# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ee03470.fasta.huge -Q ../query/KIAA0310.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0310, 2388 aa vs ./tmplib.23147 library 1985117 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.0536+/-0.0124; mu= -11.3838+/- 0.837 mean_var=621.1951+/-147.725, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.051459 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1928 ( 757 res) fg05950(revised) ( 757) 1408 121.1 1.3e-27 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 303 39.3 0.0089 >>KIAA1928 ( 757 res) fg05950(revised) (757 aa) initn: 1244 init1: 1033 opt: 1408 Z-score: 587.4 bits: 121.1 E(): 1.3e-27 Smith-Waterman score: 1461; 36.341% identity (62.389% similar) in 787 aa overlap (1513-2279:9-744) 1490 1500 1510 1520 1530 1540 KIAA03 ARFGPGGQLIKVIPNLPSEGQPALVEVHSMEALLQHTSEQEEMRAFPGPLAKDDTHKVDV ...:. . ::::::.: ::: ..:.::::. 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