# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01758y1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0353.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0353, 1614 aa vs ./tmplib.23147 library 1985891 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6648+/-0.00671; mu= 1.3610+/- 0.452 mean_var=293.2765+/-69.525, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.074892 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034) 440 62.4 5.6e-10 >>KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034 aa) initn: 378 init1: 191 opt: 440 Z-score: 271.0 bits: 62.4 E(): 5.6e-10 Smith-Waterman score: 496; 25.052% identity (52.296% similar) in 958 aa overlap (5-888:57-983) 10 20 30 KIAA03 VPGLSRSRPSLRASGAAARPER-RGGEDETGTRP : .: :. :...: : : ::. ..: KIAA08 HGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSV--SSVSASPSRFRGAGAASSTDS 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 KIAA03 GQEGAGQPREPRTPGKMLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLEEELR . .. :. : :.. . . :: .:: :: :. :. .::.:: .: :: : KIAA08 LDTLSNGPE-----GCMVAVATSRS-EKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEAHNRSLEGEAA 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 KIAA03 G-RRGREGLWAEGQARCAEEARSLRQQLDELSWATALAEGERDALRRELREL-QRLDAEE . :. . : : :. .:.: .: . .:. : . . :.. : ... .. :::: : KIAA08 ALRQQQAGRSAMGELY-EREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAHVRQRLDDE- 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 KIAA03 RAARGRLDAELGAQQ--RELQEALGARAALEALLGRLQAERRGLDAAHERDVRELRAR-- :: : .:: .:. : ::: .::. :. :: : : :...: :: .. KIAA08 --ARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGELLGQIQ 200 210 220 230 240 250 210 220 230 240 250 KIAA03 ---AASLTMHFRARATGPAAPPPRLREV------HDSYALLVAESW-RETVQLYEDEVRE ::. :. ..: . :::. : . : .: : : .. . .. KIAA08 GSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRLSEAAKV 260 270 280 290 300 310 260 270 280 290 300 310 KIAA03 LEEALRRGQESRLQAEEETRLCAQEAEALRREALGLEQLRARLEDALLRMREEYGIQAEE .:.: .:: . ... . . : :::. .::. :..::: :.. : . KIAA08 NTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELED-----RHQADIAS-- 320 330 340 350 360 320 330 340 350 360 370 KIAA03 RQRAIDCLEDEKATLTLAMADWLRDYQDLLQVKTGLSLEVATYRALLEGES-----NPEI :.::. :. : . :: ::.:::::.:: .:..:.:.:: ::::: .: KIAA08 YQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIP 370 380 390 400 410 420 380 390 400 410 420 KIAA03 VIWAEHVENMPS---EFRNKSYHYTDSLLQRENEWNLFSRQKAPLASFNHSSALYSNLSG : . ..:: ... :: . . . :.: . .: .. . . . KIAA08 FSLPEGLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAK 430 440 450 460 470 480 430 440 450 460 470 480 KIAA03 HRGSQTGTSIGGDARRGFLGSGYSSSATTQQENSYGKAVSSQTNVRTFSPTYGLLRNTE- .. .. ::. ... : ..: ... : : ..: .. .. ::. . . : KIAA08 EEEGKEEE--GGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEE 490 500 510 520 530 540 490 500 510 520 530 KIAA03 ----AQVKTFPDRPKAGDTREV---PVYISEDSTIARESYRDRR-DKVAAGASESTRS-N :.::. :.. :. .:. : : .. :. . . .:. . :.: ..: KIAA08 AKSPAEVKS-PEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPA 550 560 570 580 590 600 540 550 560 570 580 590 KIAA03 ERTVILGKKTEVK--ATREQERNRPETIRTK-PEEKMFDSKEKASEERNLRWEELTKLDK : :. :: : : . : ..: : : : :. ... . : .: . KIAA08 EAKSPEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEAKSPEKAKSPE 610 620 630 640 650 660 600 610 620 630 640 KIAA03 EARQRESQQMK--EKAKEKDSPKEKSVREREVPISLEVSQDRRAEV-------SPKGLQT .:.. :... : :::: . . :: .. . :.. :... ..:. ::. .. KIAA08 KAKSPEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAKS 670 680 690 700 710 720 650 660 670 680 690 700 KIAA03 PVKD-------AGGGTGREAEARELRFRLGTSDATGSLQGDSMTETVAENIVTSILKQFT :::. : . . .::.. : . . ... . : . . : . : : . KIAA08 PVKEEAKSPEKAKSPVKEEAKTPE-KAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKTP 730 740 750 760 770 780 710 720 730 740 750 KIAA03 QSPETEASADSFPDTKVTYVDRKELPGERKTKTEIVVESKLTE-DVDVSDEAGLDYLLSK . :... ::.::. . : ..:. . .:.:. . ..: : .. ..:. . KIAA08 AKEEARSPADKFPEKAKSPV-KEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEEE 790 800 810 820 830 840 760 770 780 790 800 KIAA03 DIKEVGLK--GKSAEQMIGDIINLGLKGREGR--------AKVVNVEIVEEPVSYVSGEK .:: .: :.::. . . .... : .:: .::. :: KIAA08 KPQEVKVKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAV----EK 850 860 870 880 890 810 820 830 840 850 860 KIAA03 PEEFSVPFKVEEVEDVS--PGPWGL------VKEEEGYGE-SDVTFSVNQHRRTKQPQEN :.: .: : ::.:: . : : :::. : ..:. . . ..:.:.. KIAA08 PKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKEPSKP 900 910 920 930 940 950 870 880 890 900 910 920 KIAA03 TTHVEEVTEAGDSEGEQSYFVSTPDEHPGGHDRDDGSVYGQIHIEEESTIRYSWQDEIVQ . . : . : :.. :.. . :.:.: KIAA08 AEKKEAAPEKKDTKEEKA---KKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSSTD 960 970 980 990 1000 1010 1614 residues in 1 query sequences 1985891 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:56 2008 done: Thu Dec 18 15:17:57 2008 Total Scan time: 0.900 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]