# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00685s2.fasta.nr -Q ../query/KIAA0328.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0328, 2055 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825787 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9262+/-0.000189; mu= 12.8226+/- 0.011 mean_var=95.7253+/-18.786, 0's: 34 Z-trim: 41 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.131087 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119620136|gb|EAW99730.1| Alstrom syndrome 1, is (4167) 13596 2583.4 0 gi|90109809|sp|Q8TCU4.2|ALMS1_HUMAN RecName: Full= (4167) 13596 2583.4 0 gi|110349786|ref|NP_055935.4| ALMS1 [Homo sapiens] (4169) 13593 2582.8 0 gi|20067381|emb|CAD10391.2| ALMS1 protein [Homo sa (4169) 13590 2582.2 0 gi|109103382|ref|XP_001105030.1| PREDICTED: simila (4129) 12893 2450.4 0 gi|109103380|ref|XP_001105121.1| PREDICTED: simila (4171) 12893 2450.4 0 gi|30047718|gb|AAH50330.1| ALMS1 protein [Homo sap (1459) 9599 1827.1 0 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