# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00388.fasta.huge -Q ../query/KIAA0376.ptfa ./tmplib.23147 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0376, 885 aa
 vs ./tmplib.23147 library

1986620 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7156+/-0.00817; mu= -16.4586+/- 0.545
 mean_var=476.0538+/-122.296, 0's: 0 Z-trim: 15  B-trim: 78 in 1/39
 Lambda= 0.058782

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1081  ( 1003 res)   bg00262                    (1003)  296 40.2  0.0014


>>KIAA1081  ( 1003 res)   bg00262                         (1003 aa)
 initn: 211 init1: 130 opt: 296  Z-score: 156.1  bits: 40.2 E(): 0.0014
Smith-Waterman score: 313;  22.890% identity (53.791% similar) in 699 aa overlap (12-674:155-803)

                                  10        20        30        40 
KIAA03                    RTATECDVRMSKSKSDNQISDRAALEAKVKDLLTLAKTKDV
                                     ..  :: : :   :....:..:     .. 
KIAA10 ASSGVASDTIAFGEHHLPPVSMASTVPHSLRQARDNTIMD---LQTQLKEVL-----REN
          130       140       150       160          170           

              50        60        70        80        90       100 
KIAA03 EILHLRNELRDMRAQLGINEDHSEGDEKSEKETIMAHQPTDVESTLLQLQEQNTAIREEL
       ..:.   :... . . ..:  ..  . . .::  . .   :  : .   .::  ...:: 
KIAA10 DLLRKDVEVKESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRK---DEASKITIWKEQYRVVQEEN
        180       190       200       210          220       230   

             110       120       130       140       150       160 
KIAA03 NQLKNENRMLKDRLNALGFSLEQRLDNSEKLFGYQSLSPEITPGNQSDGGGTLTSSVEGS
       ....   . :.:.:  .  .:.: .... .    .    :.:  : .     : .  : .
KIAA10 QHMQMTIQALQDELR-IQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQ----RLHAEHERQ
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KIAA03 APGSVEDLLSQDENTLMDHQHSNSMDNLDSECSEVYQPLTSSDDALDAPSSSESEGIPSI
       :        . .:  :  . ......  :   ... . : :.  .:.: .. :..     
KIAA10 AKELFLLRKTLEEMELRIETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSK--GLSAKATEEDH-----
      290       300       310       320       330         340      

             230       240       250       260             270     
KIAA03 ERSRKGSSGNASEVSVACLTERIHQMEENQHSTSEELQATLQELAD------LQQITQEL
       ::.:. .    .:. :  :   ..: :...    ::..  ...  :      :: . .  
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KIAA03 NSE---NER----LGEEKVILMESLCQQSDKLEHFSRQIEYFRSLLDEHHISYVIDEDVK
       .:.    ::    : ::  .:  .   .... :.  .:.: .::     : ... .   :
KIAA10 DSKISSMERGLRDLEEEIQMLKSNGALSTEEREEEMKQMEVYRS-----HSKFMKN---K
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KIAA03 SGRY-MELEQRYMDL-AENARFER--EQLLGVQQH---LSNTLKMAEQDNKEAQEMIGAL
        :.  .:: ..  .: : ....:   .:.   .::   :...:   ::     :  . ::
KIAA10 IGQVKQELSRKDTELLALQTKLETLTNQFSDSKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDAL
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KIAA03 KERSHHMERIIESEQKGKAALAATLEEYKATVASDQIEMNRLKAQLENEKQKVAELYS-I
       . : .. : ..... :    .:    : :.: :.   :.. :: .:. ...::  : . :
KIAA10 RLRLEEKETMLNKKTKQIQDMA----EEKGTQAG---EIHDLKDMLDVKERKVNVLQKKI
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KIAA03 HNSGDK--------SDIQDLLESVRLDKEKAETLASSLQEDLAHTRNDANRLQDAIAKVE
       .:  ..        :.... ..:.. :  ...:  ..:.: ::. .   .::..   . :
KIAA10 ENLQEQLRDKEKQMSSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEALAEKERTIERLKEQRDRDE
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KIAA03 DEYRAFQEEAKKQIEDLNMTLEKLRSDLDEKETERSDMKETIFELEDEVEQHRAVKLHDN
        : .   .. ::...::.  .  :..::.:::.   :.::    : .         :. .
KIAA10 REKQEEIDNYKKDLKDLKEKVSLLQGDLSEKEASLLDLKEHASSLASS-------GLKKD
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KIAA03 LIISDLENTVKKLQDQKHDMEREIKTLHRRLREESA--EWRQFQADLQTAVVIANDIKSE
         .. :: .... ...   :: ..:  :.   :  :  :  .    :.  ..  .: .:.
KIAA10 SRLKTLEIALEQKKEECLKMESQLKKAHEAALEARASPEMSDRIQHLEREITRYKDESSK
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       :: :.  : . :.:.. :::.:  :  ::: . ::. ...  .: :  . . ::.  .: 
KIAA10 AQAEVDRLLEILKEVENEKNDKDKKIAELESLTSRQVKDQNKKVANLKHKEQVEKKKSA-
        740       750       760       770       780       790      

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KIAA03 RQGMGLSRRSSTSSEPTPTVKTLIKSFDSASQVPNPAAAAIPRTPLSPSPMKTPPAAAVS
        : .  .::                                                   
KIAA10 -QMLEEARRREDNLNDSSQQLQDSLRKKDDRIEELEEALRESVQITAEREMVLAQEESAR
          800       810       820       830       840       850    




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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]