# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01842.fasta.huge -Q ../query/KIAA0354.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0354, 730 aa vs ./tmplib.23147 library 1986775 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4892+/-0.0081; mu= 10.9645+/- 0.553 mean_var=259.6451+/-63.463, 0's: 0 Z-trim: 64 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.079595 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0997 ( 646 res) hk08613 ( 646) 280 45.8 1.6e-05 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 274 45.1 2.6e-05 KIAA1227 ( 1069 res) fh04710 (1069) 260 43.8 0.0001 KIAA0414 ( 492 res) hh00161 ( 492) 245 41.5 0.00023 KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 240 41.2 0.0004 KIAA1129 ( 625 res) hg04330 ( 625) 235 40.6 0.00057 KIAA1490 ( 749 res) fj08103 ( 749) 236 40.8 0.00058 KIAA1900 ( 582 res) fk07650 ( 582) 227 39.6 0.001 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 225 39.3 0.0012 KIAA0132 ( 637 res) ha01449s1 ( 637) 225 39.4 0.0013 KIAA1354 ( 632 res) fj01502 ( 632) 223 39.2 0.0015 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 222 39.0 0.0015 KIAA1309 ( 639 res) fh10381 ( 639) 218 38.6 0.0022 KIAA1993 ( 532 res) bg00180 ( 532) 216 38.3 0.0024 KIAA1388 ( 599 res) fj06552 ( 599) 216 38.3 0.0025 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 216 38.6 0.003 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 213 37.9 0.0031 KIAA1190 ( 174 res) hg03443a ( 174) 205 36.2 0.0032 KIAA1687 ( 728 res) fh26020 ( 728) 214 38.3 0.0033 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 211 37.7 0.0037 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 211 37.8 0.0037 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 213 38.3 0.004 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 210 37.7 0.0041 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 209 37.7 0.0048 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 208 37.4 0.0049 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 206 37.0 0.0049 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 207 37.3 0.0053 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 207 37.4 0.0057 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 201 36.5 0.0078 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 200 36.4 0.0082 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 200 36.4 0.0082 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 202 37.0 0.0091 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 199 36.4 0.0098 >>KIAA0997 ( 646 res) hk08613 (646 aa) initn: 307 init1: 181 opt: 280 Z-score: 190.9 bits: 45.8 E(): 1.6e-05 Smith-Waterman score: 339; 20.845% identity (51.020% similar) in 686 aa overlap (54-713:3-627) 30 40 50 60 70 80 KIAA03 PTSSDTAESDRRGVTASFSEEEGGGARLRIMDFPGHFEQIFQQLNYQRLHGQLCDCVIVV : :.: ..:::: :: : :::: :.. 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KIAA09 LQEHAQRCGEP--QDLTMNGLG--NTEEKMDLEENPDEQSEI---RDMFVEM--LDDFRD 470 480 490 500 510 610 620 630 640 650 KIAA03 SQIPENSTSSQLMMNGATSSFENGHPSQPGPPQLTRASADVLSKC------KKALSEHNV .. :: ... ... .. :. :. . .. .:.: :.:. :.: KIAA09 NHYQINSIQKKQLFKHSACPFRC--PNCGQRFETENLVVEHMSSCLDQDMFKSAIMEENE 520 530 540 550 560 570 660 670 680 690 700 710 KIAA03 LVVEGARKYACKICCKTFLTLTDCKKHIRVHTGEKPYACLKCGKRFSQSSHLYKHSKTTC . ::. :..: : : ..: ::: :: ..: :::.: . .: :. 