# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01242.fasta.huge -Q ../query/KIAA0338.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0338, 934 aa vs ./tmplib.23147 library 1986571 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8555+/-0.00836; mu= -0.4311+/- 0.569 mean_var=282.7959+/-65.903, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.076267 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0987 ( 1115 res) hk01713 (1115) 2116 246.9 1e-65 KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055) 843 106.8 1.5e-23 KIAA1548 ( 545 res) fh15779 ( 545) 501 68.8 2e-12 KIAA1013 ( 1062 res) hj06791(revised) (1062) 226 38.9 0.004 KIAA1294 ( 1051 res) fg01155 (1051) 216 37.8 0.0085 >>KIAA0987 ( 1115 res) hk01713 (1115 aa) initn: 2635 init1: 2037 opt: 2116 Z-score: 1271.6 bits: 246.9 E(): 1e-65 Smith-Waterman score: 2322; 43.024% identity (62.916% similar) in 1111 aa overlap (33-926:5-1112) 10 20 30 40 50 KIAA03 GGGVAEQAAPQSPPRPRAAPPRGLPARGAEGAAPRPTCPTWGTPGPGVLV----TMTTET : ::.:. . . :: ..:. :::::. 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KIAA09 RKGEEVTPISAIRHEGKSPGLGTDSCPLSPPSTHCAPTSPTELRRRCKENDCKLPGYEPS 520 530 540 550 560 570 550 560 570 580 KIAA03 --EFL--------DKP-------EDVLLKHQASINE----LKRTLKEPNS--KLIHRDR- : : : : .:: .... . .. .. .:. :.: .:. : KIAA09 RAEHLPGEPALDSDGPGRPYLGDQDVAFSYRQQTGKGTTLFSFSLQLPESFPSLLDDDGY 580 590 600 610 620 630 590 600 KIAA03 ----DWERERRLPSS-----PA-SPS-------------------PKGT----------- . . ::.: : ::: : . KIAA09 LSFPNLSETNLLPQSLQHYLPIRSPSLVPCFLFIFFFLLSASFSVPYALTLSFPLALCLC 640 650 660 670 680 690 610 620 630 640 650 KIAA03 ---PEKANERAGL----REGSEEKVKPPRP-RAPESDTGDEDQDQERDTVF----LKDNH :. :. :.: ..:::.. : : ...: ..:::.:. . :. .. KIAA09 YLEPKAASLSASLDNDPSDSSEEETDSERTDTAADGETTATESDQEEDAELKAQELEKTQ 700 710 720 730 740 750 660 670 680 690 700 KIAA03 LAIERKCSSITVSSTSSLEAEVDFTVIGDYH----------GSAFEDFSRSLPELDRDKS . .. ..:. . . ::. .: .: .... .. :: : . .. . KIAA09 DDLMKHQTNISELKRTFLETSTDTAVTNEWEKRLSTSPVRLAARQEDAPMIEPLVPEETK 760 770 780 790 800 810 710 720 730 KIAA03 DSDTEGLL-----FSRDLNKGAPSQ------------------DDESGGIEDSP------ .:. : :. :: . :.. ::.::: : KIAA09 QSSGEKLMDGSEIFSLLESARKPTEFIGGVTSTSQSWVQKMETKTESSGIETEPTVHHLP 820 830 840 850 860 870 740 750 760 KIAA03 --------------DR-----------GACSTPD---MPQFEPVKTETMTVSSLAIRKKI .: .: .. : .: : .: . .. . . ... KIAA09 LSTEKVVQETVLVEERRVVHASGDASYSAGDSGDAAAQPAFTGIKGKEGSALTEGAKEEG 880 890 900 910 920 930 770 780 790 800 810 KIAA03 EPE---AVL-QTRVSAMDNTQQVDGSASVG-REFIATTP-----SITTETIS--TTMENS : ::: : ...: . .: . ::.. : . : .. ::::: .. .. KIAA09 GEEVAKAVLEQEETAAASRERQEEQSAAIHISETLEQKPHFESSTVKTETISFGSVSPGG 940 950 960 970 980 990 820 