# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00364.fasta.huge -Q ../query/KIAA0318.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0318, 1106 aa vs ./tmplib.23147 library 1986399 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7411+/-0.00585; mu= -12.8963+/- 0.390 mean_var=307.8244+/-74.334, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.073101 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0612 ( 1810 res) hg00654s1 (1810) 433 60.3 2.9e-09 KIAA1666 ( 1003 res) fg02554 (1003) 372 53.7 1.6e-07 >>KIAA0612 ( 1810 res) hg00654s1 (1810 aa) initn: 1985 init1: 418 opt: 433 Z-score: 258.2 bits: 60.3 E(): 2.9e-09 Smith-Waterman score: 1873; 32.683% identity (51.715% similar) in 1487 aa overlap (3-1098:342-1807) 10 20 30 KIAA03 AGLPTRARQHDKVKAEYVHLNHPLTLVTRERD : :: ....:. : ..: : ::.::: KIAA06 RKKQRRCEELELQLRQAQNENARLVEENSRLSGRATEKEQVEWENAELRGQLLGVTQERD 320 330 340 350 360 370 40 50 60 70 80 KIAA03 LAVKEKHQLQAKLENLEQVLKHMREAAERRQQLQLEHDQALAVLSAKQQEIDLLQKS--- :..... ::.:::.::::::::::.:.:::::..::.:: : ::.:. ::.. 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KIAA06 GPAAPSLAKQEAEWTAGEACPASSSTQGARAQQAPNTEMCQGGDPGSGLRPRAEKEDTAE 1140 1150 1160 1170 1180 1190 750 760 770 780 KIAA03 --VFLERSSAGQYAASD------EEDAYDSPDFKRRGASVDDFLK----------GSELG : : : . . :: ::. . . .. :. . .: : :.. KIAA06 LGVHLVNSLVDHGRNSDLSDIQEEEEEEEEEEEEELGSRTCSFQKQVAGNSIRENGAKSQ 1200 1210 1220 1230 1240 1250 790 800 810 820 KIAA03 KQPHC-CHGDEYHTESSR--------GSDLSDIMEEDEEELYSEMQ-------------- .: : .:: :. .. : .: ::.::: .: . 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KIAA16 SWKEIQALQCRPGHPPEQPWETSQMPESQVKGSRRPKFHARPEDYAVSQPNRDIQEKREA 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA03 AGKID--LLGGSAVAPLDISTAP-SKPFPQFMNGLATSLGKGQESAIGGSSAIGEYIRPL . . . :: :: .: :.: :.:. . .. ..: ..:. : :: . : KIAA16 SLEESPVALGESASVPQVSETVPASQPLSKKTSSQSNSSSEGSMWATVPSSPTLD--RDT 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 KIAA03 PQPGDRPEPLSAKPTFLSRSGSARCRSESDMENERNSNTSKQRYSGKVHLCVARYSYNPF . : :: :.. . : .::: . :... .:.:.:::: KIAA16 ASEVDDLEPDSVSLA-LEMGGSA------------------APAAPKLKIFMAQYNYNPF 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 KIAA03 DGPNENPEAELPLTAGKYLYVYGDMDEDGFYEGELLDGQRGLVPSNFVDFVQDNESRLAS .:::..::.::::::: :.:..::::::::::::: ::.:::::::::. . : : . . 