# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj00020s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0387.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0387, 1042 aa vs ./tmplib.23147 library 1986463 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1584+/-0.00706; mu= 1.7887+/- 0.477 mean_var=210.6747+/-50.651, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.088363 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0283 ( 1471 res) ha06139s1 (1471) 645 95.8 4.6e-20 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 309 52.9 3.5e-07 >>KIAA0283 ( 1471 res) ha06139s1 (1471 aa) initn: 683 init1: 202 opt: 645 Z-score: 452.2 bits: 95.8 E(): 4.6e-20 Smith-Waterman score: 653; 31.982% identity (60.135% similar) in 444 aa overlap (617-1041:752-1182) 590 600 610 620 630 640 KIAA03 ANVQNVTTEDVEKATVDNKDKLEETSGLKILQTGVGSKSKLKFLPPQAEQEDSTKF---I : : .: .. . . :. . ....:. : KIAA02 NPPLSPLKSYSIYFQALSKANGETKINCVRLATKGASTQNSNTVEPEKQVDNTVKMAGVI 730 740 750 760 770 780 650 660 670 680 690 700 KIAA03 ALTLVSLACILGVLLASGLIYCLRHSSQHRLKEKLSGLGGDPGADATAAYQELCRQRMAT : :. . .:::.:. : :.. .. ::. ..: .:. : KIAA02 AGLLMFIIILLGVMLT---IKRRRNAYSYSYYLKLA---KKQKETQSGAQREMGPVASAD 790 800 810 820 830 710 720 730 740 750 KIAA03 RPPDRPEGPHTSRISSVSSQ----FSDGP---IPSPSARSSASSW-SEEPVQSNM--DIS .: . . .... : ::: :.:: . .:. .. . . .::. .. : KIAA02 KPTTKLSASRNDEGFSSSSQDVNGFTDGSRGELSQPTLTIQTHPYRTCDPVEMSYPRDQF 840 850 860 870 880 890 760 770 780 790 800 KIAA03 TGHMILSYMEDHLKNKNR-----LEKEWEALCAYQAEPNSSFVAQREENVPKNRSLAVLT . .. . .:. . .: ...:.::: ... : .:...:: ::: ... 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