# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg06820.fasta.huge -Q ../query/KIAA0316.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0316, 1379 aa vs ./tmplib.23147 library 1986126 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6677+/-0.00732; mu= 5.4792+/- 0.497 mean_var=200.8142+/-48.249, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 16 in 1/39 Lambda= 0.090506 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0967 ( 1578 res) hj06404 (1578) 1516 211.7 8e-55 >>KIAA0967 ( 1578 res) hj06404 (1578 aa) initn: 928 init1: 557 opt: 1516 Z-score: 1076.1 bits: 211.7 E(): 8e-55 Smith-Waterman score: 1539; 30.139% identity (59.042% similar) in 1294 aa overlap (119-1349:41-1257) 90 100 110 120 130 140 KIAA03 SQVPPYGWEMTANRDGRDYFINHMTQAIPFDDPRLESCQIIPPAPRKVEMRRDPVL-GFG : : . : . :. . :.. .: .: .: KIAA09 TRKAHRIEQMVARWLRRSRDSSARAKVAAADGPARNPTQTLIPVRHTVKIDKDTLLQDYG 20 30 40 50 60 70 150 160 170 180 190 200 KIAA03 FVAGSEKPVVVRSVTPGGPSEGKLIPGDQIVMINDEPVSTAPRERVIDLVRSCKESILLT : . :..: .:: :: ..:::.:::::...:.::. ::..:..: ..:. .: KIAA09 FHISESLPLTVVAVTAGGSAHGKLFPGDQILQMNNEPAEDLSWERAVDILREAEDSLSIT 80 90 100 110 120 130 210 220 230 240 250 260 KIAA03 VIQPYPS-PKSAFISAAKKARLKSNPVKVRFSEEVIINGQVSETVKDNSLLFMPNVLKVY :.. . :::.:.. :.::::.:::::.:.:::.:.:. . :::: ::::::.: KIAA09 VVRCTSGVPKSSFLTEEKRARLKTNPVKVHFAEEVLISGHS----QGNSLLCMPNVLKLY 140 150 160 170 180 270 280 290 300 310 320 KIAA03 LENGQTKSFRFDCSTSIKDVILTLQEKLSIKGIEHFSLMLEQRTEGAGTKLLLLHEQETL :::::::.:.:. .:..::.:::..:::::..::.:.: ::.. . ..: ::::.: . 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