# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01438.fasta.huge -Q ../query/KIAA0341.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0341, 546 aa vs ./tmplib.23147 library 1986959 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3033+/- 0.009; mu= -3.1237+/- 0.609 mean_var=327.3318+/-79.532, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.070889 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0552 ( 709 res) hh00869 ( 709) 432 57.7 3.5e-09 KIAA1813 ( 673 res) ph00819b ( 673) 321 46.3 8.8e-06 >>KIAA0552 ( 709 res) hh00869 (709 aa) initn: 654 init1: 237 opt: 432 Z-score: 256.7 bits: 57.7 E(): 3.5e-09 Smith-Waterman score: 668; 31.832% identity (54.037% similar) in 644 aa overlap (7-546:105-709) 10 20 30 KIAA03 NFMATAPGPAGIAMGSVGSLLERQDFSPEEPRAALA ::: : :: :. :: : : . KIAA05 SVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTGGGGSQGSFPGPRG--SGS-GASRERPGRYPSEDK---- 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 KIAA03 GSRGSRQPDGLLRKGLGQREFLSYLHLPKKDSKSTKNTKRAPRNEPADYATLYYREHSRA : .: .: :: : . . . . . :.:. .. .:: : ::: :. KIAA05 GLANSLYLNGELR-GSDHTDVCGNVVGSSGGSSSSGGSDKAP---PQ------YREPSHP 130 140 150 160 170 100 110 120 130 140 KIAA03 GDFSKTSLPERGRFDKCR---IRPSVFKPTAGNGKGFLSMQSL------ASHKGQK---- . :: :..:.: .:::.:::.. :.: :::.: .. .:.. KIAA05 PKLLATS----GKLDQCSEPLVRPSAFKPVVP--KNFHSMQNLCPPQTNGTPEGRQGPGG 180 190 200 210 220 230 150 160 170 180 KIAA03 ----LWRS--------NGSLHTLACHPPLSPGPRASQARAQLLHALS-----LDEGGPEP : .: .:: . . . :. : :.. .: : :: ... : KIAA05 LKGGLDKSRTMTPAGGSGSGLSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAPLSASTSHINRIGTAS 240 250 260 270 280 290 190 200 210 220 230 KIAA03 EPSLSDSSSGGSFGRSP-GTGPSPF-------SSSLGHLNHLGGSLDRASQGPKEAGPPA : : .::::. : . ::. : :::.:. .::: ...: . : : KIAA05 YGSGSGGSSGGGSGYQDLGTSDSGRASSKSGSSSSMGRPGHLG-----SGEGGGGGLPFA 300 310 320 330 340 240 250 260 270 280 290 KIAA03 VLSCLPEPPPPYEFSCSSAEEMGAVLPETCEE---LKRGLGDEDGSNPFTQVLEERQRLW . : :: : . .:. : : .: :.:.: :.. .:::::::. : KIAA05 ACS----PPSPSAL----IQELEERLWEKEQEVAALRRSL--EQSEAAVAQVLEERQKAW 350 360 370 380 390 300 310 320 330 340 KIAA03 ---LAELKRLYVERLHEVTQKAERSERNLQLQLFMAQQEQRRLRKE---LRAQQGLAPEP ::::.. .:..:...:.:....::::.. ::....:..: : :. . KIAA05 ERELAELRQGCSGKLQQVARRAQRAQQGLQLQVLRLQQDKKQLQEEAARLMRQREELEDK 400 410 420 430 440 450 350 360 370 380 390 400 KIAA03 RAPGTLPEADPSARPEEEARWEVCQKTAEISLLKQQLREAQAELAQKLAEIFSLKTQLRG : .:: : :: ..::::::..:::::::::...::...:::.:: .:..::: KIAA05 VAACQKEQADFLPRIEE-TKWEVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEIVGLRSQLRE 460 470 480 490 500 510 410 420 430 440 KIAA03 SRAQAQAQDAELVRLREAVRSLQ----------------------EQAPREEAPGSCETD .::. . .. .:. ::.. : : . : ..: ..::.: KIAA05 GRASLREKEEQLLSLRDSFSSKQASLELGEGELPAACLKPALTPVDPAEPQDALATCESD 520 530 540 550 560 570 450 460 470 480 KIAA03 DCKSRGLLG--------------EAGGSEA----RDSAEQLRAELLQERLRGQEQALRFE . : : : :::: . : . .:.::: :: ..:. : KIAA05 EAKMRRQAGVAAAASLVSVDGEAEAGGESGTRALRREVGRLQAELAAERRARERQGASFA 580 590 600 610 620 630 490 500 510 520 530 KIAA03 QERRTWQEEKERVLRYQREIQGGYMDMYRRNQALEQELRAL-----REPPTP-------- .:::.: ::::.:..::...: .:..::.::: ::..:: ::: KIAA05 EERRVWLEEKEKVIEYQKQLQLSYVEMYQRNQQLERRLRERGAAGGASTPTPQHGEEKKA 640 650 660 670 680 690 540 KIAA03 WSP----RLESSKI :.: :.::..: KIAA05 WTPSRLERIESTEI 700 >>KIAA1813 ( 673 res) ph00819b (673 aa) initn: 742 init1: 238 opt: 321 Z-score: 195.7 bits: 46.3 E(): 8.8e-06 Smith-Waterman score: 699; 32.376% identity (52.951% similar) in 627 aa overlap (6-530:22-642) 10 20 30 40 KIAA03 NFMATAPGPAGIAMGSVGSLLERQDF--SPEEPRA-ALAGSRGS : .: . .::::.::. . .: :: . : KIAA18 ASATMAIVQTLPVPLEPAPEAATAPQAPVMGSVSSLISGRPCPGGPAPPRHHGPPGPTFF 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 KIAA03 RQPDGLLRKGLGQREFLSYLHLPKKDSKSTK----NTKRAPRNEPADYATLYYREHSRA- :: ::::: : .: : :.: :. : .. :. . . ...:: KIAA18 RQQDGLLRGGYEAQEPLCPAVPPRKAVPVTSFTYINEDFRTESPPSPSSDVEDAREQRAH 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 KIAA03 -----GDFSKTSLPERGRFDKCR----IRPSVFKPTAGNGKGFLSMQSLASHKGQKLWRS : : .: :...: :::..:::. . .: :. :. . .. : : KIAA18 NAHLRGPPPKL-IPVSGKLEKNMEKILIRPTAFKPVLPKPRGAPSLPSFMGPRATGLSGS 130 140 150 160 170 150 160 170 180 KIAA03 NGSLHTLACHP---------------PLS--------P-GPRASQARAQLLHALSLDEGG .::: : : ::. : : ....: .: . . :: KIAA18 QGSLTQLFGGPASSSSSSSSSSAADKPLAFSGWASGCPSGTLSDSGRNSLSSLPTYSTGG 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 KIAA03 PEPE---PSLSDSSSGGSFGRSPG------TGPSPF----SSSLGHLNHLGGSLDRASQG :: :. : :.. : :: :::: ::: . ::: . . : KIAA18 AEPTTSSPGGHLPSHGSGRGALPGPARGVPTGPSHSDSGRSSSSKSTGSLGGRVAGGLLG 240 250 260 270 280 290 240 250 260 270 280 KIAA03 PKEAGPPAVLSCL-----PEPPPPYEFSCSSAEEMGAVLPETCE--ELKRGLGDEDGSNP . : :: : :::: . . : . . : .:. .: ..... KIAA18 SGTRASPDSSSCGERSPPPPPPPPSDEALLHCVLEGKLRDREAELQQLRDSLDENEAT-- 300 310 320 330 340 350 290 300 310 320 330 340 KIAA03 FTQVLEERQRLWLAELKRLYVERLHEVTQKAERSERNLQLQLFMAQQEQRRLRKELRAQ- . :. ::::: : : . : : .:.:.:... ::::.:. :::.:.:. .. :: KIAA18 MCQAYEERQRHWQREREALR-EDCAAQAQRAQRAQQLLQLQVFQLQQEKRQLQDDF-AQL 360 370 380 390 400 410 350 360 370 380 390 400 KIAA03 -QGLAPEPRAPGTLPEADPSARPE-EEARWEVCQKTAEISLLKQQLREAQAELAQKLAEI : : .:: . . :. ::..::::::..:::::::::.:.::::.:: .:. KIAA18 LQEREQLERRCATLEREQRELGPRLEETKWEVCQKSGEISLLKQQLKESQAELVQKGSEL 420 430 440 450 460 470 410 420 430 KIAA03 FSLKTQLRGSRA---------------------QAQAQDAELVRLREAVRSLQEQAPREE .:.. :: .:: . .: . :: : :. ...:.:.: . . KIAA18 VALRVALREARATLRVSEGRARGLQEAARARELELEACSQELQRHRQEAEQLREKAGQLD 480 490 500 510 520 530 440 450 460 470 480 KIAA03 A-----------PGSC------ETDDCKSRGLLGEAGGSEARDSAEQLRAELLQERLRGQ : :.. :.:. : . . .::: : ..:.::.:: .:: ::. KIAA18 AEAAGLREPPVPPATADPFLLAESDEAKVQRAAAGVGGS-LRAQVERLRVELQRERRRGE 540 550 560 570 580 590 490 500 510 520 530 540 KIAA03 EQALRFEQERRTWQEEKERVLRYQREIQGGYMDMYRRNQALEQELRALREPPTPWSPRLE :: :: :: .:: :::.:.:::...: .:..:::::. :::::. : KIAA18 EQRDSFEGERLAWQAEKEQVIRYQKQLQHNYIQMYRRNRQLEQELQQLSLELEARELADL 600 610 620 630 640 650 KIAA03 SSKI KIAA18 GLAEQAPCICLEEITATEI 660 670 546 residues in 1 query sequences 1986959 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:25 2008 done: Thu Dec 18 15:17:25 2008 Total Scan time: 0.490 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]