# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01508s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0346.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0346, 1682 aa vs ./tmplib.23147 library 1985823 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.1382+/-0.0112; mu= -26.4921+/- 0.754 mean_var=860.8557+/-204.931, 0's: 0 Z-trim: 25 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.043713 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 386 41.1 0.0022 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 373 40.2 0.0033 >>KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552 aa) initn: 238 init1: 113 opt: 386 Z-score: 152.7 bits: 41.1 E(): 0.0022 Smith-Waterman score: 479; 23.556% identity (46.222% similar) in 900 aa overlap (252-1133:529-1305) 230 240 250 260 270 280 KIAA03 GEEGLSPGGKRRRGCNSEQTGLPPGLPLPPPPLPPPPPPPPPPLPGLATSPPFQLTKPGL ::. : ::: . : . :: KIAA04 TTSKDWHHGGRENILLCTDCRIHFKKYGELPPIEKPVDPPPFMF------KPVKEEDDGL 500 510 520 530 540 550 290 300 310 320 330 340 KIAA03 WSTLHGDAWGPERKGSAPPERQEQRHSLPHPYPYPAPAYTAHPPGHRLVPAAPPGPGPRP : :. . .:: :. .... : .: . : :.: . . 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