# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00378.fasta.huge -Q ../query/KIAA0319.ptfa ./tmplib.23147 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0319, 1109 aa
 vs ./tmplib.23147 library

1986396 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9289+/-0.00762; mu= -3.4163+/- 0.514
 mean_var=277.1028+/-67.769, 0's: 0 Z-trim: 2  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.077047

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1837  ( 639 res)   fh22040s1                   ( 639) 2595 302.7 1.1e-82


>>KIAA1837  ( 639 res)   fh22040s1                        (639 aa)
 initn: 2533 init1: 2533 opt: 2595  Z-score: 1576.3  bits: 302.7 E(): 1.1e-82
Smith-Waterman score: 2595;  61.958% identity (84.430% similar) in 623 aa overlap (426-1048:6-626)

         400       410       420       430       440       450     
KIAA03 APAPPVETTYNYEWNLISHPTDYQGEIKQGHKQTLNLSQLSVGLYVFKVTVSSENAFGEG
                                     :.: :.::.:. ::: ::: : ..:: :::
KIAA18                          VMEGKHSQILKLSKLTPGLYEFKVIVEGQNAHGEG
                                        10        20        30     

         460       470       480       490       500       510     
KIAA03 FVNVTVKPARRVNLPPVAVVSPQLQELTLPLTSALIDGSQSTDDTEIVSYHWEEINGPFI
       .:::::::  : : ::.:.::::.::..:: ::..::::::::: .::.:::::..::. 
KIAA18 YVNVTVKPEPRKNRPPIAIVSPQFQEISLPTTSTVIDGSQSTDDDKIVQYHWEELKGPLR
          40        50        60        70        80        90     

         520       530       540       550       560       570     
KIAA03 EEKTSVDSPVLRLSNLDPGNYSFRLTVTDSDGATNSTTAALIVNNAVDYPPVANAGPNHT
       ::: : :. .:.::.: ::::.: :::.::::::::::: : ::.:::::::::::::..
KIAA18 EEKISEDTAILKLSKLVPGNYTFSLTVVDSDGATNSTTANLTVNKAVDYPPVANAGPNQV
         100       110       120       130       140       150     

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KIAA03 ITLPQNSITLNGNQSSDDHQIVLYEWSLGPGSEGKHVVMQGVQTPYLHLSAMQEGDYTFQ
       :::::::::: ::::.::: :. :::::.:.:.:: : ::::.:: :.::::::::::.:
KIAA18 ITLPQNSITLFGNQSTDDHGITSYEWSLSPSSKGKVVEMQGVRTPTLQLSAMQEGDYTYQ
         160       170       180       190       200       210     

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KIAA03 LKVTDSSRQQSTAVVTVIVQPENNRPPVAVAGPDKELIFPVESATLDGSSSSDDHGIVFY
       : :::.  ::.:: ::::::::::.:: : ::::::: .::.:.:::::.::::. :. :
KIAA18 LTVTDTIGQQATAQVTVIVQPENNKPPQADAGPDKELTLPVDSTTLDGSKSSDDQKIISY
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         700       710       720       730       740       750     
KIAA03 HWEHVRGPSAVEMENIDKAIATVTGLQVGTYHFRLTVKDQQGLSSTSTLTVAVKKENNSP
        ::...::..:..:: ....::::::::::: : :::::...:.: :...: ::.: :.:
KIAA18 LWEKTQGPDGVQLENANSSVATVTGLQVGTYVFTLTVKDERNLQSQSSVNVIVKEEINKP
         280       290       300       310       320       330     

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KIAA03 PRARAGGRHVLVLPNNSITLDGSRSTDDQRIVSYLWIRDGQSPAAGDVIDGSDHSVALQL
       : :.  :  :..::...  ::::.:.::. :::::: ::  :::::.:.. :::   : :
KIAA18 PIAKITGNVVITLPTSTAELDGSKSSDDKGIVSYLWTRDEGSPAAGEVLNHSDHHPILFL
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KIAA03 TNLVEGVYTFHLRVTDSQGASDTDTATVEVQPDPRKSGLVELTLQVGVGQLTEQRKDTLV
       .:::::.:::::.:::..: :::: .::::.:::::..:::. :...:.::::. :  ..
KIAA18 SNLVEGTYTFHLKVTDAKGESDTDRTTVEVKPDPRKNNLVEIILDINVSQLTERLKGMFI
         400       410       420       430       440       450     

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KIAA03 RQLAVLLNVLDSDIKVQKIRAHSDLSTVIVFYVQSRPPFKVLKAAEVARNLHMRLSKEKA
       ::..:::.:::::: ::::. ... :: .::.::..:: ...:. :::  :. .: :.::
KIAA18 RQIGVLLGVLDSDIIVQKIQPYTEQSTKMVFFVQNEPPHQIFKGHEVAAMLKSELRKQKA
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KIAA03 DFLLFKVLRVDTAGCLLKCSGHGHCDPLTKRCICSHLWMENLIQRYIWDGESNCEWSIFY
       :::.:..:.:.:. : :.:: ::::: .::::::. .::::.:.  . ::.::::::..:
KIAA18 DFLIFRALEVNTVTCQLNCSDHGHCDSFTKRCICDPFWMENFIKVQLRDGDSNCEWSVLY
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        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
KIAA03 VTVLAFTLIVLTGGFTWLCICCCKRQKRTKIRKKTKYTILDNMDEQERMELRPKYGIKHR
       : . .:...:  : ..:  ::::::::  : ..:.:: :::  : :: .::.:       
KIAA18 VIIATFVIVVALGILSWTVICCCKRQK-GKPKRKSKYKILDATD-QESLELKPTSRAGRG
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KIAA03 STEHNSSLMVSESEFDSDQDTIFSREKMERGNPKVSMNGSIRNGASFSYCSKDR
                                                             
KIAA18 PGCQSF                                                
                                                             




1109 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]