# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00066.fasta.huge -Q ../query/KIAA0307.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0307, 716 aa vs ./tmplib.23147 library 1986789 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8886+/-0.00764; mu= 9.7910+/- 0.519 mean_var=260.8420+/-63.343, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.079412 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0334 ( 848 res) hg01015 ( 848) 235 40.5 0.00078 KIAA1779 ( 1233 res) hg04229 (1233) 210 37.9 0.007 >>KIAA0334 ( 848 res) hg01015 (848 aa) initn: 328 init1: 99 opt: 235 Z-score: 160.7 bits: 40.5 E(): 0.00078 Smith-Waterman score: 419; 24.648% identity (55.810% similar) in 568 aa overlap (44-595:11-519) 20 30 40 50 60 KIAA03 DIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDE---DG----EGPSKFSREN : : .: :: :: . .: .: . 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