# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj00010.fasta.huge -Q ../query/KIAA0397.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0397, 1016 aa vs ./tmplib.23147 library 1986489 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8729+/-0.00625; mu= 21.6028+/- 0.427 mean_var=144.1450+/-34.044, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.106825 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1941 ( 1233 res) ah04470 (1233) 1326 216.8 1.4e-56 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 193 41.8 0.00039 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 165 37.6 0.0086 >>KIAA1941 ( 1233 res) ah04470 (1233 aa) initn: 3182 init1: 1298 opt: 1326 Z-score: 1107.6 bits: 216.8 E(): 1.4e-56 Smith-Waterman score: 3468; 50.759% identity (67.369% similar) in 1186 aa overlap (29-1016:64-1233) 10 20 30 40 50 KIAA03 GPLGAASCHTMGSAEDAVKEKLLWNVKKEVKQIMEEAVTRKFVHEDSSHIIALCGAVE .::::::::::::::::::::::..:.::: KIAA19 CGEQCSPFGAPIPRSPWSPWTSSPPVTFAFQVKQIMEEAVTRKFVHEDSSHIISFCAAVE 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 KIAA03 ACLLHQLRRRAAGFLRSDKMAALFTKVGKTCPVAGEICHKVQELQQQAEGRKPS--GVSQ ::.:: :::::::::::.:.:::: ::::. : : .. .:::.:.: :. . . :. : KIAA19 ACVLHGLRRRAAGFLRSNKIAALFMKVGKNFPPAEDLSRKVQDLEQLIESARNQIQGL-Q 100 110 120 130 140 150 120 130 140 150 160 170 KIAA03 EALRRQGSASGKAPALSPQALKHVWVRTALIEKVLDKVVQYLAENCSKYYEKEALLADPV : .:. : : ::: :.::.:.::::.::::::.:.::.:: :::::::::: ::: KIAA19 ENVRKLP----KLPNLSPLAIKHLWIRTALFEKVLDKIVHYLVENSSKYYEKEALLMDPV 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 KIAA03 FGPILASLLVGPCALEYTKLKTADHYWTDPSADELVQRHRIRGPPTRQDSPAKRPALGIR ::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::.. .:::::.::::: :. 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