# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00802.fasta.huge -Q ../query/KIAA0385.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0385, 1380 aa vs ./tmplib.23147 library 1986125 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9684+/-0.00809; mu= 5.5780+/- 0.542 mean_var=441.9766+/-105.949, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.061006 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0425 ( 1270 res) hh01272 (1270) 733 80.0 3e-15 >>KIAA0425 ( 1270 res) hh01272 (1270 aa) initn: 2436 init1: 683 opt: 733 Z-score: 365.5 bits: 80.0 E(): 3e-15 Smith-Waterman score: 3025; 40.831% identity (66.015% similar) in 1227 aa overlap (314-1380:56-1265) 290 300 310 320 330 340 KIAA03 PNDEDFVPFRPRRSPRMSLRSSVSQRAGRSAVGTKMTCAHCRTPLQKGQTAYQRKGLPQL :......:. :. :::::::::::: :: KIAA04 SGSPLAPQLTTGFQPSLASSGMNKMLPSVPATAVRVSCSGCKKILQKGQTAYQRKGSTQL 30 40 50 60 70 80 350 360 370 380 390 KIAA03 FCSSSCLTTFSKKPS------GKKTCTFCKKEIWNTKDSVVAQTGSGGSFHEFCTSVCLS :::. ::: .. :. ::::. :.:.: : :: . :: . . ..::.. ::: KIAA04 FCSTLCLTGYTVPPARPPPPLTKKTCSSCSKDILNPKDVISAQFENTTTSKDFCSQSCLS 90 100 110 120 130 140 400 410 420 430 440 450 KIAA03 LYEAQQQRPIPQSGDPADATRCSICQKTGEVLHEVSNGSVVHRLCSDSCFSKFRANKGLK :: .. .:: . . .:.::.:::.. . :::. .:::.::::.::::::. ..: KIAA04 TYELKK-KPIVTINTNSISTKCSMCQKNAVIRHEVNYQNVVHKLCSDACFSKFRSANNLT 150 160 170 180 190 200 460 470 480 490 500 510 KIAA03 TNCCDQCGAYIYTKTGSPGPELLFHEGQQKRFCNTTCLGAYKKKNTRVYPCVWCKTLCKN :::..::.: :. :: ..: :::.:.::...:. :::.:.... ::. ::.: .. KIAA04 MNCCENCGGYCYS--GSGQCHMLQIEGQSKKFCSSSCITAYKQKSAKITPCALCKSLRSS 210 220 230 240 250 260 520 530 540 550 560 570 KIAA03 FEMLSHVDRNGKTSLFCSLCCTTSYKVKQAGLTGPPRPCSFCRRSLSDPCYYNKV-DRTV ::. ... ::: ::::. : ..:.::.. .: :. :. : . : :. . : .. KIAA04 AEMIENTNSLGKTELFCSVNCLSAYRVKMVTSAGVQVQCNSCKTS-AIPQYHLAMSDGSI 270 280 290 300 310 320 580 590 KIAA03 YQFCSPSCWTKFQR----------------------------TSPEGG------------ .::: :: . :: : :: KIAA04 RNFCSYSCVVAFQNLFNKPTGMNSSVVPLSQGQVIVSIPTGSTVSAGGGSTSAVSPTSIS 330 340 350 360 370 380 600 610 620 630 KIAA03 -----------------------IHLSCHYCHSLFSGKPEVLDWQDQVFQFCCRDCCEDF ..:.:..:. ::. :::.::.. ..:::: ..: ... KIAA04 SSAAAGLQRLAAQSQHVGFARSVVKLKCQHCNRLFATKPELLDYKGKMFQFCGKNCSDEY 390 400 410 420 430 440 640 650 660 670 680 690 KIAA03 KRLRGVVSQCEHCRQEKLLHEKLRFSGVEKSFCSEGCVLLYKQDFTKKLGLCCITCTYCS :.. .:...::.:. ::...: .::::..:::::::: ::::.:..:. : : :.:: KIAA04 KKINNVMAMCEYCKIEKIVKETVRFSGADKSFCSEGCKLLYKHDLAKRWGNHCKMCSYCL 450 460 470 480 490 500 700 710 720 730 740 750 KIAA03 QTCQRGVTEQLDGSTWDFCSEDCKSKYLLWYCKAARCHACKRQGKLLETIHWRGQIRHFC :: . : ..: :.. .:: :.: ::: . . . :.: :::::::: :...:::...::: KIAA04 QTSPKLVQNNLGGKVEEFCCEECMSKYTVLFYQMAKCDACKRQGKLSESLKWRGEMKHFC 510 520 530 540 550 560 760 770 780 790 KIAA03 NQQCLLRFYSQQ---------NQPNLD----TQSGPESLLNSQSPE-----SKPQTPSQT : :.: : .:: : :.. ...:: :: ....: : ..:. KIAA04 NLLCILMFCNQQSVCDPPSQNNAANISMVQAASAGPPSLRKDSTPVIANVVSLASAPAAQ 