# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00112s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0311.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0311, 2324 aa vs ./tmplib.23147 library 1985181 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3951+/-0.00674; mu= 0.8370+/- 0.455 mean_var=180.0652+/-43.232, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.095578 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0582 ( 760 res) fh15957 ( 760) 257 49.2 5.5e-06 KIAA0796 ( 1876 res) hk06116s1 (1876) 206 42.5 0.0015 >>KIAA0582 ( 760 res) fh15957 (760 aa) initn: 253 init1: 164 opt: 257 Z-score: 199.4 bits: 49.2 E(): 5.5e-06 Smith-Waterman score: 275; 22.981% identity (48.607% similar) in 718 aa overlap (238-902:98-746) 210 220 230 240 250 260 KIAA03 DSGQLTIKCSQNYLSLDCGITAFELSDYSPSEDLLSGL-------GDMTSSQVKTKPFDS :: :::: ::. : . . 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