# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ee08846s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0324.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0324, 2800 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7785012 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9947+/-0.000243; mu= 4.5675+/- 0.013 mean_var=314.7052+/-60.151, 0's: 30 Z-trim: 152 B-trim: 465 in 1/65 Lambda= 0.072297 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 45, opt: 33, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|168272954|dbj|BAG10316.1| serine/arginine repet (2752) 18031 1897.3 0 gi|143928063|sp|Q9UQ35.2|SRRM2_HUMAN RecName: Full (2752) 18025 1896.7 0 gi|5821153|dbj|BAA83718.1| RNA binding protein [Ho (2752) 18017 1895.9 0 gi|119605885|gb|EAW85479.1| serine/arginine repeti (2662) 16826 1771.6 0 gi|119605888|gb|EAW85482.1| serine/arginine repeti (2340) 13382 1412.3 0 gi|119605887|gb|EAW85481.1| serine/arginine repeti (2341) 13382 1412.3 0 gi|119605884|gb|EAW85478.1| serine/arginine repeti (2334) 13373 1411.4 0 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[ (17392) 1867 212.5 4.1e-50 gi|194678302|ref|XP_587832.4| PREDICTED: serine/ar ( 291) 1815 204.6 1.7e-49 gi|114660521|ref|XP_001164057.1| PREDICTED: splici ( 277) 1800 203.0 4.8e-49 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 1816 206.3 7.4e-49 gi|149051962|gb|EDM03779.1| rCG35306, isoform CRA_ ( 274) 1776 200.5 2.7e-48 gi|51261410|gb|AAH79975.1| LOC446275 protein [Xeno ( 893) 1721 195.4 2.9e-46 gi|189442285|gb|AAI67594.1| LOC100170551 protein [ ( 909) 1715 194.8 4.4e-46 gi|5821147|dbj|BAA83715.1| RNA binding protein [Ho ( 253) 1667 189.0 6.8e-45 gi|49904085|gb|AAH76812.1| LOC445830 protein [Xeno ( 822) 1618 184.7 4.7e-43 gi|3986200|dbj|BAA34957.1| RNA binding protein [Ho ( 229) 1510 172.6 5.5e-40 gi|117167971|gb|AAI07088.1| SRRM2 protein [Homo sa ( 235) 1480 169.5 4.9e-39 gi|47217980|emb|CAG02263.1| unnamed protein produc ( 757) 1482 170.4 8.3e-39 gi|73959072|ref|XP_864588.1| PREDICTED: similar to ( 216) 1314 152.1 7.6e-34 gi|73959070|ref|XP_851882.1| PREDICTED: similar to ( 203) 1313 152.0 7.8e-34 gi|14290570|gb|AAH09062.1|AAH09062 Unknown (protei ( 198) 1291 149.7 3.8e-33 gi|116284118|gb|AAH20639.1| SRRM2 protein [Homo sa ( 196) 1289 149.5 4.4e-33 gi|33871534|gb|AAH07752.1| SRRM2 protein [Homo sap ( 195) 1287 149.3 5e-33 >>gi|168272954|dbj|BAG10316.1| serine/arginine repetitiv (2752 aa) initn: 18031 init1: 18031 opt: 18031 Z-score: 10175.8 bits: 1897.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 18031; 100.000% identity (100.000% similar) in 2752 aa overlap (49-2800:1-2752) 20 30 40 50 60 70 KIAA03 LEQRRRQDLSPSEAAGGGGGSGGAPPGHGAMYNGIGLPTPRGSGTNGYVQRNLSLVRGRR :::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 MYNGIGLPTPRGSGTNGYVQRNLSLVRGRR 10 20 30 80 90 100 110 120 130 KIAA03 GERPDYKGEEELRRLEAALVKRPNPDILDHERKRRVELRCLELEEMMEEQGYEEQQIQEK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 GERPDYKGEEELRRLEAALVKRPNPDILDHERKRRVELRCLELEEMMEEQGYEEQQIQEK 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 KIAA03 VATFRLMLLEKDVNPGGKEETPGQRPAVTETHQLAELNEKKNERLRAAFGISDSYVDGSS 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