# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01491.fasta.nr -Q ../query/KIAA0345.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0345, 845 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7823457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0935+/-0.000184; mu= 13.6062+/- 0.010 mean_var=71.4757+/-13.962, 0's: 34 Z-trim: 57 B-trim: 7 in 1/64 Lambda= 0.151703 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119582411|gb|EAW62007.1| hCG1982192, isoform CR ( 842) 5411 1194.0 0 gi|13878426|sp|Q9Y5H5.1|PCDA9_HUMAN RecName: Full= ( 950) 5156 1138.3 0 gi|119582398|gb|EAW61994.1| hCG1982192, isoform CR ( 950) 5134 1133.5 0 gi|62510895|sp|Q5DRE3.1|PCDA9_PANTR RecName: Full= ( 950) 5106 1127.3 0 gi|109078949|ref|XP_001088201.1| PREDICTED: protoc ( 950) 4921 1086.8 0 gi|74149742|dbj|BAE43864.1| Protocadherin alpha [M ( 950) 4905 1083.3 0 gi|128485788|ref|NP_001076059.1| protocadherin alp ( 937) 4514 997.8 0 gi|62510897|sp|Q5DRE5.1|PCDA7_PANTR RecName: Full= ( 937) 4511 997.1 0 gi|114602207|ref|XP_001143367.1| PREDICTED: simila ( 789) 4505 995.7 0 gi|119582418|gb|EAW62014.1| hCG1982192, isoform CR ( 937) 4489 992.3 0 gi|13878422|sp|Q9UN72.1|PCDA7_HUMAN RecName: Full= ( 937) 4486 991.6 0 gi|119582400|gb|EAW61996.1| hCG1982192, isoform CR ( 789) 4480 990.3 0 gi|74149738|dbj|BAE43862.1| Protocadherin alpha [M ( 937) 4407 974.3 0 gi|109078962|ref|XP_001088734.1| PREDICTED: simila ( 789) 4391 970.8 0 gi|62087430|dbj|BAD92162.1| protocadherin alpha 4 ( 921) 4162 920.7 0 gi|13878424|sp|Q9UN74.1|PCDA4_HUMAN RecName: Full= ( 947) 4160 920.3 0 gi|62510900|sp|Q5DRE8.1|PCDA4_PANTR RecName: Full= ( 947) 4137 915.3 0 gi|119582402|gb|EAW61998.1| hCG1982192, isoform CR ( 798) 4136 915.0 0 gi|119582417|gb|EAW62013.1| hCG1982192, isoform CR ( 947) 4131 913.9 0 gi|13876270|gb|AAK26055.1| protocadherin alpha 8 [ ( 946) 4126 912.8 0 gi|74149732|dbj|BAE43859.1| Protocadherin alpha [M ( 947) 4108 908.9 0 gi|109078951|ref|XP_001088407.1| PREDICTED: simila ( 798) 4107 908.6 0 gi|120538455|gb|AAI29808.1| Protocadherin alpha 3 ( 824) 4077 902.1 0 gi|13878429|sp|Q9Y5H8.1|PCDA3_HUMAN RecName: Full= ( 950) 4075 901.7 0 gi|114602191|ref|XP_001142982.1| PREDICTED: protoc ( 824) 4074 901.4 0 gi|128485564|ref|NP_001076055.1| protocadherin alp ( 950) 4066 899.7 0 gi|149017284|gb|EDL76335.1| rCG49457 [Rattus norve ( 794) 4064 899.2 0 gi|119582413|gb|EAW62009.1| hCG1982192, isoform CR ( 824) 4064 899.2 0 gi|40645534|dbj|BAD06374.1| cadherin-related neuro ( 946) 4064 899.3 0 gi|46575717|gb|AAH69064.1| PCDHA3 protein [Homo sa ( 824) 4063 899.0 0 gi|119895653|ref|XP_591225.3| PREDICTED: similar t ( 817) 4062 898.8 0 gi|62510901|sp|Q5DRE9.1|PCDA3_PANTR RecName: Full= ( 950) 4060 898.4 0 gi|119582396|gb|EAW61992.1| hCG1982192, isoform CR ( 950) 4056 897.5 0 gi|13876268|gb|AAK26054.1| protocadherin alpha 7 [ ( 937) 4043 894.7 0 gi|51593710|gb|AAH80863.1| Pcdha7 protein [Mus mus ( 946) 4043 894.7 0 gi|148664774|gb|EDK97190.1| mCG140841 [Mus musculu ( 794) 4042 894.4 0 gi|74149730|dbj|BAE43858.1| Protocadherin alpha [M ( 952) 4036 893.2 0 gi|194668964|ref|XP_587968.4| PREDICTED: similar t ( 798) 4002 885.7 0 gi|109078964|ref|XP_001088861.1| PREDICTED: simila ( 807) 3998 884.8 0 gi|40645530|dbj|BAD06372.1| cadherin-related neuro ( 937) 3994 884.0 0 gi|74149726|dbj|BAE43856.1| Protocadherin alpha [M ( 950) 3986 882.2 0 gi|62087428|dbj|BAD92161.1| protocadherin alpha 13 ( 921) 3969 878.5 0 gi|13878431|sp|Q9Y5I0.1|PCDAD_HUMAN RecName: Full= ( 950) 3969 878.5 0 gi|119582393|gb|EAW61989.1| hCG1982192, isoform CR ( 807) 3967 878.0 0 gi|119582401|gb|EAW61997.1| hCG1982192, isoform CR ( 812) 3962 876.9 0 gi|119582406|gb|EAW62002.1| hCG1982192, isoform CR ( 844) 3962 876.9 0 gi|119582395|gb|EAW61991.1| hCG1982192, isoform CR ( 950) 3962 877.0 0 gi|13878434|sp|Q9Y5I3.1|PCDA1_HUMAN RecName: Full= ( 950) 3961 876.7 0 gi|62510903|sp|Q5DRF1.1|PCDAD_PANTR RecName: Full= ( 950) 3960 876.5 0 gi|119582416|gb|EAW62012.1| hCG1982192, isoform CR ( 959) 3958 876.1 0 >>gi|119582411|gb|EAW62007.1| hCG1982192, isoform CRA_v (842 aa) initn: 5411 init1: 5411 opt: 5411 Z-score: 6393.6 bits: 1194.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 5411; 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