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KIAA10 QRLSTASVIQARYRGLVDGRKGAHAPQELPQAKGSD-DEL--F----LGGSNQDSVQGLG 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 310 KIAA03 QRLRPSIDESAISDVTPE-NGPSGVHSREEFFSPDSLKIVDNPKADGMTDNQEDSAIMFD . . :. :.... . :: :: .: .. .. . : . : . .:.: . : KIAA10 RAVCPAGGEAGLGGCSSSTNGSSGGCEQELGLDLSKKSPPLPPATPGPHLTPDDAAQLSD 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 KIAA03 QSFGTQEDAQVPSQSDNSAGNMAQLSMASRATQVETSFDQEAAPEKSSFQCENPEVGLGE .. :. :..: . ::: :.. . . .: :.: .. : : : KIAA10 SQHGSPPAASAPPVA-NSA------SYSELGGTPDEPMDLEGAEDNHLSLLEAP--GGQP 300 310 320 330 340 380 390 400 410 420 430 KIAA03 KEHMRVVVKSEPLSSPEPQDEVSDVTSQAEGSESVEVEGVVVSAEKIDLSPESSDRSFSD .. .: .... .. :: . :: :. . .:.. KIAA10 RKSLRHSTRKKEWGKKEP----------VAGSPF----------ERREAGPKGP-----C 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 KIAA03 PQSSTDRVGDIHILEVTNNLEHKSTFSISNFLNKSRGNNFTANQNNDDNIPNTTSDCRLE : . ::: .: :.. ... . . :. .....: ... : KIAA10 PGEEGEGVGD----RVPNGILASGAGPSGPY-----GEPPYPCKEEEENGKDASED---- 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 550 KIAA03 SEAPYLLSPEAGPAGGPSSAPGSHVENPFSEPADSHFVRPMQEVMGLPCVQTSGYQGGEQ : ..: :: . : . .. . . . . . .::.. :. ..:: KIAA10 -------SAQSGSEGGSGHASAHYM---YRQEGYETVSYGDNLYVCIPCAK--GFPSSEQ 440 450 460 470 560 570 580 590 600 610 KIAA03 FGMDF-SRSGLGLH-SSFSRVMIGSPRGGASNFPYYRRIAPKMPVVTSVRSSQIPENSTS .. ... : . . :: ::: . ::. .. : . :. KIAA10 LNAHVETHTEEELFIKEEGAYETGS--GGAEE-EAEDLSAPSAAYTAEPRPFK---CSVC 480 490 500 510 520 530 620 630 640 650 660 KIAA03 SQLMMNGAT-SSFENGHP-SQPGPPQLTRASADVLSKCKKALSEHNVLVVE-----GARK . . . :: . :. : ..: : .. : : ........ . : . KIAA10 EKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNI----------CGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKP 540 550 560 570 580 670 680 690 700 710 720 KIAA03 YACKICCKTFLTLTDCKKHIRVHTGEKPYACLKCGKRFSQSSHLYKHSKTTCLRWQSSNL .:: : : .:.:::.::::: : :: .:.:. .: .: KIAA10 FACDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQQRNLISHLRMHTSPS 590 600 610 620 630 730 KIAA03 PSTLL >>KIAA1227 ( 1069 res) fh04710 (1069 aa) initn: 310 init1: 171 opt: 260 Z-score: 176.5 bits: 43.8 E(): 0.0001 Smith-Waterman score: 335; 23.270% identity (54.492% similar) in 679 aa overlap (57-715:13-599) 30 40 50 60 70 80 KIAA03 SDTAESDRRGVTASFSEEEGGGARLRIMDFPGHFEQIFQQLNYQRLHGQLCDCVIVVGNR :.: .... :: .::.::::: ...::.. KIAA12 TQAMEGLLHYINPAHAISLLSALNEERLKGQLCDVLLIVGDQ 10 20 30 40 90 100 110 120 130 140 KIAA03 HFKAHRSVLAACSTHFRALFSVAEGDQTMNMIQLDSEVVTAEAFAALIDMMYTSTLMLGE .:.::..:::: : .:..::. : .......::: .:: .....:.:.:.. . 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KIAA12 ---DSSVVYAKSLEH--SG--SLDD---PNRISLV---KRNAVLPSKPLQDREAM-DDKP 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 KIAA03 GTQEDAQVPS-QSDNSAGNMAQLSMASRATQVETSFDQEAAPEKSSFQCENPEVGLGEKE :.. .:.:. .. . : . . . : .. :: . . . .:.. : :. .. : KIAA12 GVS--GQLPKGKALELALKRPRPPVLSVCSSSETPYLLKET-NKGNGQGEDRNLLYYSKL 260 270 280 290 300 310 380 390 400 410 420 430 KIAA03 HMRVVVKSEPLSSPEPQDEVSD-VTSQAEGSESVEVEGVVVSAEKIDLSPESSDRSFSDP . :. .: :. . :. . : : . : :.. . : : . .::: .::. : : KIAA12 GL-VIPSSGSGSGNQSIDRSGPLVKSLLRRSLSMDSQ-VPVYSPSIDL--KSSQGSSS-- 