570 580 590 600 610 620 800 810 820 830 840 850 KIAA03 KVENSNTVRTPEENGNLGKIPVKTRSAPTAPTPPPPPPPATPRKNKAAMCKPLMQNRGVS . :::.: .:: . :. : :: : :::: .:::. :....: KIAA04 PTVNSNSVLQGAVPTVTAKI-IGDASTQTDALKLPPSQPPRLLKNKALLCKPITQTKATS 630 640 650 660 670 680 860 870 880 890 900 910 KIAA03 CKVEMKSKGSQTEEW--KPQVIVLPIPVPIFVPVPMHLYCQKVPVPFSMPIPVPVPMFLP :: . ..: :::. .::.::.:.:::.:::.:.::: : .::::..:.:.::::..: KIAA04 CKPHTQNKECQTEDTPSQPQIIVVPVPVPVFVPIPLHLYTQYAPVPFGIPVPMPVPMLIP 690 700 710 720 730 740 920 930 940 950 960 KIAA03 TTLESTDKIVETIEELKVKIPSNPLEADILAMAEMIAEAEE---LDKASSD------LCD ....: ::..:.::..: :.:..:.:::.: ::::::: :: :... :. . : KIAA04 SSMDSEDKVTESIEDIKEKLPTHPFEADLLEMAEMIAEDEEKKTLSQGESQTSEHELFLD 750 760 770 780 790 800 970 980 990 1000 KIAA03 LVSNQSAEGLLEDCDLFGPA-------RDDVLAMAVKMANVLD-----------EPGQDL .. .: . :: . : .... .:.: : . : ::: KIAA04 TKIFEKDQGSTYSGDLESEAVSTPHSWEEELNHYALKSNAVQEADSELKQFSKGETEQDL 810 820 830 840 850 860 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 EADFPKNPLD-INPSVDFLFDCGLVGPEDVSTEQD-LPRTMRKGQKRLVLS-ESCSRDSM :::::.. .: .: . . . . ..: .:. :.:.:. ... : : . KIAA04 EADFPSDSFDPLNKGQGIQ-----ARSRTRRRHRDGFPQPRRRGRKKSIVAVEPRSLIQG 870 880 890 900 910 1070 1080 1090 1100 KIAA03 SSQP-SCTG--LNYSYGVNAWKCWVQSKYANGETSKGDELRFG--------PK--PM--- . : : .: :.: ::::::: ::: : :.. .:: :. : :. :. KIAA04 AFQGCSVSGMTLKYMYGVNAWKNWVQWK--NAKEEQGD-LKCGGVEQASSSPRSDPLGST 920 930 940 950 960 970 1110 1120 1130 1140 KIAA03 -------------------RIKEDILACSAAELNYGLAQFVREITRPNGERYEPDSIYYL ..:::::.:. :::. :: ::..:. :::::.:.:::: :: KIAA04 QDHALSQESSEPGCRVRSIKLKEDILSCTFAELSLGLCQFIQEVRRPNGEKYDPDSILYL 980 990 1000 1010 1020 1030 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA03 CLGIQQYLLENNRMVNIFTDLYYLTFVQELNKSLSTWQPTLLPNNTVFSRVEEEHLWECK ::::::::.::.:. ::::. : :. ::.: :. :.::.:::. .:::.::::::::: KIAA04 CLGIQQYLFENGRIDNIFTE-PYSRFMIELTKLLKIWEPTILPNGYMFSRIEEEHLWECK 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA03 QLGVYSPFVLLNTLMFFNTKFFGLQTAEEHMQLSFTNVVRQSRKCTTPRGTTKVVSIRYY :::.:::.::::::.:::::.: :... ::..:::..:.:..: : . .::.. .:.. KIAA04 QLGAYSPIVLLNTLLFFNTKYFQLKNVTEHLKLSFAHVMRRTR---TLKYSTKMTYLRFF 1100 1110 1120 1130 1140 1270 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA03 APVRQRKGRDTG--PGKRKR--EDEAPI-LEQRENRMNPLRCPVKFYEFYLSKCPESLRT :....... ::::: .::.:. .:. :: :::::::..:::::::: ::.. KIAA04 PPLQKQESEPDKLTVGKRKRNEDDEVPVGVEMAENTDNPLRCPVRLYEFYLSKCSESVKQ 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA03 RNDVFYLQPERSCIAESPLWYSVIPMDRSMLESMLNRILAVREIYEELGRPGEEDLD :::::::::::::. .::.:::..:.: . :..::.::: :::..:::.. :: : KIAA04 RNDVFYLQPERSCVPNSPMWYSTFPIDPGTLDTMLTRILMVREVHEELAKAKSEDSDVEL 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA04 SD 1270 1380 residues in 1 query sequences 1986125 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:24 2008 done: Thu Dec 18 15:19:25 2008 Total Scan time: 0.810 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]