830 840 850 860 KIAA03 LK---SGKGAAAMIPGPQTVATEIRSLSPIIGKD----VLTSTYGATAETLSTSTTTHVT .: : : . .. .:.. : ...: : : :: :. :.:: ::.::::.: KIAA09 VKLEISTKEVPVVHTETKTITYESSQVDP--GTDLEPGVLMSAQTITSETTSTTTTTHIT 1000 1010 1020 1030 1040 1050 870 880 890 900 910 920 KIAA03 KTVKGGFSETRIEKRIIITGDEDVDQDQALALAIKEAKLQHPDMLVTKAVVYRETDPSPE ::::::.:::::::::.:::: :.:.::::: :::::: ::::: :::.::..::. .:: KIAA09 KTVKGGISETRIEKRIVITGDADIDHDQALAQAIKEAKEQHPDMSVTKVVVHKETEITPE 1060 1070 1080 1090 1100 1110 930 KIAA03 ERDKKPQES . KIAA09 DGED >>KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055 aa) initn: 768 init1: 354 opt: 843 Z-score: 514.9 bits: 106.8 E(): 1.5e-23 Smith-Waterman score: 844; 34.600% identity (60.400% similar) in 500 aa overlap (153-641:48-525) 130 140 150 160 170 180 KIAA03 EADGLSERTTPSKAQKSPQKIAKKYKSAICRVTLLDASEYECEVEKHGRGQVLFDLVCEH :: ::: . ..: . ::::. : .. 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KIAA07 RHSKTHTSVRALT-ADLPKQ-SISF-----PEG-LRTPASPSSANAFYSLSPSTLVPSGL 370 380 390 400 410 420 540 550 560 570 580 590 KIAA03 KELKPEQETTPRHKQEFLDKPEDVLLKHQASINELKRTLKEPNSKLIHRDRDWERERRLP :.: . . . .. .: . ...... : :... . KIAA07 PEFKDSSSSLTDPQVSYVKSP--AAERRSGAVAGGPDT---PSAQPLGPPALQPGPGLST 430 440 450 460 470 600 610 620 630 640 650 KIAA03 SSPA-SPSPKGTPEKANERAGLREGSEEKVKPPRPRAPESDTGDEDQDQERDTVFLKDNH .:: ::: . .: . . . : :. . : ::.: .: : KIAA07 KSPQPSPSSRKSPLSLSPAFQVPLGPAEQGSSPLLSPVLSDAGGAGMDCEEPRHKRVPAD 480 490 500 510 520 530 660 670 680 690 700 710 KIAA03 LAIERKCSSITVSSTSSLEAEVDFTVIGDYHGSAFEDFSRSLPELDRDKSDSDTEGLLFS KIAA07 EAYFIVKEILATERTYLKDLEVITVWFRSAVVKEDAMPATLMTLLFSNIDPIYEFHRGFL 540 550 560 570 580 590 >>KIAA1548 ( 545 res) fh15779 (545 aa) initn: 468 init1: 282 opt: 501 Z-score: 315.0 bits: 68.8 E(): 2e-12 Smith-Waterman score: 501; 34.926% identity (65.441% similar) in 272 aa overlap (294-557:1-267) 270 280 290 300 310 320 KIAA03 THALLGSYAVQAELGDYDAEEHVGNYVSELRFAPNQTRELEERIMELHKTYRGMTPGEAE ::.: ::.:.: :.: : :::.::..:: KIAA15 RFVPIQTEEMELAIFEKWKEYRGQTPAQAE 10 20 30 330 340 350 360 370 380 KIAA03 IHFLENAKKLSMYGVDLHHAKDSEGIDIMLGVCANGLLIYRDRLRINRFAWPKILKISYK ..:..:: : :::::.: .: .: : ::. .:.:... .:. : :::: ....: KIAA15 TNYLNKAKWLEMYGVDMHVVKARDGNDYSLGLTPTGVLVFEGDTKIGLFFWPKITRLDFK 40 50 60 70 80 90 390 400 410 420 430 KIAA03 RSNFYIKIRPGEYE--QFESTIGFKLPNHRSAKRLWKVCIEHHTFFRLVSPEPPPK---G .... . . . . . : :. :.: . .. :.::: .:::.:::: .: . : KIAA15 KNKLTLVVVEDDDQGKEQEHTFVFRLDHPKACKHLWKCAVEHHAFFRLRGPVQKSSHRSG 100 110 120 130 140 150 440 450 460 470 480 490 KIAA03 FLVMGSKFRYSGRTQAQTRQASALIDRPAPFFERSSSKRYTMSRSLD-GAEFSRPA--SV :. .::.:::::.:. :: ... : . ::: ::::. :.:. : ..: :: KIAA15 FIRLGSRFRYSGKTEYQTTKTNKA--RRSTSFERRPSKRYS-RRTLQMKACATKPEELSV 