320 330 340 350 360 370 440 450 460 470 480 490 KIAA03 QSSTDRVGDIH-ILEVTNNLEHKSTFSISN----FLNKSRGNNFTANQNNDDNIPNTTSD :.: :.. : ..:. : . . :. : .:.:.:..: . . ... KIAA12 -VSSDAPGNVLCALSQKSSLKDCSEKTALDDRPQVLQPHRLRSFSASQSTDREGASPVTE 380 390 400 410 420 500 510 520 530 540 550 KIAA03 CRLESEAPYLLSPEAGPAGGPSSAPGSHVENPFSEPADSHFVRPMQEVMGLPCVQTSGYQ :...: ::: :.:.:.: ..: . . . :.. KIAA12 VRIKTE--------------PSS--------PLSDPSD--IIR-----VTVGDAATTAAA 430 440 450 460 560 570 580 590 600 610 KIAA03 GGEQFGMDFSRSGLGLHSSFSRVMIGSPRGGASNFPYYRRIAPKMPVVTSVRSSQIPENS .. . :.: . ....::. : . : ::. : . .. ..: . :.. KIAA12 SSSSVTRDLSLKTEDDQKDMSRL----P--AKRRFQADRRL-PFKKLKVNEHGSPVSEDN 470 480 490 500 510 620 630 640 650 660 KIAA03 TSSQLMMNGATSSFENGHPSQPGPPQLTRASADVLSKCKKALSEHNVLVVEGAR---KYA ::.: . : : :. . : ..: .::.: :. KIAA12 -------------FEEG-----SSPTLLDADFPDSDLNKDEFGE-----LEGTRPNKKFK 520 530 540 550 670 680 690 700 710 720 KIAA03 CKICCKTFLTLTDCKKHIRV-HTGEKPYACLKCGKRFSQSSHLYKHSKTTCLRWQSSNLP :: : : : . . ..:. . :. :::::: : ::: . ... : .: KIAA12 CKHCLKIFRSTAGLHRHVNMYHNPEKPYACDICHKRFHTNFKVWTHCQTQHGIVKNPSPA 560 570 580 590 600 610 730 KIAA03 STLL KIAA12 SSSHAVLDEKFQRKLIDIVREREIKKALIIKLRRGKPGFQGQSSSQAQQVIKRNLRSRAK 620 630 640 650 660 670 >>KIAA0414 ( 492 res) hh00161 (492 aa) initn: 276 init1: 163 opt: 245 Z-score: 170.3 bits: 41.5 E(): 0.00023 Smith-Waterman score: 248; 24.235% identity (52.941% similar) in 425 aa overlap (43-447:25-420) 20 30 40 50 60 70 KIAA03 KSRNGDAGQDVPTSSDTAESDRRGVTASFSEEEGGGARLRIMDFPGHFEQIFQQLNYQRL : : : .:. .:: :.:.:: :: KIAA04 NKFIFGLEFVLIFLSLVAPNKICDEMEPGTNSFRV-EFPDFSSTILQKLNQQRQ 10 20 30 40 50 80 90 100 110 120 130 KIAA03 HGQLCDCVIVVGNRHFKAHRSVLAACSTHF--RALFSVAEGDQTMNMIQLDSEVVTAEAF .::::: ::: .. :.::..:::: : .: ..:.. .. .. : :.. ..: KIAA04 QGQLCDVSIVVQGHIFRAHKAVLAASSPYFCDQVLLK-----NSRRIVLPD--VMNPRVF 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 KIAA03 AALIDMMYTSTLMLGESNVMDVLLAASHLHLNSVVKACKHYL----TTRTLPMSPPSERV .. ::. :.. .... : ::: :.. :: : . : :. .. :.. KIAA04 ENILLSSYTGRLVMPAPEIVSYLTAASFLQMWHVVDKCTEVLEGNPTVLCQKLNHGSDHQ 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 KIAA03 QEQSARMQ---RSFMLQQLGLSIVSSALNSSQNGEEQPAPMSSSMRSNLDQRTPFPMRRL . .:. .. .:: : . : . .: . ..::.. .. . :.: .. .: KIAA04 SPSSSSYNGLVESFELGSGGHTDFPKA-QELRDGENEEESTKDELSSQLTEHEYLPSNSS 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA03 HKRKQSAEERARQRLRPSIDESAISDVT-PE-NGPSGV-HSREEFFSPDSLKIVDNPKAD .. . . : : : . . ..:: : : . :: . :.: .:. :. . KIAA04 TEHDRLSTEMASQDGEEGASDSAEFHYTRPMYSKPSIMAHKRWIHVKPERLE----QACE 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 KIAA03 GMTDNQEDSAIMFDQSFGTQEDAQVPSQSD-NSAGNMAQLSMASRATQVETSFDQEAAPE :: : .:. :. : .. . .: .. .. . .::. ::..: . KIAA04 GM-----DVHATYDEHQVTESINTVQTEHTVQPSGVEEDFHIGEK--KVEAEFDEQA--D 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 KIAA03 KSSFQCENPEVGLGEKEHMRVVVKSEPLSSPEPQDEVSDVTSQAEGSESVE-VEGVVVSA .:... . : . .: : :. . . .... : ::..: : :. : KIAA04 ESNYDEQVDFYGSSMEEF------SGERSDGNLIGHRQEAALAAGYSENIEMVTGIKEEA 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 KIAA03 EKIDLS------PESSDRSFSDPQSSTDRVGDIHILEVTNNLEHKSTFSISNFLNKSRGN .. .: : . .::. .:. :: ..:. 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