# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/af07172.fasta.huge -Q ../query/KIAA0304.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0304, 2415 aa vs ./tmplib.23147 library 1985090 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.2240+/-0.0152; mu= -24.6159+/- 1.024 mean_var=905.0478+/-216.264, 0's: 0 Z-trim: 29 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.042632 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 44, opt: 32, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1076 ( 804 res) hj06779 ( 804) 612 54.6 1.4e-07 KIAA0339 ( 1709 res) hg01304(revised) (1709) 550 51.2 3.3e-06 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 495 47.6 2.8e-05 >>KIAA1076 ( 804 res) hj06779 (804 aa) initn: 630 init1: 297 opt: 612 Z-score: 227.8 bits: 54.6 E(): 1.4e-07 Smith-Waterman score: 708; 29.338% identity (48.564% similar) in 801 aa overlap (1660-2415:91-804) 1630 1640 1650 1660 1670 1680 KIAA03 SPPLKTSPQLRVPPPTSVVTALTPTSGELAPPGPAPSPPPPEDLGPDFEDMEVVSGLSAA :: :. : .. : : ::: KIAA10 PAVDSLGMEEEVDIETEAVAPEERPSMLDEPPLPVGVEEPADSREPPEEP-----GLSQE 70 80 90 100 110 1690 1700 1710 1720 1730 1740 KIAA03 DLDFAASLLGTEPFQEEIVAAGAMGSSHGGPGDSSEEESSPTSRYIHFPVTVVSAPGLAP .: ::. :: .:. : . : . .: . : : : . .:. . : : : KIAA10 ----GAMLLSPEPPAKEVEARPPL-SPERAPEHDLEVEPEPP---MMLPLPL--QPPLPP 120 130 140 150 160 1750 1760 1770 1780 1790 1800 KIAA03 SATPGAPRIEQLDGVDDGTDSEAEAVQ-QPRGQGTPPSGPGVVRAGVLGAAGDRARPPED : :: . . ::. .: .: .. :: ::. : :. ... : KIAA10 ---PRPPRPPSPPPEPETTDASHPSVPPEPLAEDHPPHTPGLC--GSLA----KSQSTET 170 180 190 200 210 1810 1820 1830 1840 1850 1860 KIAA03 LPSEIVDFVLKNLGGPGDGGAGPREESLPPAPPLANGSQPSQGLTASPADPTRTFAWLP- .:. . :. : . ..:. . : . : . : : :: : : : :.. : KIAA10 VPATPGGEPPLSGGSSGLSLSSPQVPGSPFSYPAPSPSLSSGGL---PRTPGRDFSFTPT 220 230 240 250 260 270 1870 1880 1890 1900 1910 1920 KIAA03 -GAP-GVRVLSLGPAP-----EPPKPATSKIILVNKLGQVFVKMAGEGEPVPPPVKQPPL . : : .: . : : : : .: ..: . : :.: :. :: KIAA10 FSEPSGPLLLPVCPLPTGRRDERSGPLASPVLLET------------GLPLPLPL---PL 280 290 300 310 1930 1940 1950 1960 1970 KIAA03 P-PTISPTAPTSWTLPPGPLLGVLPVVGVVRPAPPPPPPPLTLVLSSGPASPPRQAIRVK : : :.. . . : :: .::. : ::: .. :. : :. 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