160 170 180 190 200 500 510 520 530 540 550 KIAA03 SENHDAGPDGDKRDEDGESGGQRSEAEEGEVRTPTKIKELKPEQETTPRHKQEFLDKPED .: .. .:... .:. : . . . .:..:..: :.. : .: .. . : KIAA15 HNNVSTQSNGSQQAWGMRSALPVSPSISS-APVPVEIENL-PQSPGTDQHDRKCIPLNID 210 220 230 240 250 260 560 570 580 590 600 610 KIAA03 VLLKHQASINELKRTLKEPNSKLIHRDRDWERERRLPSSPASPSPKGTPEKANERAGLRE .: KIAA15 LLNSPDLLETTIGDVIGASDTMETSQALNDVNVATRLPGLGEPEVEYETLKDTSEKLKQL 270 280 290 300 310 320 >>KIAA1013 ( 1062 res) hj06791(revised) (1062 aa) initn: 291 init1: 163 opt: 226 Z-score: 148.0 bits: 38.9 E(): 0.004 Smith-Waterman score: 385; 21.939% identity (52.423% similar) in 784 aa overlap (141-870:78-805) 120 130 140 150 160 170 KIAA03 EQSLDMEEKDYSEADGLSERTTPSKAQKSPQKIAKKYKSAICRVTLLDASEYECEVEKHG : . . .. :.: ::: . : :. . KIAA10 VWNLTVSTLRRWYTERLRACHQVLRTWCGLQDVYQMTEGRHCQVHLLDDRRLELLVQPKL 50 60 70 80 90 100 180 190 200 210 220 KIAA03 RGQVLFDLVCEHLNLLEKDYFGLTFCDADSQKNWLDPSKEIKKQ---IRSSPWNFAFTVK .. :.::: :.:: ::.:::.:: : .:.:::. .... . . .: . :.:. KIAA10 LARELLDLVASHFNLKEKEYFGITFIDDTGQQNWLQLDHRVLDHDLPKKPGPTILHFAVR 110 120 130 140 150 160 230 240 250 260 270 280 KIAA03 FYPPDPAQLTEDITRYYLCLQLRADIITGRLPCSFVTHALLGSYAVQAELGDYDAEEHVG :: . . : . : . :. .: . :.. : :... .: ::: ..:.. KIAA10 FYIESISFLKDKTTVELFFLNAKACVHKGQIEVESETIFKLAAFILQEAKGDYTSDENAR 170 180 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 KIAA03 NYVSELRFAPNQTRE-------LEERIMELHKTYRGMTPGEAEIHFLENAKKLSMYGVDL . .. : :..: . :.:..: . .:.: :.: ..... .. : ::: KIAA10 KDLKTLPAFPTKTLQEHPSLAYCEDRVIEHYLKIKGLTRGQAVVQYMKIVEALPTYGVHY 230 240 250 260 270 280 350 360 370 380 390 KIAA03 HHAKDSEGIDIMLGVCANGLLIY--RDRLRINR-FAWPKILKISYKRSNFYIKIR-PGEY . .::..:. ::. .:. : .:... . : : .. .. .....: .... : . KIAA10 YAVKDKQGLPWWLGISYKGIGQYDIQDKVKPRKLFQWKQLENLYFREKKFAVEVHDPRRI 290 300 310 320 330 340 400 410 420 430 440 KIAA03 EQFESTIGFK-------LPNHRSAKRLWKVCIEHHTFF--RLVSPE--PPPKGFLVMGSK . :.: . : : .: . : .: :. : : : ... .. KIAA10 SVSRRTFGQSGLFVQTWYANSSLIKSIWVMAISQHQFYLDRKQSKAKIPSARSLDEIAMD 350 360 370 380 390 400 450 460 470 480 490 500 KIAA03 FRYSGRTQAQTRQASALIDRPAPFFERSSSKRYTMSRSLDGAEFSRPASVSENHDAGPDG . .: :..:: :. : .... :. .:. .: : :.. ... . KIAA10 LTETG-----TQRASKLVTLEA-------KSQFIMAS--NGSLIS---SGSQDSEVSEE- 410 420 430 440 510 520 530 540 550 KIAA03 DKRDEDGESGGQRSEAEEGEVRTPTKIKELKP----EQETTPRHKQEFL----DKPEDV- .::.. : ... .: .. :..::: : : : . .:. .:: .: KIAA10 QKREKILELKKKEKLLQEKLLK---KVEELKKICLREAELTGKMPKEYPLNIGEKPPQVR 450 460 470 480 490 500 560 570 580 590 600 KIAA03 -----LLKHQASI--NELKRTLKEPNSKLIHRDRDWERERRLPSSP---ASPSPKGTPEK .: . .. .: .:.: .:... ... : ..: . : . . : . 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