04 TKELTALFKNLIQNMNNIISFPLDSLLKGDLKGVKGDLKKPFDKAWKDYETKITKIEKEK .:.. :... . . :.:..: :.. : . :: :::. .: : .... . KIAA17 LQEVVNYHMILFDQAQRSVRQQLQSFVKEDVRKFK-ETKKQFDKVREDLELSLVRNAQAP 90 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 240 KIAA04 KEHAKLHGMIRTEISGAEIAEEMEKERRFFQLQMCEYLLKVNEIKIKKGVDLLQNLIKYF ... : . : .:: . :. :. .:.:..: .. :: ..:....... KIAA17 RHRP--HEV--EEATGA-----LTLTRKCFRHLALDYVLQINVLQAKKKFEILDSMLSFM 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 KIAA04 HAQCNFFQDGLKAVESLKPSIETLSTDLHTIKQAQDEERRQLIQLRDIL--KSALQVEQK ::: .:::.: . ...: : .. :...: . . :.:.. . . . .. :: . KIAA17 HAQSSFFQQGYSLLHQLDPYMKKLAAELDQLVIDSAVEKREMERKHAAIQQRTLLQDFSY 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 KIAA04 EDSQIRQSTAYSLHQPQGNKEHGTERNGSLYKKSDGIRKVWQKRKCSVKNGFLTISHGTA ..:... ... :.: . .: :.:.... :.:..: :..:. :. .. KIAA17 DESKVE----FDVDAPSG-----VVMEGYLFKRASNAFKTWNRRWFSIQNSQLVYQKKLK 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 410 KIAA04 NRPPAKLN-LLTCQVKT--NPEEKKCFDLISHDRTYHFQAEDEQECQIWMSVLQNS---- . . .. : :.:: . :.. ::...: .. .::..:. : :....: : KIAA17 DALTVVVDDLRLCSVKPCEDIERRFCFEVLSPTKSCMLQADSEKLRQAWVQAVQASIASA 310 320 330 340 350 360 420 430 440 450 KIAA04 -KE-------EALN-------NAFKGDDNTGENNIVQELTKEIISEVQRMTGNDVCCDCG .: : :. ... . .: : .. : ....:: ..::. : ::: KIAA17 YRESPDSCYSERLDRTASPSTSSIDSATDTRERGVKGE---SVLQRVQSVAGNSQCGDCG 370 380 390 400 410 420 460 470 480 490 500 510 KIAA04 APDPTWLSTNLGILTCIECSGIHRELGVHYSRMQSLTLDVLGTSELLLAKNIGNAGFNEI ::: : : :::.: ::::::::: :::: :...::::: : : ..::.. :.: KIAA17 QPDPRWASINLGVLLCIECSGIHRSLGVHCSKVRSLTLDSWEPELLKLMCELGNSAVNQI 430 440 450 460 470 480 520 530 540 550 560 570 KIAA04 MECCLPAEDSVKPNPGSDMNARKDYITAKYIERRYARKKHADNAAKLHSLCEAVKTRDIF .: . : ::. .:. . .. .: ::.:... :: KIAA17 YEAQCEGAGSRKPTASSSRQDKEAWIKDKYVEKKFLRKAPMAPALEAPRRWRVQKCLRPH 490 500 510 520 530 540 580 590 600 610 620 630 KIAA04 GLLQAYADGVDLTEKIPLANGHEPDETALHLAVRSVDRTSLHIVDFLVQNSGNLDKQTGK KIAA17 SSPRAPTARRKVRLEPVLPCVAALSSVGTLDRKFRRDSLFCPDELDSLFSYFDAGAAGAG 550 560 570 580 590 600 >>KIAA1975 ( 597 res) aj01061 (597 aa) initn: 302 init1: 242 opt: 379 Z-score: 166.7 bits: 41.6 E(): 0.00036 Smith-Waterman score: 379; 27.972% identity (59.441% similar) in 286 aa overlap (374-658:314-589) 350 360 370 380 390 400 KIAA04 CSVKNGFLTISHGTANRPPAKLNLLTCQVKTNPEEKKCFDLIS-HDRTYHFQAEDEQECQ : ::.. : ..: .: ::.: .: . KIAA19 LNLPPSPHANKKKHLKKKSTNNLKDDGLSSTAEEEEEKFMIVSVTGQTCHFKATTYEERD 290 300 310 320 330 340 410 420 430 440 450 460 KIAA04 IWMSVLQNSKEEALNNAFKGDDNTGENNIVQELTKEIISEVQRMTGNDVCCDCGAPDPTW :....:.. .:.. ... ........ .. .: : ::. : :: . .: : KIAA19 AWVQAIQSQILASLQSC---ESSKSKSQLTSQSEAMALQSIQNMRGNSHCVDCETQNPKW 350 360 370 380 390 400 470 480 490 500 510 520 KIAA04 LSTNLGILTCIECSGIHRELGVHYSRMQSLTLDVLGTSELLLAKNIGNAGFNEIMECCLP : :::.: ::::::::: ::.. ::..:: :: . . ..::: : : : KIAA19 ASLNLGVLMCIECSGIHRSLGTRLSRVRSLELDDWPVELRKVMSSIGNDLANSIWEG--S 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 KIAA04 AEDSVKPNPGSDMNARKDYITAKYIERRYARKKHADNAAKLHSLCEAVKTRDIFGLLQAY .. ..::. : . .. .: .:: .. . . . . : .:. .:. . KIAA19 SQGQTKPSIESTREEKERWIRSKYEHKLFLAPLPCTELSLGQHLLRATADEDLRTAILLL 460 470 480 490 500 510 590 600 610 620 630 640 KIAA04 ADGVDLTEKIPLANGHEPDETALHLAVRSVDRTSLHIVDFLVQNSGNLDKQTGKGSTALH : : :.. . :. :::::: : . .. ....:. . .. . ..:.::: KIAA19 AHGS--REEVNETCGEGDGCTALHLACR---KGNVVLAQLLIWYGVDVMARDAHGNTALT 520 530 540 550 560 570 650 660 670 680 690 700 KIAA04 YCCLTDNAECLKLLLRGKASIEIANESGETPLDIAKRLKHEHCEELLTQALSGRFNSHVH : ... ::...::. KIAA19 YARQASSQECINVLLQYGCPDECV 580 590 >>KIAA1099 ( 864 res) hk07834 (864 aa) initn: 279 init1: 247 opt: 382 Z-score: 165.9 bits: 42.0 E(): 0.0004 Smith-Waterman score: 382; 27.208% identity (59.364% similar) in 283 aa overlap (377-658:558-830) 350 360 370 380 390 400 KIAA04 KNGFLTISHGTANRPPAKLNLLTCQVKTNPEEKKCFDLIS-HDRTYHFQAEDEQECQIWM ::. : ..: .:.::.: .: . :. KIAA10 SPHANRKKHRRKKSTSNFKADGLSGTAEEQEENFEFIIVSLTGQTWHFEATTYEERDAWV 530 540 550 560 570 580 410 420 430 440 450 460 KIAA04 SVLQNSKEEALNNAFKGDDNTGENNIVQELTKEIISEVQRMTGNDVCCDCGAPDPTWLST ...... .:.. ... ... .... .. .. : ::. : :: . .:.: : KIAA10 QAIESQILASLQSC---ESSKNKSRLTSQSEAMALQSIRNMRGNSHCVDCETQNPNWASL 590 600 610 620 630 640 470 480 490 500 510 520 KIAA04 NLGILTCIECSGIHRELGVHYSRMQSLTLDVLGTSELLLAKNIGNAGFNEIMECCLPAED ::: : :::::::::.::.: ::..:: :: . . ..::: : . : .. 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KIAA10 QASSQECIDVLLQYGCPDERFVLMATPNLSRRNNNRNNSSGRVPTII 820 830 840 850 860 >>KIAA0167 ( 844 res) ha01026 (844 aa) initn: 311 init1: 285 opt: 379 Z-score: 164.9 bits: 41.8 E(): 0.00046 Smith-Waterman score: 379; 29.474% identity (58.596% similar) in 285 aa overlap (377-658:525-797) 350 360 370 380 390 400 KIAA04 KNGFLTISHGTANRPPAKLNLLTCQVKTNPEEKKCFDLISHD-RTYHFQAEDEQECQIWM ::. : ..: .:.::.: . .: . :. KIAA01 EPPPSPMVKKQRRKKLTTPSKTEGSAGQAEEENFEFLIVSSTGQTWHFEAASFEERDAWV 500 510 520 530 540 550 410 420 430 440 450 460 KIAA04 SVLQNSKEEALNNAFKGDDNTGENNIVQELTKEIISEVQRMTGNDVCCDCGAPDPTWLST ...... .:. .. . .. . .. :. .. ::..: :::::.::: : KIAA01 QAIESQILASLQCCESSKVKLRTDSQSEAVA---IQAIRNAKGNSICVDCGAPNPTWASL 560 570 580 590 600 610 470 480 490 500 510 520 KIAA04 NLGILTCIECSGIHRELGVHYSRMQSLTLDVLGTSELLLAKNIGNAGFNEIMECCLPAED ::: : :::::::::.::.: ::..:: :: :. ::: :.. : .. 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