# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01120.fasta.nr -Q ../query/KIAA0336.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0336, 1635 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7800373 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9070+/-0.000211; mu= 6.2379+/- 0.012 mean_var=182.6436+/-35.560, 0's: 39 Z-trim: 194 B-trim: 9 in 1/66 Lambda= 0.094901 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|31563507|ref|NP_852118.1| GRIP and coiled-coil (1684) 10124 1400.5 0 gi|119574267|gb|EAW53882.1| GRIP and coiled-coil d (1583) 9811 1357.6 0 gi|158931162|sp|Q8IWJ2.3|GCC2_HUMAN RecName: Full= (1583) 9807 1357.0 0 gi|114579410|ref|XP_001135112.1| PREDICTED: GRIP a (1735) 9420 1304.1 0 gi|194220223|ref|XP_001493196.2| PREDICTED: GRIP a (1817) 8748 1212.1 0 gi|73969994|ref|XP_531770.2| PREDICTED: similar to (1814) 8412 1166.1 0 gi|194671559|ref|XP_587647.4| PREDICTED: similar t (1684) 8040 1115.1 0 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A-type inclusion (1688) 862 132.4 3.1e-27 gi|124407282|emb|CAK72679.1| unnamed protein produ (2189) 856 131.7 6.4e-27 gi|121900914|gb|EAY05939.1| viral A-type inclusion (5296) 862 132.9 6.5e-27 gi|108877983|gb|EAT42208.1| paraflagellar rod prot (1112) 834 128.3 3.3e-26 gi|89294741|gb|EAR92729.1| Kinesin motor domain co (2307) 829 128.0 8.7e-26 gi|121901040|gb|EAY06062.1| viral A-type inclusion (2416) 815 126.1 3.4e-25 gi|212508616|gb|EEB12249.1| GRIP and coiled-coil d (1434) 810 125.2 3.8e-25 gi|121914230|gb|EAY19031.1| viral A-type inclusion (1618) 810 125.2 4.2e-25 gi|121887503|gb|EAX93025.1| viral A-type inclusion (2366) 796 123.5 2e-24 gi|121913974|gb|EAY18778.1| viral A-type inclusion (3369) 796 123.7 2.5e-24 gi|89296472|gb|EAR94460.1| DNA-directed RNA polyme (4331) 789 122.8 5.8e-24 gi|124427679|emb|CAK92455.1| unnamed protein produ (2175) 778 121.0 1.1e-23 gi|47211180|emb|CAF92407.1| unnamed protein produc ( 486) 764 118.3 1.5e-23 gi|62087744|dbj|BAD92319.1| RAN-binding protein 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