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KIAA16 EACQLGL-LQSMGKQGLSRPLLGTKGVLR---MAPMQLHLQNVTATSANITWVYSSHRHP 330 340 350 360 370 380 480 490 500 510 520 530 KIAA03 HVIFLNEEEFDIVKAARYKYQFFNLRPNMAYKVKVLAKPHQMPWQLPLEQREKKEAFVEF ::..:...: .. :. : : .: :. :...: .. .: .: . : : KIAA16 HVVYLDDREHALTPAGVSCYTFQGLCPGTHYRARVEVR---LPRDLLQVYWGTMSSTVTF 390 400 410 420 430 440 540 550 560 570 580 590 KIAA03 STLPAGPPAPPQDVTVQAGVTPATIRVSWRPPVLTPTGLSNGANVTGYGVYAKGQRVAEV .:: :::: :: :: :. ..:... ::: : .. .: :::..::::.::: : .: :: KIAA16 DTLLAGPPYPPLDVLVERHASPGVLVVSWLPVTIDSAGSSNGVQVTGYAVYADGLKVCEV 450 460 470 480 490 500 600 610 620 630 640 KIAA03 IFPTADSTAVELVRLR-SLEAKGVTVRTLSAQGESVDSAVAAVPPELLV-------PPTP :: :: .:. .:. : . :.:::.: :::.::. : .: .... :: KIAA16 ADATAGSTLLEFSQLQVPLTWQKVSVRTMSLCGESLDSVPAQIPEDFFMCHRWPETPPFS 510 520 530 540 550 560 650 660 670 680 690 700 KIAA03 HPRPAPQSKPLASSGVPETKDEHLGPHARMDEAWEQSRAPGPVHGHMLEPPVGPGRRSPS . :.. .. :. : : :. . .. . : ....:: : : KIAA16 YTCGDPSTYRVTFPVCPQ-KLSLAPPSAKASP--HNPGSCGEPQAKFLEAFFEEPPRRQS 570 580 590 600 610 710 720 730 740 750 760 KIAA03 PSRILPQPQGTPVSTTVAKAMAREAAQRVAESSRLEKRSVFLERSSAGQYAASDEEDAYD : : . : : : ::..::. . ........: .. : .. . KIAA16 PVSNLGSEGECPSSG------AGSQAQELAEAWEGCRKDLLFQKSPQNHRPPSVSDQPGE 620 630 640 650 660 670 770 780 790 800 810 820 KIAA03 SPDFKRRGASVDDFLKGSELGKQPHCCHGDEYHTESSRGSDLSDIMEEDEEELYSEMQLE . . ... .. . : . . .: : . . . ... . .... . .. :: KIAA16 KENCSQHMGTSKSPAPGF-IHLRTEC--GPRKEPCQEKAALERVLRQKQDAQGFTPPQL- 680 690 700 710 720 830 840 850 860 KIAA03 DGGRRRPSGTSHNALKILGNPASAGRVDHMG------RRFP-----RGSA-----GPQRS :. .. .. ::.:: . : .: : :: : .:.: : : KIAA16 -GASQQYASDFHNVLK---EEQEALCLDLWGTERREERREPEPHSRQGQALGVKRGCQLH 730 740 750 760 770 780 870 880 890 900 910 920 KIAA03 RPVTV----PSIDDYGRDRLSPDFYEESETDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAA .: .. :: : .:. . ::. :::.:::: ::.::.:: : :: KIAA16 EPSSALCPAPSAKVIKMPRGGPQ-----QLGTGANT-PARVFVALSDYNPLVMSANLKAA 790 800 810 820 830 930 940 950 960 970 980 KIAA03 EEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQLLR---Q :::: :.. :...:.:..:. :: .: ..: :: .:.:... :. :. : : KIAA16 EEELVFQKKQLLRVWGSQDTHDFYLSECNRQVGNIPGCLVAEMEVGTEQT-DRRWRSPAQ 840 850 860 870 880 890 990 1000 1010 1020 1030 KIAA03 GFLP----------LNTPVEKIERSRRSGRRHSVSTRR-MVALYDYDPRESSPNVDVEAE : :: :. : . . ...: . : . :.: :::: ... . . ... KIAA16 GHLPSVAHLEDFQGLTIPQGSSLVLQGNSKRLPLWTPKIMIAALDYDPGDGQMGGQGKGR 900 910 920 930 940 950 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA03 LTFCTGDIITVFGEIDEDGFYYGELNGQKGLVPSNFLEEVPDDVEVYLSDAPSHYSQDTP :.. .::.. :.: .:..:::::::.:..::::...:... KIAA16 LALRAGDVVMVYGPMDDQGFYYGELGGHRGLVPAHLLDHMSLHGH 960 970 980 990 1000 1100 KIAA03 MRSKAKRKKSVHFIP 1106 residues in 1 query sequences 1986399 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:14 2008 done: Thu Dec 18 15:16:14 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.170 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]